Legendarne Dusze — Szabla, Lansjer i Jeździec — walczą razem z demoniczną bestią Zaklinacza, ale ta regeneruje się w zastraszającym tempie.

Szabla i Jeździec opracowują nowy plan ataku na Zaklinacza, co zmusza Lansjera do podjęcia trudnej decyzji. Tymczasem Kariya walczy z Tokiomim.

Gdy herosi odpoczywają wycieńczeni po zwycięstwie nad Zaklinaczem, odbywa się honorowy i pełen wzajemnego szacunku pojedynek między rycerzami.

Młody Kiritsugu odkrywa na filipińskiej wyspie przerażającą prawdę o eksperymentach laboratoryjnych swojego ojca.

Młody Kiritsugu szkoli się na zabójcę pod okiem najemniczki o imieniu Natalia, podróżując po świecie i wykonując dla niej różne zadania,

Iri zaczyna słabnąć, gdy wojna zbliża się do punktu kulminacyjnego. Kiritsugu postanawia zabić Tokiomiego, gdy dowiaduje się, że Szabla i Jeździec szykują się do walki.

Szabla i Kiritsugu próbują znaleźć porywacza Iri. W kościele, w którym Kariya chciał zmierzyć się z Tokiomim, dochodzi do tragedii.

Kirei przepytuje Iri na temat Kiritsugu, a Waver postanawia przekazać swoją moc Jeźdźcy, który zostaje wezwany na pojedynek z Łucznikiem.

Drużyny pędzą na pole bitwy. Berserker zdradza swoją tożsamość Szabli. Jeździec i Waver zostają zaatakowani, zanim udaje im się dotrzeć do teatru.

Kiritsugu odkrywa nieoczekiwaną właściwość Graala, co zmusza go do przemyślenia własnej motywacji. Kiritsugu i Kirei wreszcie stają naprzeciw siebie.

Zgodnie z życzeniem Kiritsugu Graal zostaje zniszczony, ale przynosi to olbrzymie szkody i powoduje powrót do gry postaci, która już zeszła ze sceny.