1868 год. В результате нападения разбойника Дарио Брандо повозка падает с обрыва, после чего Мэри погибает. Её муж, Джордж Джостар, и новорожденный сын Джонатан выживают, и Джордж думает, что Дарио спас их. В знак благодарности Джордж принимает в семью его сына — Дио Брандо. Дио начинает различными способами издеваться над Джонатаном например крадёт первый поцелуй у возлюбленной Джонатана — Эрины Пендлетон и даже сжигает его собаку. Но Джонатан не падает духом и мирится со своей судьбой.

Проходит 7 лет, отношения между Дио и Джонатаном стали более терпимыми. Однако отец Джонатана и хозяин поместья — Джордж, медленно умирает от неизвестной болезни. Джонатан, понимая, что в этом как-то замешан Дио, отправляется в Лондон, чтобы найти магазин, где был куплен яд. На него нападают разбойники во главе с Робертом Спидвагоном, который видит добрые намерения Джонатана и решает помогать ему. Тем временем Дио изучает таинственную каменную маску и решает испытать её на проходящем мимо пьянице. Маска превращает его в вампира и он чуть не убивает Дио, но сам погибает от солнечного света.

Проходит 3 дня. Джонатан лежит в больнице. К нему приходит таинственный человек по имени Уилл Цеппели и объясняет, что Дио жив и собирает новую армию живых мертвецов. Он также рассказывает о происхождении каменной маски. Цеппели предлагает Джонатану научится владеть «хамоном» — особой энергией, чья природа схожа с солнечными лучами, которая способна уничтожить вампира. Дио находит и обращает Джека Потрошителя, которого отправляет расправится с Джонатаном. Цеппели вступает с ним в бой и побеждает, уничтожив Джека хамоном.

По прибытии в посёлок Винднайтс Джонатан и Уилл встречают мальчика по имени Поко, который оказывается под гипнозом Дио. Он заводит главных героев на кладбище, где на них нападает толпа зомби. Главные герои справляются с ними, но на них нападают Таркус и Бруфорд, рыцари, которых воскресил Дио в качестве вампиров. Джонатан нападает на Бруфорда.

Джонатан сражается с Бруфордом и одерживает победу. На главных героев нападает Таркус, который надевает цепь на шею Джонатана и начинает душить его. Цеппели бежит спасать Джонатана.

Цеппели вспоминает о предсказании, что он умрёт, спасая «молодого льва». Приняв свою судьбу, он начинает бороться против Таркуса. Он разрывает тело Цеппели напополам. Сам Цеппели перед смертью передаёт всю свою оставшуюся силу Джонатану, и тому удаётся освободится от цепей Таркуса. Джонатан, Спидвагон и Поко возвращаются в Винднайс и встречают там Томпэтти, бывшего учителя Цеппели, в сопровождении учеников и Страйдзо. Также Поко узнаёт, что Дио похитил его сестру Пэгги.

На Пэгги напал один из подчинённых Дио в ответ на отказ присоединиться к нему. Джонатан спасает Пэгги, после чего направляется к Дио, чтобы уничтожить его. Джонатан не может просто так ввести в его тело хамон, но узнаёт, что может победить его с помощью меча, добытого у Бруфорда. В это время Томпэтти и Страйдзо сражаются против армии нежити Дио. В конце концов, Джонатану удаётся ввести хамон в тело Дио, уничтожив его.

Дио не умирает, так как успевает отделить свою голову, пока до неё не дошёл хамон. Джонатан женится на Эрине и на круизном лайнере решает отправиться в путешествие в Америку. В лайнере оказывает и Дио, который обращает всех людей в зомби. От Дио осталась только голова, но и с ней Дио остаётся достаточно сильным. Он намеревается убить Джонатана, чтобы заполучить его тело в качестве замены своего уничтоженного. Джонатан решает уничтожить лайнер, чтобы похоронить в море себя и Дио. Перед этим Эрина спасается, выплывая на гробу Дио с чужим младенцем на руках.

1938 год. Через 49 лет после смерти Джонатана постаревшие Спидвагон и Страйдзо отправляются в Мексику, где находят множество каменных масок. Страйдзо внезапно убивает всех членов экспедиции и надевает на себя маску, превратившись в вампира. Тем временем в Нью-Йорке живёт внук Джонатана — Джозеф Джостар. Он спасает мелкого карманника по имени Смоки Браун от полицейских, а позже подвергается атаке со стороны Страйдзо, который объявляет, что убил Спидвагона.

