1987年の日本。ジョースター家の血を引く青年・空条承太郎は留置場にいた。承太郎の母・ホリィは「自分には悪霊がついている」と釈放を拒む承太郎を案じ、アメリカにいる承太郎の祖父・ジョセフに助けを求めた。

幽波紋・スタンドの力を隠しながら日常生活に戻る承太郎。そんなある日、登校中に不自然な現象で軽傷を負ったことがきっかけで、花京院典明と名乗る転校生と知り合い、やがて彼からのメッセージに気づく。

覚醒したスタンド能力で、DIOの刺客・花京院を打ち破った承太郎。倒れた花京院の身柄を確保してDIOの情報を得ようとするが、花京院の脳には「肉の芽」という、摘出不可能なDIOの細胞が植え付けられていた。

50日以内にDIOを倒さなければホリィの命が危ない。DIOを打倒に向け、承太郎たちは彼が潜んでいると思われるエジプトへの旅を開始。道中の飛行機の中で、承太郎たちは再びDIOの放った刺客と遭遇する。

承太郎たちは新たなる刺客・ポルナレフのスタンド「銀の戦車＝シルバーチャリオッツ」の剣さばきに圧倒されるが、ポルナレフの挑発に応じたアヴドゥルが「魔術師の赤・マジシャンズレッド」で立ち向かう。

新たな同行者を加えた承太郎たちはスピードワゴン財団の協力を受け、海路で次の目的地・シンガポールに向かう。その道中、船内で密航者が見つかり騒動となるなか、承太郎が海中からの敵スタンドに襲われてしまう。

承太郎たちは偽の船長の仕掛けで爆破された船から脱出し、救命ボートで広大な海を彷徨う。そこに、巨大な貨物船が姿を現した。一行は疑心暗鬼になりながらも助けを求め、貨物船に乗り移るが…。

シンガポールに到着した承太郎たちは宿泊先のホテルで別行動を取る。ホテルの部屋で1人になったポルナレフは待ち構えていた「呪いのデーボ」として怖れられる新手のスタンド使いに遭遇し、絶体絶命の危機に陥る。

「我々の中に裏切り者がいる、花京院に気をつけろ、DIOの手下だ」とハーミットパープルで念写されたメッセージを前に戸惑うジョセフたち。それを知らない承太郎は、花京院やアンとシンガポールを散策していた。

無事インドに入国した承太郎たちは、文化の違いに驚きつつもレストランで小休止を取る。そこでポルナレフは鏡の中だけに見える謎のスタンドに襲われ、相手は妹の敵である「両腕が右手の男」である可能性が高かった。

ポルナレフをかばい、敵スタンドの前に倒れたアヴドゥル。それを目の当たりにしたポルナレフはショックで冷静さを失っていた。そこにＪ・ガイルがつけ込み、スタンド「吊られた男・ハングドマン」で猛攻撃を始める。

承太郎一行はガンジス川のほとり、聖地・ベナレスを目指す。道中、ジョセフは自分の腕に奇妙な腫れ物があることに気づく。最初は気に留めていなかったが徐々に大きくなってきたため、医者に診てもらうことにした。

インドからパキスタンへの道のりを四駆車で飛ばす承太郎たち。運転手のポルナレフは前を走るボロ車を強引に抜き去る。しばらく快調に車を走らせる一行だったが、先ほど抜いたボロ車が後方からあおってきた。

承太郎一行は敵スタンド使いの妨害を乗り越えてパキスタンに入国を果たした。周囲が濃霧に包まれてきたため近くの町で宿を探し始める。その時、承太郎たちは道端で恐怖に顔を歪めた変死体を発見した。

エンヤ婆がDIOの新たな刺客であることに気づいたポルナレフは、エンヤ婆のスタンド「正義・ジャスティス」に操られた多数の死体に襲われる。この町全体が、すでにエンヤ婆の支配下に置かれていたのだった。

エンヤ婆を生け捕りにした承太郎たちはパキスタンの首都・カラチに入る。そこで待ち構えていたのはDIOからの新たな刺客・鋼入りのダンと名乗る男で、彼は仲間であるはずのエンヤ婆をためらうことなく殺してしまう。

