Il policlinico deve subire l'invasione di una troupe televisiva, incaricata di realizzare un documentario sul pronto soccorso. Lo sguardo esterno rivela che poco tempo è passato dalla chiusura della stagione precedente: la mano del dr. Greene è quasi guarita, Carol e Doug stanno di nuovo insieme, Carter ha cambiato specializzazione. Mark, intervistato da una giornalista, si arrabbia poiché la donna gli chiede di parlare del pestaggio subito nel bagno del reparto. Mentre le domande della troupe cominciano a farsi invadenti, nel pronto soccorso arrivano due persone coinvolte in un pestaggio; la vittima, un ragazzo, che si riprende dopo un coma profondo, e un uomo che ha tentato di separare i contendenti ed è stato spinto giù da un ponte. Il povero paciere si è rotto le vertebre cervicali e si trova paralizzato dal collo in giù; nonostante i tentativi di Greene, presto l'uomo perde anche l'autonomia respiratoria, condannato ad essere attaccato a un respiratore per il resto della vita. Il dottor David Morgenstern è colpito da infarto: tutti si prodigano per aiutarlo, ma la confusione si impadronisce del pronto soccorso. John intanto si occupa di un altro infartuato, ma non riesce a rianimarlo; Greene lo accusa davanti alle telecamere di aver voluto fare l'eroe e di aver chiesto aiuto troppo tardi, salvo poi promettere di rilasciare un'intervista se quel pezzo non verrà incluso nel documentario. Elizabeth Corday, un chirurgo inglese, arriva al policlinico per specializzarsi in chirurgia d'urgenza. Benton è alle prese con turni di lavoro massacranti.

Il figlio di Peter, si è ripreso: il pediatra decide di dimetterlo, sebbene Peter sia titubante e pensi che la decisione è troppo affrettata. Indecisi sul cognome da dare al piccolo, Carla e Peter decidono di unire entrambi i loro nomi di famiglia: il bambino si chiamerà quindi Reese Benton. Mark decide, contro il parere di Carol, di assume una nuova centralinista, che l'infermiera non ritiene all'altezza. Il dr. Greene è inoltre preoccupato: i parenti di un paziente deceduto, Kenny Law, che lui sospetta essere responsabili del pestaggio a suo danno, gli hanno fatto causa. Carter comincia a rendersi conto di cosa voglia dire aver cambiato specializzazione: il passaggio a Medicina d'Urgenza comporta per lui una retrocessione al primo anno. John e Anna accolgono i nuovi studenti, una ragazza entusiasta e un ricercatore che ha passato la maggior parte del suo tempo in laboratorio, rivelandosi però in grado di compiere le diagnosi più strane. Il dottor Morgestern, degente dopo l'infarto che l'ha colpito, delega Kerry a sostituirlo nelle funzioni direttive che egli esercitava. Doug pensa sia ora di dare una maggiore stabilità al suo rapporto con Carol e le chiede di poter lasciare qualcosa a casa sua; dopo qualche antica titubanza, la donna cede regalandogli un vero e proprio cassetto dove sistemare le proprie camicie prima di andare in ospedale.

John, con una brillante intuizione, scopre che il coma di una donna è dovuto ad un aneurisma cerebrale. Per questo, dopo un iniziale contrasto con Mark, la fa operare in tempo per salvarle la vita: questo successo lo porta ad avere il coraggio di invitare Anna ad uscire con lui. I due finiscono però per avere un appuntamento più che mai fallimentare in una lavanderia a gettoni. Al Boulet e Bill, un suo collega, si feriscono durante il lavoro e vengono portati al pronto soccorso: Jeanie convince il marito a rivelare la verità sulla sua malattia all'amico, e quest'ultimo non ha una buona reazione... Carol sorprende Doug ed Elizabeth in quello che sembra un apparente flirt: in realtà, la donna sta semplicemente chiedendo consigli su qualche locale per uscire, essendosi appena trasferita a Chicago. L'infermiera ha una crisi di gelosia, dati i trascorsi non proprio positivi, ma quando il dr. Ross le spiega come stanno realmente le cose, decide di credergli, suggellando la relazione con la fiducia reciproca. Mark, sempre più disinteressato e pressappochista nel suo lavoro, decide di passare la serata con Heather, una sua ex paziente. La serata non si conclude molto bene: i due tentano, senza riuscirci, di avere un rapporto sessuale. Da qui si intuisce che, per quanto i danni fisici dell'aggressione a Mark siano quasi risolti, quelli psicologici tardano a scomparire. Anspaugh e Kerry Weaver cercano di risparmiare sul budget dell'ospedale, mentre Jerry fa esplodere per errore un'ambulanza con un colpo di fucile.

