Le combat contre Administrator terminé, Alice vit aux abords de Rulid avec Kirito, qui a payé un lourd tribut au cours de son combat.

Le village de Rulid est attaqué par les forces des ténèbres, et les habitants ne peuvent faire face seuls. L'heure du choix a sonné pour Alice.

L'entreprise Glowgen Defense Systems est derrière l'attaque de l'Ocean Turtle. La situation étant au point mort, les deux camps décident à envoyer leurs membres dans l'Underworld.

Gabriel et Vassago se sont loggés dans l'Underworld pour pousser le Dark Territory à partir à la guerre... mais tous ses dirigeants ne sont pas à l'unisson.

Alice a repris sa place auprès des Chevaliers de l'Intégrité pour préparer le Monde des Himmes au dernier test de charge, et retrouve Lonie et Tizée...

Courage, Chevaliers de l'Intégrité ! La bataille pour la survie du Monde des Hommes a commencé !

Renri Synthesis Twenty-Seven, Chevalier jadis gelé par Administrator, a fui le front, incapable de surmonter sa peur... Est-ce au fond du trou qu'il retrouvera son courage ?

L'art sacré déchaîné par le Chevalier de l'Intégrité Alice inflige de lourdes pertes aux forces des ténèbres. Alice rencontre alors un survivant ennemi et apprend que l'objectif de l'Empereur Vector est de trouver la «Prêtresse de Lumière».

À la vue d'Alice, Gabriel ordonne à son armée de la capturer. La guilde des pugilistes se précipite et devance la force principale. Alors qu'Alice et Bercouli tentent d'esquisser une stratégie pour les combattre, la silencieuse Scheta Synthesis Twelve, Chevalier de l'Intégrité, s'avance.

Asuna est arrivée sur le champ de bataille et a sauvé le commando d'Alice. C'est avec beaucoup de méfiance qu'Alice approche Asuna qui porte les attributs de la déesse Stacia...

Gabriel réalise qu'il est dans l'impasse avec les IA à sa disposition et décide de tricher en faisant appel à des troupes de choc : les joueurs de VRMMO américain.

Les joueurs américains se livrent à un massacre sur les forces des ténèbres et l'armée des Hommes. Le champion des pugilistes ne peut tolérer cette situation...

Après avoir volé au secours d’Asuna, Sinon se met en route pour rattraper Alice enlevée par Vector.

Tous les amis d’Asuna se sont rendus dans l’Underworld pour aider l’armée des Hommes face aux joueurs américains…

Bercouli poursuit Vecta, qui a enlevé Alice. Après une longue et vicieuse bataille, Bercouli libère sa compétence secrète d'épée, Uragiri, et vainc finalement Vecta, bien qu'il ait lui-même subi de graves blessures.

Yanai, le technicien qui accompagnait Higa, s'avère être le traître qui communiquait avec la NSA et qui a saboté le projet Alicization.

Vassago tient Kirito à sa merci, et alors qu'il s'apprête à l'achever, un nouvel arrivant fait son apparition...

Vassago est désormais décidé à tuer tous les habitants de l'Underworld pour forcer Kirito à réagir... C'est alors qu'Asuna se relève pour un assaut de la dernière chance.

Kirito a repris les armes pour faire face à Vassago. Armé de l'Épée à la Rose Bleue et de l'Épée du Ciel Nocturne, parviendra-t-il à vaincre son adversaire ?

Alice et Asuna se dirigent vers l'autel du bout du monde alors que Kirito affronte Gabriel. À moins qu'il ne puisse vaincre Gabriel et retourner dans le monde réel avant le début de la phase d'accélération maximale, Kirito devra passer les 200 prochaines années dans le monde souterrain.

La phase d'accélération maximale a commencé. Alice se déconnecte avec succès des enfers, mais Kirito n'arrive pas à temps. Dans le monde réel, Higa et Kikuoka se précipitent pour arrêter le STL, afin de désactiver la phase d'accélération maximale, mais...

"L'incident de l'attaque de Rath", orchestré par l'Agence américaine de sécurité nationale, est terminé. Désormais à la tête de la nouvelle institution d'exploration et de recherche sur les ressources océaniques, Rinko dévoile Alice au monde comme une authentique intelligence générale artificielle.