Nachdem Yashiro Isana seine Mittagspause auf einem der Dächer seiner Highschool verbracht hat, will er für seine Klassenkameradin Kukuri etwas besorgen. Doch dann kommt alles anders …

Kuroh, der Mann mit den sonderbaren Kräften, hat Shiro zwar gerettet, will ihn aber aus unbekannten Gründen ebenfalls töten. Shiro gelingt es, sich mit einer Notlüge aus dem Staub zu machen. Als er ohne weitere Vorfälle erleichtert im Wohnheim ankommt, verwandelt sich seine Katze plötzlich in ein schönes junges Mädchen …

Der in einer Einzelzelle gefangene Rote König Mikoto Suoh wird vom Blauen König Reisi Munkata besucht. Allerdings finden sie keinen gemeinsamen Nenner. Gleichzeitig haben Shiro, Kuroh und das mysteriöse hübsche Mädchen Neko eine kurze Kampfpause in Shiros Zimmer eingelegt.

Kuroh muss sich nun vergewissern, ob Shiro gut oder böse ist. Sollte er seine Unschuld nicht beweisen können, wird Kuroh ihn töten. Shiro macht sich mit Kuroh und Neko auf, um auf dem Schulgelände ein Alibi zu suchen.

Shiro konnte zwar ein Alibi finden, hat jedoch nach seiner Rückkehr in sein Zimmer ein blutverschmiertes T-Shirt in seinem Schrank gefunden. Shiro versteckt das T-Shirt und tut so, als ob nichts geschehen sei. Gerade als Shiro mit Kuroh und Neko in die Stadt gehen will, um die Besorgungen für das Schulfest zu machen, betreten die stellvertretende Anführerin von Scepter 4, Seri Awashima sowie Misaki Yata und Rikio Kamamoto von Homra die Schulinsel.

Weder Scepter 4 noch Homra konnten herausfinden, ob Shiro in der Schule angemeldet ist oder nicht. Shiro selbst ist sich nun seiner Herkunft auch nicht mehr so sicher und begibt sich auf die Suche nach seiner Identität. Indessen sitzt Mikoto Suoh in einer Einzelzelle von Scepter 4 und hat einen Alptraum, da er sich um seine Kräfte sorgt.

Shiro gelingt es einfach nicht, seine Identität zu beweisen. Als er nach Hinweisen in seinem Elternhaus suchen will, findet er dort allerdings etwas ganz anderes vor. Dann erscheint plötzlich Awashima von Scepter 4 und will die beiden festnehmen.

Als der Silberne König erkennt, dass er von den Helikoptern von Scepter 4 eingekreist ist, sprengt er sein eigenes Luftschiff in die Luft, woraufhin es abstürzt. Shiro, Kuroh und Neko werden von der Explosion erfasst und niemand weiß, ob sie noch am Leben sind.

Suoh wird von dem Mann kontaktiert, der behauptet, Totsukas Mörder zu sein, woraufhin er aus dem Gefängnis von Scepter 4 ausbricht und erneut seinem Clan Homra befiehlt, das Schulgelände der Ashinaka-Schule zu besetzen, auf dem sich der Mörder versteckt hält.

Homra hat das Schulgelände der Ashinaka-Schule besetzt und Scepter 4 die Brücke zwischen der Insel und dem Festland. Beide warten nun, dass die andere Partei abzieht. In dieser angespannten Lage vergeht die Nacht. Als die beiden Gruppen im Morgengrauen zusammenstoßen, kommt es zu einer Explosion.

Der Kampf zwischen Rot und Blau wird immer heftiger. Schließlich tragen Suoh und Munakata den Entscheidungskampf aus. Allerdings wird Shiro von einem geheimnisvollen Licht eingehüllt, als Kukuri von „etwas“ psychisch beeinflusst wird und bewusstlos zu Boden fällt. Als sich das Licht auflöst, hat Shiro sämtliche Erinnerungen zurück, nämlich, dass er der Silberne König Adolf K. Weismann ist.

Shiro hat seine Erinnerung daran zurückerlangt, dass er der Silberne König ist und führt mit Nekos und Kurohs Unterstützung die Schüler vom Schulgelände. Er hilft auch, die Kämpfe zwischen den roten und blauen Clansmen zu beruhigen und alle von der Insel zu evakuieren. Auf der Insel bleiben nur Shiro, Kuroh, Suoh und Munakata, die den Endkampf ausfechten …