自同阿多米尼斯多雷特的激斗起已经过了半年。爱丽丝带着失去右臂、变成废人的桐人在故乡卢利特村村外安静生活着。望着同他一起守护的世界，爱丽丝回忆起至今为止的经历。这时，在她的面前，同为整合骑士，且是她弟子的艾尔多利耶·辛赛西斯·萨蒂万出现了。

黑暗领域的军队袭击了卢利特村。乘着飞龙“雨缘”，爱丽丝赶往村中。依“禁忌目录”不能违背卫士长命令、无法从哥布林手中逃离的村民们还在那里。迷失了战斗目的的爱丽丝，为了自己的家人，为了桐人和尤吉欧想要守护的人们，再次身穿整合骑士的铠甲，挥舞起“金桂之剑”！

袭击“Ocean Turtle”的神秘组织——那是接受美国国家安全局机密任务的特殊工作部队。率领部队的队长加百列，过去曾与桐人和诗乃交战过……以抢夺用“灵魂翻译技术”创造的人工灵魂“A.L.I.C.E”——爱丽丝为目标的加百列，为了寻找“Underworld”内的爱丽丝，尝试了某个秘计。

率领暗黑帝国的暗黑骑士团的骑士团长夏斯塔，以阿多米尼斯多雷特死去为契机，向人界提出和平的意愿。可是这一尝试因皇帝贝库达回归暗黑界而被打碎。加百列使用贝库达的账号登录了“Underworld”。他为了找出“A.L.I.C.E”，指示暗黑帝国的军队进行与人界的全面战争。

分隔人界与黑暗领域的“东之大门”。就在其附近，暗黑帝国的军队逼近。为了人们决定战斗的爱丽丝，带着桐人和人界军会合。可是和压倒性的暗黑帝国军队的兵力相比，在人界军中能够战斗的整合骑士，只有十三人。绝对的劣势中，爱丽丝在犹豫是否将同废人一样的桐人带到前线……

“最终压力测试”开始，“东之大门”终于崩塌了。在成为了暗黑神贝库达的加百列面前，组成大规模军队的暗黑军团，向人界进军。少数精锐的人界军，分头迎击。尽管是绝望的战力差距，人界军的整合骑士们还是以一骑当千的可怕力量将敌人打倒。但暗黑军团以其压倒性的兵数慢慢将人界军击散。

整合骑士莱恩利·辛赛西斯·特文蒂赛门被命令守备补给部队。因初次战斗十分害怕而逃了出来。结果，暗黑军团的哥布林们入侵到了桐人所在的补给部队的帐篷。

由于整合骑士爱丽丝放出了强大的术式，暗黑军团受到了大损伤，起死回生的策略成功了。在人界军处于胜利的沸腾时，爱丽丝遭遇敌方败退的残兵，得知皇帝贝库达的目的是寻找“光之巫女”。另一边，察觉到“光之巫女”存在的皇帝贝库达，即加百列，展开了不顾己方军队牺牲的无情的作战。

捕捉到“光之巫女”爱丽丝身影的加百列为了抓住她，下达了全军突击的命令。负责暗黑军团一角的精锐——拳斗士先于本队出发，追赶着爱丽丝等人的游击队。爱丽丝和贝尔库利思考着迎击因心意而拥有坚固肉体的拳斗士军的作战。此时毛遂自荐的，是迄今一直保持沉默的整合骑士谢塔·辛赛西斯·忒尔夫。

Asuna已使用超级女神Stacia（超级女神）的超级用户帐户登录了黑社会。下降后，多亏罗尼（Ronie）和铁斯（Tiese），她与Kirito团聚。但是很快爱丽丝到来，导致局势不稳定！

亚丝娜通过“地形操作”制造出了无底的峡谷。为了抵达人界军所在的对岸，暗黑骑士与拳斗士将草绳当作桥梁前进。发现此良机的贝尔库利率领游击队出击。另一边，在现实世界的RATH内部，从加百列率领的工作队成员之一克里特那里，得知奇妙的新大型虚拟现实多人在线角色扮演游戏要进行限时β测试……

