Jotaro Joestar es un joven de 17 años que se encuentra autorecluido en prisión debido a que dice estar poseído por un espíritu maligno. Ante tal situación, su abuelo Joseph Joestar va a visitarlo para explicarle sobre ese espíritu y contarle sobre el destino que recae sobre la familia Joestar.

Luego de enterarse del destino de su familia, JoJo regresa a la escuela, cuando es atacado por un hombre que posee un Stand.

Los Joestar atienden a Kakyoin, quien quedó muy mal herido. Mientras lo hacen, descubren que Dio lo controlaba y que por eso los atacó. Más tarde, Avdol descubre algo terrible sobre Holly que los obligará a todos a entrar en acción.

JoJo y compañía se montan en un avión para dirigirse a Egipto, pero son atacados por un Stand con forma de insecto durante el vuelo.

Avdol se encarga de enfrentar al joven francés que los ataca en el restaurante.

JoJo y su grupo se embarcan camino a Egipto, pero un Stand los atacará en el trayecto.

JoJo y su grupo suben al barco gigante que aparece frente a ellos. A pesar de que solo encuentran un orangután en todo el barco, son atacados por un Stand desconocido.

JoJo y su grupo se dirigen un hotel para descansar temporalmente, pero Dio no se los permitirá y enviará otro usuario de Stand a matarlos.

JoJo y los demás piensan dirigirse a India en tren y para eso toman un teleférico para ir a comprar los boletos, pero la extraña actitud de Kakyoin no deja de intrigarles.

JoJo y compañía llegan a India y encuentran indicios de que el hombre de las dos manos derechas está ahí, por lo que Polnareff se separa del grupo para buscarlo.

Polnareff y Kakyoin siguen luchando contra Hol Horse y la misteriosa habilidad de Centerfold. Hol Horse escapa y los dos salen tras él, cuando descubren que Centerfold sigue tras ellos y deciden enfrentarlo.

Acompañados de la mujer que estaba enamorada de Hol Horse, Jotaro y la banda llegan a Benarés. Mientras están en ella, Joseph nota que una picadura de mosquito se le infecto, aunque en realidad es un Stand que intenta matarlo.

Mientras JoJo y su grupo intentan abandonar India en su auto y dirigirse a Pakistán, un misterioso auto los ataca.

Una vez que llegan a Pakistán, una fuerte niebla obliga al grupo de JoJo a parar en un remoto pueblo donde la gente no es muy amable. En ese lugar se encuentra Enyaba, quien busca venganza por la muerte de su hijo Centerfold.

La anciana Enyaba ataca a Polnareff para vengar a su hijo Centerfold. Mientras Polnareff huye de ella por no saber cómo enfrentar a su Stand, JoJo llega al lugar de los hechos.

Habiendo llegado a Karachi, JoJo y su grupo se encuentran con un nuevo usuario de Stand enviado por Dio, Dan of Steel, quien pone en graves aprietos a Joseph Joestar.

Mientras Kakyoin y Polnareff intentan capturar a The Lovers para sacarlo del cerebo de Joseph, Dan of Steel sigue torturando y humillando a Jotaro, quien va tomando nota de todo lo que sufre.

Kakyoin sueña que está en un parque de diversiones y de repente es atacado. Tras despertar del terrible sueño gracias a Polnareff, parten en búsqueda de una avioneta para seguir su viaje, pero antes de partir se enteran de que tendrán que viajar con un invitado inesperado.

Habiendo descubierto la identidad del usuario de Death 13, Kakyoin intenta convencer a los demás de ello sin mucho éxito. Luego de que todos pensaran que Kakyoin se ha vuelto loco, se van a dormir y caen en el mundo de las pesadillas, quedando a la merced de Death 13.

El grupo se desvía de su rumbo hacia una pequeña isla porque Joseph quiere hablar con alguien antes de seguir. Poco después de llegar a la isla, Polnareff encuentra una lámpara de la cual sale un genio que dice que le cumplirá tres deseos.

Polnareff está a punto de ser devorado por ese extraño ser que dice ser su hermana, pero cuando sumido en la desesperación acepta su destino, recibe una gran sorpresa.

Con Avdol de vuelta en el grupo, JoJo y compañía se montan en un submarino para llegar a Egipto a salvo. Pero ni siquiera en las profundidades del mar Rojo están a salvo de los Stand del enemigo.

JoJo y sus compañeros siguen teniendo serios problemas en el mar por culpa de una usuaria de Stand. No obstante, gracias a Jotaro consiguen superar esa grave crisis y llegan a Egipto. Allí les esperan nuevos y numerosos peligros.

JoJo y compañía llegan a Egipto, donde se encuentran con un helicóptero de la Fundación Speedwagon que viene a traerles un peculiar ayudante para su travesía e información sobre Dio. Un rato después, el grupo de JoJo vuelve a recibir el ataque de un nuevo usuario de Stand.