Un autobus pieno di bambini ha un incidente: il pronto soccorso precipita nel caos. I medici fanno del loro meglio per salvare la vita a tutti i bimbi, ma purtroppo uno di loro rimane ucciso e a Doug tocca l'arduo compito di avvertire la madre. Dopo che la nonna di un piccolo paziente in ospedale per asma rifiuta le cure della dr.ssa Del Amico, pretendendo invece di vedere il dr. Ross, Anna e Doug hanno un acceso confronto. Quando Doug scopre che l'asma del bimbo non è dovuto a una reazione allergica, e che quindi gli antistaminici potevano peggiorare la situazione, affronta Anna, rea di essersene accorta e di non averlo avvertito, mettendo così in pericolo la vita di un piccolo paziente a causa delle loro divergenze personali. Mark si vede negare la possibilità di vedere la figlia da parte di Jennifer, che gli contesta di vivere in maniera troppo incivile. Carol discute con Mark a causa del trattamento medico per una donna tossicodipendente: la donna arriva lamentando forti dolori addominali e, pochi minuti dopo, partorisce improvvisamente sulla sedia a rotelle. Purtroppo il piccolo nasce morto e la donna accusa Carol di averle fatto cadere il bambino. Davanti al rifiuto di Mark, anch'esso presente, di difenderla davanti a un tribunale nel caso la donna le facesse causa, l'infermiera lo redarguisce sostenendo che, per la paziente, non era la prima volta al County General e che il dr. Greene non si era mai accorto del suo stato. John finalmente affronta Peter: dopo un litigio, finalmente i due appianano le loro divergenze. Altri contrasti sorgono al pronto soccorso, tra Jeanie e Kerry, a causa di un intervento in cui l'infermiera usa le mani invece che i ferri, rischiando di contagiare un paziente.

Mark deve affrontare l'avvocato della famiglia di Kenny Law, il ragazzo nero morto al pronto soccorso tempo prima: la situazione non si prospetta delle migliori... Nonostante il County General riesca a patteggiare una cifra e ad evitare le accuse per il dr. Greene, il fratello di Kenny Law, probabilmente responsabile del pestaggio ai danni del medico, decide comunque di fargli causa, peggiorando l'umore già poco stabile di Greene. Il dr. Ross e la dr.ssa Del Amico hanno una nuova occasione di confronto: Anna diagnostica un cancro ai testicoli a un giovane atleta, ma quando Doug le chiede se vuole una mano ad annunciare la notizia, la donna rifiuta decisamente. Cambierà idea quando si renderà conto dell'effetto che la notizia di perdere un testicolo fa sul ragazzo: questo porta fra i due una nuova e più profonda comprensione. La relazione tra Al e Jeanie viene messa a dura prova quando l'uomo incontra in un bar il collega che aveva rischiato di contagiare qualche mese prima: i due hanno una violenta lite che culmina in un pestaggio, e la donna si rende conto che il rischio di venire emarginati per la loro condizione è alto. Carter azzecca una diagnosi difficile, mentre Benton incontra il dr. Robert Romano, sponsor della dr.ssa Corday, e riceve la proposta di entrare nel suo team, restando però dubbioso per via dei molti ausili meccanici che il dr. Romano utilizza durante le operazioni. A Carol viene in mente di organizzare un ambulatorio straordinario, che possa seguire fisicamente e psicologicamente i pazienti più bisognosi.