由于加百列的策略，现实世界的美国玩家被给予了暗黑骑士的账号。他们陆续登录“Underworld”，不分人界军和暗黑军团将“人工摇光”杀害。亚丝娜注意到杀戮集团他们是从现实世界登录的玩家，拼命想要阻止他们。另外，在对岸目睹这一切的伊斯卡恩，对漠不关心同伴之死的皇帝感到愤怒……

诗乃通过超级账号“太阳神索鲁斯”登录了。她在千钧一发之际救下了被美国玩家军包围的亚丝娜等人。使用索鲁斯账号固有的能力“无限制飞行”，追踪被贝库达掳走的爱丽丝。另一边，用超级账号“地神提拉利亚”登录的莉法也来到了“Underworld”。

“人界”军和亚丝娜面对蜂拥而至的美国玩家军团，人数少却仍在勇猛战斗。但是，无法颠覆绝望的战斗力差，“人界”军的士兵们纷纷倒下。满身疮痍的亚丝娜也处于随时倒下也不奇怪的状况。亚丝娜为了打破状况，做好了决死的觉悟的时候，见到了率领着来自《ALO》的援军登录的莉兹贝特的身影。

贝尔库利追踪带着爱丽丝离开的贝库达。在漫长的死斗之后，贝尔库利使出秘技——里斩，终于打倒了贝库达。但是，身负重伤的贝尔库利，在爱丽丝的怀中气绝。爱丽丝虽然为他的死而心痛，但还是决定前往“尽头祭坛”。

“RATH”中的叛徒，是研究员柳井。曾在须乡伸之手下工作的他潜入了“RATH”，向美国国家安全局传递情报。柳井对试着复活桐人的比嘉亮出了枪，想要阻止他觉醒桐人的操作。另一边，在“Underworld”中，诗乃与再次登录的贝库达——加百列对峙……

《ALO》增援军的攻势也气力不继，终于亚丝娜她们败给了瓦沙克和中国人·韩国人玩家军团。发现了处于废人状态的桐人的瓦沙克，踢倒了轮椅进行了挑衅，但是桐人的意识没有恢复。对这种情况非常愤怒的克莱因被瓦沙克抓住，被敌方玩家压制住了。瓦沙克一边嘲笑着克莱因，一边想要挥下“杀友菜刀”。这时，意想不到的人物出现了。

过去桐人的仇敌——Eiji拼尽全力的战斗也没有起到效果，最终败给了瓦沙克。在“Underworld”遥远的南部，虽然诗乃令加百列身受重伤，但她已经精疲力竭。在“Underworld”中央地区殊死战斗的莉法，在被美国玩家军团全灭后倒下。而亚丝娜在绝望的状况下，望着躺在地上的桐人……所有人都把最后的希望寄托在他身上。但是，“黑衣剑士”现在仍在梦中彷徨。

逃出“艾恩葛朗特”的噩梦，桐人终于恢复了意识。右手握着“夜空之剑”，左手折断的“蓝蔷薇之剑”的桐人，与拿着吸收了死者资源并巨大化的“杀友菜刀”的瓦沙克对峙。放大了憎恶之心的瓦沙克的攻击，缓缓逼近桐人。当“杀友菜刀”即将把桐人的身体切断的时候，闪着金光的手握在了“夜空之剑”上。

亚丝娜和爱丽丝一起，前往用于弹出摇光的控制台“World End Altar”——“尽头祭坛”。如果在极限加速阶段开始前不打倒加百列回到现实世界的话，桐人在之后的200年间都会在“Underworld”度过。桐人抑制着焦躁的心情，与变成奇怪姿态的加百列交锋。

由于美国国家安全局的暗中操纵，“RATH袭击事件”宣告结束。就任新成立的海洋资源探索研究机构的代表的凛子，将爱丽丝作为真正的人工通用智能向世人公开。爱丽丝回答了集合而来的记者们的提问。随后，诗乃和莉法在Dicey Cafe看到了那段视频，可是那里并没有桐人和亚丝娜的身影……

凛子联系和人说爱丽丝失踪了。焦急的和人想去六本木支部，刚要出门，玄关的内线电话就响了。慌慌张张打开门，门口是一个拿着大纸箱的快递员。瓦楞纸的票据上写着“海洋资源勘探研究机构”和明朝体，收件人栏上用不自然的笔迹写着和人的住址和姓名。