Anno 2199, la razza umana è stata quasi annientata dalla civiltà del pianeta Gamilon. I sopravvissuti sono stati costretti a rifugiarsi in città sotterranee.

A causa di problemi tecnici, la Yamato atterra su un continente che orbita attorno a Giove. Attaccata dai nemici, finisce per distruggerlo usando il cannone a onde.

Mentre esplorano una luna di Saturno, l'operatore radar della Yamato e un medico trovano i resti di un'astronave terrestre e sono assaliti da alcuni androidi.

La Yamato si prepara a distruggere la base dei gamilonesi su Plutone, perché da lì partono i bombardamenti alla Terra. Ma la corazzata è colpita dal nemico.

L'equipaggio della Yamato riesce a cogliere di sorpresa i gamilonesi con un'abile strategia e a sferrare un contrattacco alla loro base.

Con emozioni diverse nel cuore, l'equipaggio della Yamato saluta i propri cari e abbandona il sistema solare. Di fronte alla nave si apre lo spazio inesplorato.

Un'imboscata dei gamilonesi in cerca di vendetta spinge i terrestri ad avvicinarsi troppo a una stella infuocata, che minaccia di distruggerla per il calore eccessivo.

Uno degli androidi gamilonesi strappato al nemico viene riassemblato e riattivato dagli uomini della Yamato, che sperano di portergli carpire informazioni preziose.

La Yamato cade in uno strappo dimensionale e non riesce a uscirne. Poi trova una nave avversaria nella stessa situazione e si arriva a una tregua.

Melda Ditza, pilota gamilonese data in custodia ai terrestri, viene esaminata dal medico di bordo. Si scopre che è identica agli umani, se non fosse per la pelle blu.

Al generale Domel arriva l'ordine di fermare il nemico, mentre la corazzata è ormai giunta ai confini della galassia ed è minacciata da un sottomarino extradimensionale.

Trovato riparo in un ammasso di asteroidi, l'equipaggio della Yamato scopre la capacità dei nemici di nascondere la loro nave nel subspazio ed escogita contromisure.

Di ritorno da una missione di ricognizione, Kodai e Yuki trovano la corazzata alla deriva e disabitata. Mentre sono in cerca di risposte, cadono in una nuova trappola.

Il generale Domel prepara un'insidia mortale: la corazzata sarà accerchiata da un'intera flotta di navi da guerra gamilonesi che non le lasceranno scampo.

Molto danneggiata e a corto di provviste, la Yamato si ferma su un pianeta simile alla Terra. I membri dell'equipaggio temono di non poter completare il viaggio in tempo.

Kodai, Yuki e Sanada esplorano il centro di controllo di un ponte sospeso nello spazio, fondamentale via di comunicazione creata da un'antica civiltà.

Il pianeta Balun risulta essere il punto di raccolta di diecimila navi nemiche. La Yamato deve farci i conti per raggiungere la Grande nube di Magellano.

Mentre i nostri eroi raggiungono la Grande nube, Domel gioca a gatto e topo con Okita e pensa a una strategia per fermare una volta per tutte la corazzata.

È giunta l’ora della resa dei conti. La Yamato, spinta in una nebula, è in condizioni disperate. Il cannone a onde è disattivato e a bordo arrivano degli infiltrati.

La Yamato, sopravvissuta a fatica all'ultimo scontro, si dirige verso il pianeta desertico e insidioso di Leptopoda. Kodai e altri dell'equipaggio vengono imprigionati.

Si scopre che Iskandar e Gamilon sono pianeti gemelli situati nello stesso sistema solare. Quasi arrivati a destinazione, i terrestri sono nuovamente presi di mira.

Okita lancia un'offensiva contro la capitale di Gamilon e Dessler si rifugia nella sua fortezza spaziale, pronto anche a sacrificare i compatrioti pur di non arrendersi.

La corazzata giunge finalmente a Iskandar, ma la regina Starsha non si fida dei terrestri che hanno usato un'arma di autodifesa per una distruzione di massa.

Con Iskandar alle spalle e con a bordo il dispositivo per liberare la Terra dalla contaminazione, la Yamato è pronta a fare ritorno, ma una brutta sorpresa l'attende.

Un'avventura epica. Un viaggio senza fine. Di ritorno nella galassia d'origine, la Yamato è quasi al termine del suo tragitto. Nuove vite nascono e altre finiscono.