アビーたちの2年目のレジデント研修が始まった。教えを受けていただけの昨日までとは違い、自分たちが新人を指導していかなければならない。慣れない立場にアビーたちは悪戦苦闘する。一方ではサムとコバッチュが、姿を消したアレックスを必死に捜しまわっていた。警察も写真を各所に配布、テレビで呼びかけるなどしていたその時……。

カウンティーにプラットの父親チャーリーが訪ねてくる。過ちを認め、謝罪するチャーリーだが、プラットは受け入れることができず、追い返してしまう。一方、交通事故で負傷した妊婦クレアが運ばれてきた。やがて彼女が代理母であること、そして胎児が逆子であることがわかる。

救急医療委員会の指示を受けて、新しい看護師長のイブ・ペイトンがやってきた。腕は確かなイブだが、挿管に手間取るプラットを見かねて、自分で挿管してしまったり、治療の優先順位が違うとコバッチュにクレームをつけて対立したりと、ドクターの治療方法にまで口出しし、ＥＲを混乱に陥れる。

激しい雨のため交通事故が多発し、次々と休刊が運び込まれるＥＲ。生後3カ月の赤ちゃんを乗せて運転していた母親ジュディもその１人で、乱暴な運転の車を避けようとして壁にぶつかってしまったという。懸命の治療により２人とも事なきを得るが、ジュディの様子に不信を抱いたニーラが彼女に問いただすと……。

胸部痛を訴える男性が運ばれてきた。心筋梗塞か狭心症を疑い、治療を進めようとするプラット。しかし何とその男は、患者を装った新しいスタッフ・ドクターのクレメンテだった。６年間の昏睡状態から目覚めたブレアだったが、その原因である交通事故の記憶が定かではない。担当医師から事故の悲惨な状況を聞いたコバッチュは彼女の回復を待ってから事実を告げることにする。しかし突然、ブレアに事故の記憶の断片が蘇る。

手をケガしたプラットの義弟チャズがやって来る。治療に当たったプラットは、チャズから、プラットの母親には嘘をついて隠していたことがあると聞く。事実を確かめるため、チャーリーのもとを訪れるプラット。そこで彼は古い手紙の束を渡される。

警官に撃たれ重傷を負った男と少女が運ばれてきた。男は指名手配中の誘拐犯、少女はキャンプ場でさらわれたシドニーという名の10歳児だった。シドニーの治療法をめぐって対立するコバッチュとクレメンテ。クレメンテが主張する手技を行うのだが……。

旅客機と小型機が衝突し墜落するという大事故が起きる。救急車同乗研修を受けていたニーラは、負傷者救出のため現場へ急行する。現場のあまりの凄惨さに息を呑むニーラ。そんな中、部屋に子供を残してきたと言う母親が、アパートへ戻ってしまう。ニーラは、同僚たちの制止を振り切ってビルの中へと突入。その直後、突然大きな爆発が起きる。

イラクから帰還したガラントがニーラに結婚を申し込む。同意するニーラだったが、親の承諾を得ずに今日挙式したいというガラントの急な申し出に戸惑い、なかなか踏ん切りがつかない。ガラントは手術中のニーラに、スタッフたちのいる前で再びプロポーズをし……。

クリスマス・イブ。クレメンテがかつて関係を持った看護師ジョディが現れる。彼女はどうしてもクレメンテが忘れられないと彼に激しく迫る。目の不自由な子に暴言を吐いたとして、患者を殴り飛ばしたイブ。激怒した患者が告訴すると言いだしたため、騒ぎは大きくなり……。

15歳の少女ゾウイが顔にひどい怪我をして運ばれてくる。父親による家庭内暴力を受けたのだ。それを知ったレイは父親から引き離すためサンフランシスコに住むゾウイの姉のところへ逃がそうとする。新婚生活をはじめたばかりのニーラとガラントだったが、ガラントのある決心によって２人の関係に亀裂が生じる。

電動車椅子の男が運ばれてきた。身に着けていた医療ブレスレットから、その男が筋萎縮性側索硬化症を患っていること、そしてネイト・レノックスという名であることが分かる。その名前を聞き驚くアビー。ネイトはカウンティー病院が誇る生化学の著名な教授で、アビーも教えを受けていたのだ。

クレメンテの欠勤が何日も続き、スタッフ・ドクター不足のＥＲ。仕方なくケリーがその穴埋めをすることになるのだが、当の本人クレメンテは部屋にこもり愛人のジョディと過ごしていた。するとそこに、突然ジョディの夫ボビーが現れる。ジョディを連れて帰ろうとするボビーだったが、離婚したいと言われて逆上し……。

カーターはスーダンの難民キャンプで医療活動を続けていた。そこに血まみれになった女性が運ばれてくる。治療に当たったカーターは大腿部の傷を見つける。それを見るなりキャンプを飛び出していく女性の夫。それはレイプされたことを示す傷であり、屈辱を受けた夫は単身で民兵のもとへ復讐に向かったのだった。

股関節の痛みが日増しに強くなり、ウィーバーは人工関節に置き換える手術を受けることにするのだが、恐怖心から何度もキャンセルをしてしまう。このままでは職務に支障が出ると感じたウィーバーは、万一の時には息子のヘンリーをお願いとアビーに言い残し、ついに手術台へとのぼる。

審査をパスし、復帰することになったクレメンテ。しかし周囲の反応は冷たく、遠ざけられてしまう。そこに、ナイフで刺された女子学生が運び込まれてくる。コバッチュとアビーが治療に当たるが容体は悪くなる一方。やがて駆けつけた母親の口から意外な犯人の名が涙ながらに語られる。

ニーラは、親族の結婚式に出席するためシカゴへとやって来たガラントの両親に会う。そして、何と２人が離婚することを聞かされる。ショックを受けるニーラにガラント夫人は、軍人の妻としての覚悟、そして自分を見失うことなく意思を貫くことが大事と話す。スーダンでボランティア活動を続けるカーターから、協力して欲しいとの連絡を受けたコバッチュだが、代わりにプラットを行かせることにする。

12歳の少女とその祖母が自動車事故で運ばれてくる。何と運転していたのは少女。祖母の薬を買いに行こうとしたのだという。幼いころに両親を亡くした少女は、認知症が進む祖母の世話をしながら二人だけで生活をしていた。コバッチュは祖母を施設に入れて、少女を里子に出すことを提案するが、アビーは強く反対する。

コバッチュにスーダンに行くよう命じられたプラットは、そのあまりに悲惨な難民キャンプの現状にショックを受ける。そんなプラットのもとに、政府民兵軍に対して人権擁護活動を行う団体を立ち上げたイシャークが、銃創を負って運ばれてくる。緊急処置に当たろうとするプラットたちだったが……。

ジョディの事件以来、脅迫するボビーの影に怯え、眠れない毎日を過ごすクレメンテ。精神、体力ともに限界にまで達し、とうとう路上で事件を起こしてしまう。一方、二人の軍人がニーラを訪ねてERにやって来た。

ニーラはショックから立ち直ることができない。一方スティーブと一人の服役囚が搬送されてくる。監房で大けんかをして怪我をしたためだ。しかしこれは逃亡のための演出だった。