John consiglia a Carol di chiedere i finanziamenti per il nuovo ambulatorio a sua nonna, Millicent "Gamma" Carter: la donna, solo per simpatia, regala all'infermiera 75.000 dollari. Anna intanto scopre che John è ricchissimo e lo lascia. Mark viene citato in giudizio a titolo personale dal fratello di Kenny Law: la cosa lo agita molto, tanto che l'uomo arriva a trattare male un'anziana signora e a fuggire dal policlinico. Cynthia, la nuova centralinista da lui assunta, lo insegue e lo consola... Kerry, per problemi di bilancio, sarà costretta a licenziare Jeanie, l'ultima assunta del personale medico: la donna è consapevole della delicatezza della situazione, essendo Jeanie un'amica, ma non vede altra soluzione alla problematica condizione economica del County General. Dopo aver conosciuto il dr. Ellis West, rappresentante della Synergix, una compagnia che aiuta gli ospedali nel management dei costi, la dr.ssa Weaver decide di andare fino in fondo e licenzia Jeanie: la coadiutrice se la prende a male. La rivalità tra Benton e la dr.ssa Corday sembra passare su un altro piano quando il chirurgo decide di accettare la proposta di Romano ed entrare nel suo team. Doug è preoccupato per il comportamento di Mark. Decide così di fargli visita, dopo aver ricevuto una telefonata che lo ha scosso profondamente, ma lo trova a letto con Cynthia: il medico è estremamente imbarazzato, ma fa entrare l'amico, che gli dice che sta per partire a causa della morte di suo padre, avvenuta per un incidente stradale.

Doug, accompagnato da Mark, parte per la California per recuperare la salma del padre. Al suo arrivo, scopre che l'uomo si era risposato, e che anche la sua nuova moglie è morta con lui, oltre al conducente del camion contro cui è avvenuto lo scontro. Tutto il rancore che aveva verso il padre riaffiora nella memoria del pediatra del County General Hospital, che però si rende conto di aver voluto bene al genitore. Dopo aver recuperato gli averi del padre, Doug e Mark tornano nel motel e guardano le diapositive contenenti l'infanzia del dr. Ross. Profondamente scosso dalla situazione e dal fatto di non aver potuto recuperare il rapporto con il padre quando quest'ultimo era vivo, Doug spinge Mark ad andare a trovare i suoi genitori, che abitano anch'essi in California. Nemmeno il dr. Greene ha un ottimo rapporto col padre, con cui si limita a scambiare qualche parola... mentre il dr. Ross si allontana, lasciando l'amico a tu per tu con i genitori, la madre di Mark si dice preoccupata per il rapporto tra padre, ex ufficiale di marina che soffre di enfisema polmonare, e figlio. Doug confessa quindi a Mark che si è innamorato di Carol. Sulla via del ritorno, in vena di confidenze, Mark dice all'amico che, dopo l'aggressione che ha subito, è profondamente cambiato e non riesce a tornare quello di prima: fra i due si rinsalda quell'amicizia che sembrava oramai perduta.

Jeanie ricorre al Centro Difesa Persone Omosessuali per riavere il suo lavoro, facendo leva sul fatto di essere stata discriminata per la sua sieropositività: il trucco funziona. Al, suo marito, viene assunto ad Atlanta, e chiede alla donna di seguirlo: Jeanie non se la sente e i due si separano nuovamente. Ellis, il medico della Sinergix con cui Kerry ha legato, comincia il suo lavoro al Policlinico. Una giovane, Alison Beaumont, a causa di un incidente stradale rischia di perdere una gamba. Elizabeth la vuole operare a tutti i costi, ma la ragazza entra in coma. L'avvocato di Mark, che ama "recitare" diversi ruoli, chiede al suo cliente di poter diventare medico per una giornata. Mark lo accontenta. Nel difendere i diritti di un paziente, John è pressato da un agente, ma rifiuta di collaborare con lui e viene arrestato per favoreggiamento. Anna gli paga la cauzione... Doug si occupa di un paziente affetto da anemia falciforme che sostiene di essere stato derubato delle sue medicine; al medico il difficile compito di capire se il giovane sta dicendo la verità.