Джозеф сражается со Страйдзо и узнаёт от него, что Спидвагон был похищен и доставлен в секретную лабораторию. После чего Страйдзо кончает жизнь самоубийством, спрыгнув с Бруклинского моста. Джозеф решает поехать в Мексику.

Джозеф подвергается нападению Донована, посланного нацистом Штрохаймом. Тем временем сам Штрохайм пытается пробудить «каменного человека из колонны» с помощью крови узников. Штрохайм называет его Сантаной, тот же выходит на свободу через вентиляционную шахту и начинает убивать всех подряд. В лабораторию прибывает Джозеф, который использует против Сантаны технику хамон.

В борьбе против Сантаны Джозеф понимает, что хамон не может убить его. Однако Джозефу удаётся разделить тело Сантаны напополам, после чего он пытается вынести его на солнце. Сантана успевает вселится в тело Штрохайма через рану. Штрохайм, понимая, что скоро будет поглощён, рассказывает Джозефу о «других людях из колонны», которые находятся в Риме. Штрохайм подрывает себя в надежде убить Сантану, но тот снова спасается и нападает на Джозефа. Джозеф подставляет Сантану под солнечное отражение в колодце, и Сантана обращается в камень.

Спидвагон забирает окаменелые остатки в свою штаб-квартиру в Вашингтоне и узнаёт, что Сантана не умер, но может дальше оставаться в окаменелом состоянии под постоянным ультрафиолетовым излучением. Тем временем Джозеф отправляется в Рим и знакомится там с Цезарем, внуком Уилла Цеппели. Цезарь очень холодно встречает Джозефа и даже нападает на него. После того, как Джозеф отбивает атаку Цезаря, он принимает Джозефа и соглашается помочь ему найти «людей из колонн». Тем временем Вамуу, один из людей из колонн, был пробуждён нацистами, после чего убил всех людей в лаборатории, пробудив также своих господ: Карса и Эсидзи. Вамуу убивает друга Цезаря, поглотив половину его тела. Цезарь клянётся отомстить за смерть друга.

Цезарь в ярости нападает на людей из колонны, но оказывается серьёзно ранен Вамуу. Джозеф тоже нападает на него, однако терпит поражение. Джозеф, понимая, что остался без сил, заманивает Вамуу на вагонетку и уезжает с ним, чтобы спасти Цезаря и Спидвагона. Вскоре Джозеф утверждает, что через месяц станет сильнее и сможет побороть людей из колонн. Вамуу заинтересовался им и поместил кольцо с ядом в сердце Джозефа, утверждая, что если Джозеф не победит его, то кольцо растворится в Яд и убьёт Джозефа. То же самое делает и Эсидиси, поместив своё кольцо внутрь шеи Джозефа.

Джозеф и Цезарь отправляются в Венецию, чтобы учится у Лизы Лизы владеть хамоном. Она помещает главных героев в колодец с маслом, из которого можно выйти только при помощи хамона. Другого выбора нет, в противном случае Джозефа и Цезаря ждёт голодная смерть.

Лиза Лиза объясняет главным героям, что люди из колонны ищут камень эйши, который сможет избавить их от светобоязни и сделать более совершенными существами. Джозеф должен уничтожить камень. К тому моменту осталась лишь неделя до того, как кольца внутри Джозефа растворятся и убьют его. Лиза Лиза в качестве тренировки поручает главным героям сражаться против Логгинса и Мессины. Однако Логгинс оказывается убитым Эсидиси. Джозеф вступает в бой с ним и одерживает победу, взяв противоядие из кольца, заключённого в шее. Однако мозг Эсидиси не умирает и прикрепляется на спину Джозефа.

Джозеф возвращается обратно в поместье Лизы Лизы и знакомится со служанкой Сьюзи. Мозг Эсидиси незаметно захватывает её тело. Заражённая Сьюзи незаметно отправляет камень по почте. Эсидиси в теле девушки нападает на Джозефа и Цезаря, но те боятся навредить Сьюзи. В результате они пускают хамон по её телу и выводят мозг. Позже главные герои и Лиза Лиза отправляются в Швецию, чтобы забрать камень Эйши, но его перехватывают нацисты. На базу нацистов прибывает Карс и убивает всех, кто там находится. Однако его поджидает Штрохайм, который теперь стал частично киборгом.

