アドミニストレータとの激闘から半年が過ぎた。右腕を失い、廃人のようになってしまったキリトを連れたアリスは、故郷であるルーリッド村のはずれで静かに暮らしていた。彼と共に守った世界を眺め、これまでを思い返すアリス。そんな彼女の前に、整合騎士の同僚であり、弟子でもあるエルドリエ・シンセシス・サーティワンが姿を見せる。

ダークテリトリーの軍勢がルーリッド村を襲撃した。飛竜《雨縁》に乗り、村に駆け付けるアリス。そこには、《禁忌目録》によって衛士長の命令に逆らえず、ゴブリンたちから逃げることができない村人たちがいた。戦う目的を見失っていたアリスは、自らの家族のため、キリトとユージオが守ろうとした人々のために、再び整合騎士の鎧を身にまとい、《金木犀の剣》を振るう！

《オーシャン・タートル》を襲撃した謎の組織――それはアメリカ国家安全保障局の極秘任務を受けた特殊工作部隊だった。部隊を率いるリーダーのガブリエルは、過去にキリトやシノンと交戦したことがあり…。《ソウル・トランスレーション・テクノロジー》で造られた人工の魂《A.L.I.C.E》＝アリス強奪を狙うガブリエルは、《アンダーワールド》内にいるアリスを探し出すため、ある秘策を試みる。

ダークテリトリーの暗黒騎士団を率いる騎士団長シャスターは、アドミニストレータが死んだことを機に、人界へ和平を持ち掛けようとしていた。しかしその試みは皇帝ベクタの暗黒界帰還によって打ち砕かれる。ベクタのアカウントを使って《アンダーワールド》にログインしたガブリエル。彼は《A.L.I.C.E》を見つけ出すため、闇の軍勢たちに向かって人界との全面戦争を指示する。

人界とダークテリトリーを隔てる《東の大門》。そのすぐそばまで、闇の軍勢が迫ってきた。人々のために戦うことを決意したアリスは、キリトを連れて人界軍に合流する。しかし圧倒的なダークテリトリー軍の兵力に比べ、人界軍で戦闘可能な整合騎士は、わずか十三人しかいなかった。絶対的劣勢の中、前線でも心神喪失状態のキリトを帯同するかどうか迷うアリスだったが……。

《最終負荷実験》が始まり、《東の大門》がついに崩壊した。皇帝ベクタとなったガブリエルにたきつけられ、大規模な軍隊を形成した闇の軍勢は、人界へと進軍する。少数精鋭の人界軍は、部隊を分けて迎え撃つ。絶望的な戦力差にもかかわらず、人界軍の整合騎士たちは一騎当千の凄まじい力で敵を打ち倒していく。だが闇の軍勢はその圧倒的な兵数で徐々に人界軍を蹴散らしていくのだった。

整合騎士レンリ・シンセシス・トゥエニセブンは補給部隊の守備を任されるが、初めての戦いに怖気づき、逃げ出してしまった。その結果、キリトがいる補給部隊のテントにまで、闇の軍勢であるゴブリンたちの侵入を許してしまう。

整合騎士アリスの放った強大な術式によって闇の軍勢は大損害を受け、起死回生の策は成功した。人界軍が勝利に沸く中、アリスは敵の敗残兵に遭遇、皇帝ベクタの目的が《光の巫女》を探し出すことであると知る。一方、《光の巫女》の存在を察知した皇帝ベクタことガブリエルは、自軍の犠牲を顧みない非情な作戦を展開する。

《光の巫女》アリスの姿を捉えたガブリエルは彼女を捕らえるため、全軍突撃の命を下す。闇の軍勢の一角を担う精鋭・拳闘士軍は本隊に先行して、アリスたち遊撃隊を追う。心意による強固な肉体をもつ拳闘士軍を迎え撃つための作戦を考えるアリスとベルクーリ。そこに名乗りをあげたのは、これまで無言を貫いていた整合騎士シェータ・シンセシス・トゥエルブだった。

《創世神ステイシア》のスーパーアカウントを使い、《アンダーワールド》へとログインしたアスナ。彼女が放つ神聖術は、七色のオーロラを帯びる。《地形操作》の効果を持つその術を使う姿は、さながら女神の顕現のようだった。降臨後、ロニエとティーゼの案内でキリトと再会を果たしたアスナ。しかし、その場にアリスもやってきて、二人はキリトをめぐって一触即発状態となり……！

