Para hacerse con el poder del Santo Grial, algo capaz de hacer que ocurran milagros, siete magos invocan a siete Héroes para luchar hasta que solo uno de ellos quede en pie; una batalla de proporciones épicas conocida como la Guerra del Santo Grial. Como preparativos para la guerra, se escogen sus varios participantes de todos los puntos del planeta. Ocho años atrás nacía en el castillo de Einzbern, Alemania, una chica llamada Illyasviel. Su padre, Emiya Kiritsugu, la coge en sus brazos sabiendo que ella también será parte de la batalla.

Kiritsugu y su hija pasean por el bosque bajo la atenta mirada de Saber, que se pregunta por qué Kiritsugu no le ha hablado desde que fue invocada. En la ciudad de Fuyuki es invocado el séptimo Héroe.

Los Servants han sido invocados, y ahora resta esperar a ver quién toma la iniciativa en la ciudad de Fuyuki, donde se librará la guerra por el Santo Grial.

Saber y Lancer continúan su batalla, y Kiri y Maiya siguen buscando al Master de Lancer. Pero lo que descubren les impresiona...

Rider aparece cuando la batalla con Lancer llega a su clímax, perturbando así a Saber. Rider afirma que hay mucha gente observando la batalla en las sombras, y parece ser que no es el único espíritu heróico entre ellos.

Un coche corre por las calles de Fuyuki y todo parece ir bien, yendo Saber con Irisviel. Sin embargo, la tarde se torna oscura cuando aparece alguien que parece ser un viejo conocido de Saber pero ella no le recuerda.

Las reglas del juego han cambiado y los Masters tienen la oportunidad de conseguir un hechizo de comando extra. Solo han de encontrar a Caster y matarlo.

La batalla estalla en el Castillo Einzbern. La esfera de mercurio magico de Kayneth contra el formidable arsenal de armas de Kiritsugu. Saber y Lancer unen fuerzas contra Caster en el bosque.

Kiritsugu y compañía están finalizando con la batalla del castillo, y el señor de Einzbern decide ignorar los deseos de Saber de perseguir a Caster.

El misterio de los secuestros en masa en Fuyuki sigue sin ser revelado, y cada día desaparecen más niños. Cuando Tohsaka Rin no puede ponerse en contacto con su amiga Katone, entra en la ciudad dispuesta a encontrarla por sí misma.

Rider, Saber y Archer se sientan a charlar y decidir qué requisitos se necesitan para ser Rey. La charla se torna violenta cuando Assassin interrumpe.

Oculto en un hotel de Fuyuki, Kiritsugu planea su próximo movimiento, pero no consigue entender los motivos de Kire. Iry y Saber han cambiado de escondite, pero aunque a Iry le hace ilusión, Saber nota que algo falla.

Rider y Waver intentan llegar al pueblo y paran por una librería. En ella Waver lee una biografía de Rider y descubre por qué este intentó conquistar el lejano oriente. Caster y Ryuunosuke vuelven a su destruida base. Una conversación con su Master hace que Caster tenga una epifanía, y el mago loco comienza a recitar cierto hechizo...