Штрохайм разработал механическое тело, чтобы иметь возможность сражаться против людей из колонны. Кажется, что Штрохайм может победить Карса, но тот использует световой режим на лезвии, с помощью которого можно резать металл. Карс добывает камень, но Штрохайм успевает пустить его по склону, и в результате Джозеф с Карсом устраивают за ним погоню и оба падают с обрыва. Камень оказывается у Джозефа и спасает его от падения. Вскоре наступает утро, Карс вынужден прервать погоню и укрыться. Главные герои полагают, что Карс прячется в заброшенном отеле, и решают туда пойти. Но Джозеф подозревает, что Карс приготовил ловушку для них и пытается отговорить Цезаря, который рвётся туда. В результате они ссорятся и Цезарь идёт в здание один.

Цезарь подходит к заброшенному зданию, но подвергается нападению Вама, который для защиты от солнца искажает свет и создаёт эффект прозрачности. Цезарь демонстрирует улучшенные навыки Ваму, который сбегает внутрь здания, осознав, что слаб снаружи. Цезарь продолжает сражаться с Вамом и сильно ранит его, однако из-за просчёта получает смертельный удар. Цезарю удаётся получить кольцо-противоядие у Вама и передать Джозефу через свой последний созданный пузырь.

Джозеф и Лиза Лиза также отправляются в заброшенный отель, где скрывается Карс, и подвергаются нападению вампира по имени Вайрэд Бэк. Лиза Лиза быстро справляется с ним, введя хамон в тело через шарф. Джозеф и Лиза встречают Карса и Вама. Карс хочет убить главных героев, но Лиза говорит, что к камню эйши прикреплена взрывчатка со счётчиком, Лиза предлагает сразится в колизее против Карса, а Джозеф — против Вама. Карс соглашается и уходит вместе с Вамом.

Джозеф и Вам устраивают поединок в Колизее. Когда Ван хотел нанести смертельный удар, Джозеф частично оторвал ему руки. Вам выколол свои глаза и стал ориентироваться по воздуху. Он наносит тяжёлый удар Джозефу. Однако тот снова вводит хамон и ранит Вама в грудь.

Вам с помощью своей финальной техники хочет убить Джозефа путём всасывания воздуха в тело и выпуская его через голову, создавая с помощью высокого давления разрушительные потоки воздуха. Джозеф подкидывает масло, которое постепенно и незаметно всасывалось в тело Вама, затем и горящую повязку. Огонь, попавший в тело Вама, вступил в реакцию с маслом и взорвал его тело. Позже Лиза Лиза вступает в бой с Карсом, но тот обманывает женщину смертельно ранит её ударом в спину. Там временем Спидвагон и Штрохайм прибывают на помощь, чтобы с помощью ультрафиолетовых ламп бороться против армии вампиров.

Джозеф сражается против Карса, но начинает проигрывать ему. Он прибегает к хитрому плану, скидывает Карса со здания и спасает Лизу Лизу. Кажется, что Карс должен умереть, но он успел добыть камень Эйши и вставить его в каменную маску, надев на себя. Штрохайм делает попытку убить его с помощью ультрафиолетовых лучей.

Карс становится совершенным существом и больше не боится солнца. Он может также преобразовывать части своего тела, чтобы, например, летать. Понимая, что у Джозефа нет шансов победить, он сбегает на самолёте и хочет заманить Карса к вулкану. Джозефу удаётся прижать Карса к носу самолёта благодаря Штрохайму, который спрятался в боковой части самолёта. Перед тем, как самолёт падает в магму, Штрохайм хватает Джозефа и успевает приземлиться у края кратера, но сила удара оказывается настолько велика, что механические ноги Штрохайма полностью ломаются.

Карсу удаётся выбраться из Магмы, и он отрубает руку Джозефу. Выясняется, что Карс может использовать хамон, который по силе в сто раз превосходит силу Джозефа. Но происходит сильное извержение, и камень, на котором находятся Джозеф и Карс, улетает в высшие слои атмосферы. Карс улетает в космос и навечно замерзает, а Джозеф падает обратно на землю и пропадает без вести. Все считали, что он умер, и даже устроили похороны. Однако Джозеф выжил, так как упал в воду, и за ним ухаживала Сьюзи; впоследствии они поженились. В конце показана дальнейшая судьба главных героев. 1989 год, постаревший Джозеф отправляется в Японию, чтобы встретится с дочерью. Показаны короткие сцены, где его внук Дзётаро сидит в тюрьме, а гроб с телом Дио Брандо вытаскивают на сушу.