È la vigilia di Natale, e tra Ellis e Kerry il rapporto si fa più stretto: forse la dottoressa sta sviluppando dei sentimenti. Peter, toccando un cieco, gli fa recuperare la vista: si diffonde allora la voce che egli possa compiere miracoli, ma il paziente perde di nuovo la vista e Peter gli spiega che tutto è dipeso da un caso fortuito. Mark viene a sapere da Cynthia che la donna ha un figlio di cinque anni che vive con i nonni paterni. Inoltre, il medico decide di andare a scusarsi con Chris Law. Carol annuncia ai colleghi che lei e Doug si sono rimessi insieme: la buona nuova non sorprende nessuno, ed alcuni avevano perfino scommesso su questo fatto. Il medico approfitta del momento per chiedere a Carol di sposarlo. Il cugino di John Carter, Chase, gli fa visita al County General, accompagnato dalla nonna Millicent: quando il medico lo sorprende a drogarsi, scopre bruscamente che Chase ha dei grossi problemi con l'eroina e che ne è ormai completamente dipendente.

Scott, il figlio del dottor Anspaugh, viene ricoverato per dei dolori di stomaco. Il direttore sanitario racconta a Mark che il bambino è stato sottoposto a cure intensive per un linfoma dieci mesi prima. Un'anziana in stato confusionale viene portata al Pronto Soccorso: Carol, dopo i primi esami, si rende conto che la donna è stata violentata. Doug decide di parlare con Helen, la madre di Carol, e di informarla della loro intenzione di sposarsi: la donna non la prende affatto bene!

A Scott è diagnosticato un altro tumore, e i medici decidono di operarlo. Anspaugh prega Jeanie, che si è fatta voler bene dal ragazzo, di assisterlo. Doug chiede a Mark di fargli da testimone, vista la sua decisione di sposare Carol la sera stessa. L'infermiera intanto è di turno in ambulanza con Greg Powell: i due trascorrono dei momenti di intimità e finiscono col baciarsi. Doug, nello stesso momento, la sta aspettando a casa. A tarda notte la donna torna a casa e confessa al fidanzato ciò che è appena successo: Doug, infuriato, se ne va sbattendo la porta. John, con l'ausilio di Anna (che ha già un'esperienza passata in questo campo), cerca di liberare suo cugino Chase dalla dipendenza da eroina. Peter esce con Elizabeth: la serata trascorre in maniera divertente e il chirurgo, per la prima volta, si ubriaca.

Lo stupratore di vecchiette, durante l'ultima aggressione, uccide una guardia giurata e rimane ferito: si scopre così che ha solo 19 anni. Le scorte ematiche dell'ospedale sono quasi esaurite, così John decide di ricorrere ad un'autotrasfusione per cercare di salvare il malvivente. Anna critica apertamente la scelta del collega. Elizabeth, innamorata di Peter, vorrebbe un rapporto più solido; il medico però non è dello stesso avviso... Mark intende far pagare una parte dell'affitto di casa a Cynthia: le cose tra loro si complicano.

Mark, a causa di un infortunio alla gamba della madre, è costretto a tornare a San Diego. Arrivato a casa, egli nota che la donna è in pieno stato depressivo, e che su di lei avanza l'ombra della demenza senile. Anche David, il padre del medico, non sta molto bene: egli soffre di enfisema, e a causa di una crisi respiratoria viene ricoverato in ospedale. Mark intanto dà una mano ai medici dell'ospedale dove è ricoverato il padre, che devono affrontare un'emergenza molto seria: un elicottero militare si è schiantato al suolo e molti membri dell'equipaggio sono feriti. L'anziano, ripresosi dalla crisi, sostiene psicologicamente il pilota dell'elicottero e rimane sorpreso dall'abilità medica del figlio: i due Greene provano una reciproca ammirazione per l'aiuto che riescono a dare in questa emergenza

Un deposito di materiali chimici esplode, e il pronto soccorso viene invaso dagli operai feriti nell'incidente. Alcuni di loro hanno addosso vistose tracce di benzene, e così il reparto si riempie di esalazioni tossiche: è emergenza, e nessuno sembra in grado di farvi fronte. Kerry, stordita dalle esalazioni, sviene lasciando vacante il posto di comando: nessuno sembra in grado di affrontare la situazione, ma per fortuna c'è John.

