Quando a última frota espacial das forças da ONU luta contra as forças de Gamilas perto de Plutão, uma misteriosa nave espacial faz um pouso de emergência em Marte.

O encouraçado espacial humano Yamato é construído em segredo. Yamato tem que viajar para o planeta Iscandar, a 168.000 anos-luz da Terra.

Yamato recebe um sinal de resgate de uma nave espacial da ONU na sexta lua de Saturno, Enceladus.

Há uma base de lançamento de bombas de meteoritos Gamilas em Plutão. A Terra está devastada pelas bombas até agora. Capitão Okita decide atacar a base.

O esquadrão de caças do Yamato continua procurando uma base inimiga em Plutão. Durante uma luta confusa, Kodai descobre algo.

Yamato vai passar pela Heliopausa. A tripulação tem permissão para entrar em contato com cada um de sua família, há uma tristeza sem fim pela despedida.

Na capital de Gamilas, Dethler mostrará ao estado que as forças de Gamilas atacam e afundam Yamato por sua estratégia, porque quer mostrar seu poder aos ministros.

Enquanto AU09 (a.k.a Analyzer) analisa um soldado andróide Gamilas que a tripulação do Yamato capturou, a amizade começou a crescer entre eles. Há coração nas máquinas?

Yamato cai numa falha dimensional que destruiu muitas naves espaciais, como o cemitério do universo.

As opiniões da tripulação do Yamato se opõem sobre Melda que sobreviveu a um piloto das forças Gamilas.

Quem começou a guerra, ONU ou Gamilas? A pergunta e a verdade abrem uma lacuna entre Kodai e Shima. Enquanto isso, Dethler ordena que Domel subjugue Yamato.

Enquanto o inimigo invisível ataca Yamato, Capitão Okita desmaia de sua doença.

Quando Kodai e Yuki voltaram do reconhecimento, parece que nenhuma alma foi vista no Yamato.

A tripulação se sente angustiada pelo ataque persistente de Domel. Finalmente, alguns tripulantes levantaram dúvidas sobre a missão de Yamato.

O planeta chamado Bemera-4, onde Yamato parou para abastecimento, é um mundo semelhante à Terra. Niimi e Itou lideram um motim para abandonar a missão do Yamato e querem deixar as pessoas emigrarem da Terra para Bemera-4.

Kodai traz uma informação das relíquias de Bemera-4. Parece que Yamato poderá saltar dezenas de milhares de anos-luz pela rede de portões do hiperespaço das relíquias.

Shinohara usa a rede de portões do hiperespaço e faz um voo de reconhecimento para Balan. Infelizmente, há dez mil couraçados das forças Gamilas para revisão naval.

Dethler ordena que Domel subjugue Yamato novamente. No entanto, Domel recebeu crianças-soldados, velhos soldados e quatro porta-aviões.

Yamato, o Grupo de Ataque sob o comando de Domel, as duas forças se confrontando no Aglomerado de Estrelas Arco-Íris.

O planeta prisão 17 é um dos campos de concentração de Gamilas para dissidentes políticos e prisioneiros de guerra. Neste campo onde um prisioneiro é abusado rotineiramente, o supervisor virá de Gamilas.

Capitão Okita encontrou a posição de Iscandar e Gamilas, e ordena que a tripulação salte em direção a Iscandar.

Logo após sair de dobra, Yamato foi atacado por um feixe de alta energia.

Alguns tripulantes do Yamato se encontram com a Rainha de Iscandar, Starsha. Ela conta algo totalmente inesperado para eles.

Yamato deixa Iscandar de volta para casa. Eles vão para Balan para usar a rede de portões do hiperespaço, mas os remanescentes das forças Gamilas fazem uma emboscada lá.

Yamato volta ao Sistema Solar. E um milagre acontecerá à tripulação.