ジョセフの脳内に入り込んだダンのスタンド「恋人・ラバーズ」。ダンはジョセフの命を握ったことで圧倒的優位に立ち、承太郎に対して卑劣な行為を繰り返すが、逆らえない承太郎は怒りを抑えつつ命令に従う。

アラブ首長国連邦に到着した承太郎たちは、砂漠をラクダで移動し始める。そして仲間以外は誰もいないはずの砂漠で何者かの気配を感じた。承太郎がスタープラチナで確認しても、不審なものは見当たらないが…。

花京院典明は夢を見ていた。赤ん坊の泣き声が響く奇妙な遊園地で「死神」のタロットを見つけた花京院は、カードの中から飛び出した死神の大鎌をとっさにかわすと、鎌は傍らにいた犬を切り裂いた。

花京院の赤ん坊が怪しいという訴えを誰も信じようとはせず、仲間たちは逆に花京院の異常を疑う。何とか誤解を解こうと、花京院が夢の中で自ら傷つけた腕の傷「BABY STAND」を見せても、ますます誤解は深くなる。

勢いで口走った自分の願いで復活した妹・シェリーに襲われたポルナレフ。「審判・ジャッジメント」の暗示を持つ敵スタンド使い・カメオは、ポルナレフの第3の願いを叶えると告げ、死んだアヴドゥルをも復活させた。

承太郎たちは新たな移動手段として潜水艦を手に入れた。目指すは紅海を抜けてアフリカ大陸、DIOのいるエジプトへの上陸だ。潜水艦のソナーで外部の反応を探りながら一行は静かに進むが、やがて事態は急変する。

敵スタンド「女教皇・ハイプリエステス」の襲撃を受けた承太郎たちは、沈没寸前の潜水艦からの脱出を図る。海中を自力で泳ぐためスキューバ用の装備を着ける一行を、再び敵スタンドが襲いかかった。

DIOのいるエジプトに上陸し、ジープで砂漠を横断中の承太郎たち。そこへ、一行の旅をサポートしていたスピードワゴン財団のヘリコプターが降り立つ。ヘリにはジョセフの要請を受けて連れてきた新しい仲間がいた。

承太郎たちは新たにイギーを仲間に加えた。そして水のスタンドの急襲により花京院が重傷を負う。アヴドゥルは姿の見えない敵からの攻撃に対して一計を案じるが、間一髪のところで看破されてしまう。

ンドゥールとの闘いで重傷を負った花京院とアヴドゥルの治療中、承太郎たちはアスワンの街で休息を取る。敵スタンドの襲撃を警戒する一行は、ポルナレフが無作為に選んだカフェに入ることにするが…。

承太郎たちは、DIOのいるカイロを目指してナイル河を下るための小型帆船を探す。一方、その近くの河べりを歩いていた農夫のチャカは、落ちていた装飾刀を拾う。周囲の人間が刀を抜こうとしてもびくともしないが…。

ポルナレフはコム・オンボでアヌビス神のスタンド使い・チャカを倒したが、同じくアヌビス神のスタンドだと語る理髪店の主人に襲われる。ポルナレフはチャカの持っていた「刀」こそがスタンドであると気づいた。

承太郎たちはナイル川中流の街・ルクソールに到着した。その道中、ジョセフは傍らの岩に奇妙なコンセントがついていることに気づき、不思議に思いながらもコンセントに触れた途端、感電してしまう。

敵スタンドの能力によって磁力を帯びた体になったジョセフ。アヴドゥルもまたコンセントに触れてしまい磁力を帯びる。磁力の影響でくっつきあうジョセフたちは、互いの体を引き離し、敵の本体らしき女を追う。

ジョセフとアヴドゥルがマライアと戦闘を繰り広げていた頃、承太郎たちは2人が来ないことを不審に思い、ルクソールの街中を捜す。するとポルナレフが、殺気を放ちながら自分たちを尾行する男を発見した。

