故事发生在私立山星高校中，拥有如同春风一样温暖人心笑容的永濑伊织、外表腹黑毒舌，实际上内心十分细腻脆弱的稻叶姬子、各方面都只能被称为在普通水准的八重樫太一、武功高强却患有男性恐惧症的桐山唯、作风轻浮但其实非常专一的青木义文，这五名文化研究部的部员们像往常一样过着平静的一天，但他们不知道的是，不久之后，他们的命运即将因为某件事情被发生颠覆。

Taichi, Himeko, Yoshifumi, Yui and Iori find themselves inside the body of the girl (or boy) next door! Besides bringing a new meaning to the term “Exchange Student,” it’s not hard to do the math. Take a geek, a cool girl, a class clown, a popular chick and one sultry maid of mystery, scramble thoroughly and divide, and you can bet that soon they’ll be answering questions they never wanted to know about the opposite sex! Get ready for the wildest game of musical bodies ever in Kokoro Connect!

Dans le club de recherche culturel se trouve cinq étudiants, Taichî Yaegashi, Iori Nagase, Himeko Inaba, Yui Kiriyama et Yoshifumi Aoki. Alors que tout semble aller pour le mieux entre eux, ils sont soudainement victimes d'un étrange phénomène: ils s'échangent leurs corps de manière totalement aléatoire. Ce qui s'avérait être un jeu amusant au tout début, détériore peu à peu leurs relations et les amènent à se poser des questions sur la connaissance de soi...

文化研究部に所属する八重樫太一・永瀬伊織・稲葉姫子・桐山唯・青木義文に、何の前触れもなく不思議な現象が起こる。“人格入れ替わり”、“欲望解放”――。それらの現象は、自らを＜ふうせんかずら＞と名乗った“誰か”の仕業だった。 最初のうちは戸惑いつつも、どこかでそんな状況を楽しんでいた彼らだったが、心の連鎖は彼らの秘めた心の傷をも浮かび上がらせ……。 平穏が崩れたその時、5人の関係は形を変える。