Luego de saber cómo funciona el Stand que los está atacando, JoJo y compañía intentan no emitir ningún silencio para no ser descubiertos. Sin embargo, el plan no funciona y, mientras Iggy intenta huir, Jotaro deberá recurrir a medidas extremas para derrotar al usuario del Stand.

Jotaro y los demás siguen su viaje por Egipto. Esta vez serán atacados por un par de hermanos con Stands muy peculiares: Uno es un manga que predice el futuro y el otro uno que permite a su usuario transformarse en alguien más. Trabajando juntos, ambos intentan eliminar a Jotaro y compañía, pero la mala suerte los acompaña.

Un grupo de personas encuentra una misteriosa y bella espada tirada en el medio del camino. Tras desenvainarla, el Stand de la espada, Anubis, toma posesión de uno de ellos. Más tarde, Polnareff se separa del grupo y es atacado por este usuario.

Anubis sigue atacando a Polnareff y Jotaro. Tras darse cuenta de cómo funcionan sus poderes, Jotaro y Polnareff intentan evitar que alguien más toque la espada maldita, pero eso no sale bien y todo termina en una pelea entre Polnareff y Jotaro.

Jojo y compañía llegan a Lúxor, una ciudad egipcia a la mitad del Nilo. Como todos están agotados, deciden descansar una noche en un hotel de la ciudad. Mariah, una nueva usuaria de Stand, no deja de pasar la oportunidad y ataca a Joseph Joestar.

Joseph y Avdol siguen luchando contra Mariah mientras atraen todo tipo de cosas metálicas a su paso, por lo que pasan por muchas situaciones peligrosas e incómodas con cada paso que dan.

Mientras Joseph y Avdol se enfrentaban a Mariah, otro usuario de Stand va tras Jotaro y Polnareff. Luego del primer contacto con ellos, del que Jotaro no se percata, Polnareff extrañamente se convierte en un niño.

Alessi empequeñece a la señorita que había acogido a Polnareff y él mismo tendrá que defenderla a pesar de haber vuelto a tener tres años. Tras dar un poco de batalla, Jotaro se cruza con Alessi y empieza la batalla entre los dos.

JoJo y los demás finalmente llegan a El Cairo, donde los espera Dio. Con tan solo una fotografía como referencia, empiezan a buscar el edificio donde está Dio. Al hacerlo llegan a un bar, donde un misterioso hombre les ofrece información a cambio de ganar una apuesta.

Luego de que Polnareff y Joseph perdieran su alma contra D'arby, Jotaro decide apostar su alma y la de los demás para derrotar a D'arby en una batalla psicológica de póker.

Hol Horse regresa de India y va a hablar con Dios. Primero piensa matarlo, pero pronto descubre el gran poder de Dio y entonces decide aliarse con Mondatta para esta vez poder derrotar a Jotaro y compañía.

Hol Horse amenaza a Polnareff para que no diga que está ahí, pero sucede algo extraño. Tras ello, Hol Horse decide confiar en las predicciones de Mondatta y las sigue a rajatabla.

JoJo y el grupo siguen en la búsqueda de la mansión de Dio pero no logran dar con ella. Habiéndose apartado de los demás, Iggy finalmente la encuentra, pero ve que una terrible ave la está vigilando. Al principio decide no pelear contra ella y huir, pero no puede evitar salvar a un niño y así entrar en una batalla contra el pájaro usuario de Stand.

Tras perder una pata, Iggy logra escapar del pajarraco, pero este vuelve a atacarle. Con mucha dificultad logra vencerlo y pronto sale a buscar a JoJo y compañía, y así guiarlos hasta la mansión de Dio.

Tras salir a recibirlos, D'Arby, el hermano menor de quien enfrentaran antes, desafía a JoJo y compañía a una apuesta por su alma, pero a diferencia de su hermano, la apuesta se realizará jugando a un videojuego.

Tras la maniobra de Kakyoin, parecía que la carrera de autos estaba ganada, pero D'Arby lo tenía todo calculado y finalmente se queda con su alma. Para recuperarla, Jotaro decide competir contra él en un juego de béisbol.

Llega el final del juego de béisbol entre Jotaro y D'Arby. Mientras tanto, Dio prepara a su siguiente esbirro, el leal Cool Ice.

Sigue la dura batalla entre Polnareff e Iggy contra Cool Ice. Tras haberse encargado de Avdol, Cool Ice logra arrinconar a Iggy y golpearlo ante Polnareff, quien no puede hacer nada al respecto.

La pelea contra Cool Ice llega a su fin dejando varias víctimas. En Japón, Suzie Q llega a visitar a Holly. Mientras tanto, Jotaro y Joseph siguen buscando a Dio y se encuentran con otro usuario de Stand.

Dio finalmente hace su aparición y empieza la pelea final contra él y su Stand, The World.

Kakyoin y Joseph luchan contra Dio y arriesgan sus vidas para descubrir el verdadero poder de The World.

Empieza la batalla final entre Dio y su The World contra Jotaro y su Star Platinum.

Llega el final de la épica y definitiva pelea contra Dio.