「セト神」を暗示する敵スタンド使い・アレッシーの能力で、心も体も子供に戻ってしまい混乱するポルナレフを、通りがかりのマレーナという女性が救った。そして、彼女の家にまでアレッシーの魔の手は迫る。

長い旅路の果て、目的地であるエジプト・カイロに到着した承太郎たちは、早速立ち寄ったカフェでDIOの館の聞き込みを開始。すると、その場にいた客の1人が「その館に見覚えがある」と静かに声を上げた。

敵スタンド使いのダニエル・J・ダービーとのギャンブル対決に敗れ、魂を奪われたジョセフとポルナレフ。2人の魂を取り戻すため承太郎はポーカー勝負を挑み、勝負の前にスタープラチナの精密さを見せつける。

カイロでDIOの館を探す承太郎たちを追ってカイロ空港に降り立ったホル・ホースは、新たなパートナーと手を組み、再び承太郎たちの命を狙っていた。そのパートナーとは、予知能力を持つスタンド使い・ボインゴだ。

カイロで承太郎たちと遭遇したホル・ホースたち。ボインゴの予知どおり、路地裏でポルナレフの隙を突いて鼻の穴に指を突っ込むことに成功したが、ホル・ホースは次にすべき行動がわからず身動きが取れずにいた。

カイロでDIOの館の捜索を続ける承太郎たち。アヴドゥルのつてでカイロに詳しいサングラスの男に館の捜索を依頼し、一行はしばらく待機する。一方、1人で街を散策していたイギーは2匹の大型犬に絡まれる。

DIOの館を守っていたスタンド使いのハヤブサ、ペット・ショップと下水道で戦うイギー。ペット・ショップは恐るべき速度でイギーに襲いかかり、イギーは氷柱のミサイルで重傷を負うが、かろうじて川の中に逃げ込む。

ついにDIOの館の所在を突き止めた承太郎たち。館にはテレンス・T・ダービーと名乗る執事が一行を待ち構えていた。かつて倒したギャンブラーの弟でもあるこの男は、自身のスタンド「アトゥム神」の姿をさらす。

ダービーとの魂をかけたTVゲーム対決が白熱する。レースゲームで勝負を挑んだ花京院はダービーの策略の前に敗北を認め、魂を奪われてしまった。激怒するジョセフをよそに、承太郎は静かに次のジャンルを選択する。

ダービーとの野球ゲーム対決で承太郎は劣勢のなか、なぜかダービーに対し投球予告を行う。ダービーは承太郎の行動を不審に思いながらも、相手の魂の状態を判別できるスタンド能力を駆使して優位に立とうとする。

長く苦しい旅を共にしてきた仲間との突然の別離。あまりにもあっけなさ過ぎる事態に、感情を抑えきれないポルナレフは剣を振り回してしまい、姿の見えない敵に傷を負わせるが深手には至らなかった。

ポルナレフはヴァニラの容赦ない攻撃で窮地に立たされてしまう。死を覚悟したポルナレフだったが、瀕死のイギーが寸前で救出する。そして、最後の力を振り絞るイギーのスタンドは徐々に力を失っていった。

ついにDIOとの対面を果たしたポルナレフは敵意をむき出しにし、これに対しDIOは「再び仲間になることを許す」と声をかける。誘いを拒むポルナレフだったが、謎の現象によって近づくことすらできずにいた。

ジョセフと花京院はDIOから逃亡しつつ闘い、承太郎とポルナレフはDIOを追いながら闘うという、挟撃の形を取る。そして花京院は、「DIOのスタンドの正体を暴く方法を思いついた」と周辺の建物にわなを張りめぐらす。

ジョセフは花京院が残したメッセージで「世界、ザ・ワールド」の能力を見破るが、DIOの非情な攻撃に倒れる。激高する承太郎は「星の白金、スタープラチナ」で世界、ザ・ワールドとのラッシュ対決に挑むが…。

ポルナレフの奇襲と必死のトリックで、ついにDIOへ反撃の一撃を与えた承太郎。重傷を負ったDIOは時を止めながら逃亡を図り、承太郎はラッシュ攻撃でとどめを狙うが、それこそがDIOの仕組んだ「逃走経路」だった。