La serie è incentrata soprattutto sul personaggio di Fujiko Mine, parlando del suo passato. La narrazione parte col suo primo incontro/scontro con Lupin III, entrambi interessati alla formula segreta di una potente droga. Fujiko conoscerà poi anche Daisuke Jigen e Goemon Ishikawa, suoi futuri soci insieme a Lupin, e l'ispettore Koichi Zenigata.

ある秘宝を狙い、孤島に侵入するルパン三世。そこでルパンは美しくも妖しい女と出会う。その女の名は「峰不二子」と云い、流行りの謎多き女怪盗である…。甘美で危険な２人の邂逅が、この物語の始まりを告げる。不二子の前に現れる４人の厄介で型破りな男達…。神出鬼没な世紀の大泥棒「ルパン三世」、早撃ち０.３秒の天才ガンマン「次元大介」、剣の道に生き、時に殺しも請け負う「石川五ェ門」、ルパン逮捕に強い執着を持つ男「銭形警部」。決して交わってはいけない５人が、予測不能な軌道を描きながら、ぶつかりあい火花を散らす！