Mark e Cynthia affrontano una crisi nella loro relazione. Il medico intanto viene convinto a smettere di fumare dal suicidio, in reparto, di un fumatore affetto da cancro al polmone. Peter ed Elizabeth visitano il museo di storia naturale di Chicago. Al pronto soccorso arriva un bambino, in crisi da avvelenamento. Doug scopre che è stato il fratellino di otto anni a commettere il fatto, e sospetta che il ragazzino abbia subito violenze da parte del patrigno. Anna, durante un'emergenza, scopre che tra i sei drogati da eroina che sono arrivati in pessime condizioni al pronto soccorso c'è anche Chase, il cugino di John. I nonni di quest'ultimo si infuriano col nipote perché egli ha taciuto alla famiglia della tossicodipendenza di Chase.

David Morgenstern torna al lavoro dopo l'attacco cardiaco che l'aveva colpito tempo prima. Il medico però, durante un intervento, si rende conto di non essere più in grado di portarne a termine uno. Anna prescrive dei medicinali anti-nausea ad una donna incinta, che è arrivata in ospedale con il marito, molto spaventato. La donna però, temendo di danneggiare il feto, rifiuta di prendere le medicine. John fa visita al cugino Chase nella clinica dove è ricoverato: il giovane però non ha ancora riacquistato l'uso della parola.

La nonna di John blocca l'assegno dato a Carol per il suo ambulatorio, senza alcuna spiegazione. John la incontra accusandola di averlo fatto perché ancora arrabbiata per averle tenuta nascosta la tossicodipendenza di Chase, e viene accusato a sua volta di non pensare alla famiglia ma solo ai soldi, al che lui la invita a bloccargli il fondo fiduciario: John rimane senza un soldo, ma Carol scopre che l'assegno è di nuovo coperto. Al pronto soccorso arriva, da paziente, il dottor Swanson, un patologo ex insegnante del dottor Morgenstern. Quest'ultimo sottopone ad intervento chirurgico il suo ex docente ma le cose non vanno per il meglio, e Peter, che lo stava assistendo, lo allontana in malo modo per tentare di salvare il paziente, che sfortunatamente morirà sotto i ferri. Scott, figlio del dottor Anspaugh, non risponde alle cure antitumorali: la sua unica speranza è il trapianto di midollo osseo, ma non si trova un donatore compatibile.

Peter viene sospeso dalla commissione d'inchiesta per la morte di Swanson, finché non si sarà scoperto come sono andati i fatti. Morgenstern, in piena crisi di coscienza per non aver confessato le sue responsabilità, decide di dimettersi. Alcuni estremisti antiabortisti fanno saltare una clinica privata in cui si praticano le interruzioni di gravidanza. Il pronto soccorso dunque si riempie di persone ferite nell'esplosione, soprattutto donne in attesa: Anna deve completare un aborto rimasto a metà su una paziente ferita, ma entra in crisi e viene sostituita da Kerry.

Al pronto soccorso arriva un uomo, colpito da un getto di acido fluoridrico. I medici affermano che non ci sono cure per questo tipo di ustioni, e che la morte sopraggiungerà entro dodici ore. Carol, impietosita dal caso, trascorre il suo turno al capezzale del morente, fino alla sua morte. John e la nonna si riavvicinano, quando la donna si presenta in ospedale per invitarlo al compleanno del marito. Robert Romano si dichiara apertamente ad Elizabeth, ma la dottoressa rifiuta garbatamente le attenzioni del collega.

Il dottor Max Rosher, ex fidanzato di Anna, fa uno studio sull'ospedale: John è un po' teso. Doug e Carol rischiano il posto perché, senza il consenso della madre e con il parere contrario dei superiori, sottopongono a disintossicazione un bambino di sei mesi. Una donna, assistita da Anna, non esita a servirsi della sua situazione e dell'ospedale per arricchirsi con le prediche sul Vangelo in TV

Il bambino che Doug ha sottoposto a disintossicazione sta meglio, tuttavia il medico rischia ugualmente il licenziamento. Una donna ha il grave compito di dover decidere se mantenere in vita il marito, malato terminale in coma, o autorizzare un intervento che risveglierà l'uomo, ma non gli salverà la vita. Un'intera famiglia è portata al pronto soccorso. Tutti sono stati colpiti da un'arma da fuoco, e i medici e le infermiere danno il meglio di loro stessi per salvarli.