ガブリエルの策略によって、暗黒騎士のアカウントを与えられた、現実世界の米国プレイヤーたち。彼らは、次々と《アンダーワールド》にログイン、人界軍と闇の軍勢の見境なく《人工フラクトライト》たちを殺害していく。殺戮集団の彼らが現実世界からログインしてきたプレイヤーだと気づいたアスナは、必死に止めようとする。そして、それを対岸から見ていたイスカーンは、仲間の死に無関心な皇帝に怒りを覚え……。

ガブリエルの策略によって、暗黒騎士のアカウントを与えられた、現実世界の米国プレイヤーたち。彼らは、次々と《アンダーワールド》にログイン、人界軍と闇の軍勢の見境なく《人工フラクトライト》たちを殺害していく。殺戮集団の彼らが現実世界からログインしてきたプレイヤーだと気づいたアスナは、必死に止めようとする。そして、それを対岸から見ていたイスカーンは、仲間の死に無関心な皇帝に怒りを覚え……。

スーパーアカウント《太陽神ソルス》でログインしたシノン。彼女は、米国人プレイヤー軍に包囲されたアスナたちを間一髪で救援した。ソルス・アカウントの固有アビリティ《無制限飛行》を使い、ベクタにさらわれたアリスを追う。一方、《地神テラリア》のスーパーアカウントでログインしたリーファも《アンダーワールド》へと降り立つ。

押し寄せる米国人プレイヤー軍に対し、少数ながらも勇猛に戦う《人界》軍とアスナ。だが絶望的な戦力差を覆すことは叶わず、《人界》軍の兵士たちは次々と倒れていく。満身創痍となったアスナもいつ倒れてもおかしくない状況だった。アスナが状況の打破を狙い、決死の覚悟をしたそのとき、《ALO》からの援軍を率いてログインしてくるリズベットの姿を目撃する。

アリスを連れ去ったベクタを追うベルクーリ。そして長い死闘の末、ベルクーリは秘剣・裏斬を繰り出し、ついにベクタを討ち倒す。だが、深手を負っていたベルクーリもまた、アリスの胸の中で息絶えてしまう。アリスは彼の死に胸を痛めつつも、《果ての祭壇》へと向かうことを決意する。

《ラース》の中の裏切り者は、柳井という研究員だった。かつて須郷伸幸の元で働いていた彼は《ラース》に潜入し、アメリカ国家安全保障局に情報を流していたのだった。柳井はキリト復活を試みる比嘉に銃を突きつけ、覚醒オペレーションを妨害しようとする。一方《アンダーワールド》では、《ソルス》シノンが、再ログインしたベクタことガブリエルと対峙していた……。

かつてのキリトの仇敵だったエイジの善戦も虚しく、ヴァサゴに敗れる。《アンダーワールド》のはるか南では、シノンがガブリエルに重傷を負わせはしたものの、力尽きる。《アンダーワールド》中央部で死闘を繰り広げるリーファは、米国人プレイヤー軍を全滅させたあと倒れてしまう。そしてアスナは絶望的な状況下で、地面に横たわるキリトを見つめ……。誰もが彼に最後の望みを託す。しかし《黒の剣士》は、いまだ夢の中を彷徨い続けていた。

《アインクラッド》の悪夢から抜け出し、ついにキリトが意識を取り戻す。右手に《夜空の剣》、左手に折れた《青薔薇の剣》を握るキリトは、死者のリソースを吸収し巨大化した《友切包丁》を持つヴァサゴと対峙する。憎悪の心意を増幅させるヴァサゴの剣撃に、キリトはじりじりと押し込まれていく。そして《友切包丁》がキリトの身体を両断しようと迫ったそのとき、金色に輝く手が《夜空の剣》に添えられる。

アリスとともに、フラクトライトをイジェクトするためのコンソール《ワールド・エンド・オールター》――《果ての祭壇》へと向かうアスナ。キリトは2人がその場所へたどり着くまでの時間を稼ぐため、虚無と漆黒の化身となったガブリエルと対峙する。限界加速フェーズが始まるまでにガブリエルを倒し現実世界に戻らなければ、キリトはその後200年もの間を《アンダーワールド》で過ごすことになる。焦る気持ちを抑えながら、奇怪な姿へと変貌したガブリエルと剣を交える。

ついに限界加速フェーズが始まった。アリスは《アンダーワールド》からのログアウトに成功する。しかし、キリトはガブリエルを倒したものの、ログアウトには間に合わず、《アンダーワールド》に取り残される。絶望するキリトの前に、自らの意思でここに残ることを選択したアスナが現れた。現実世界では比嘉と菊岡が緊急加速フェーズを解除するため、ケーブルダクト下層に赴きSTLをシャットダウンしようとするが……。

アメリカ国家安全保障局が裏で糸を引く、《ラース襲撃事件》は終わりを告げた。新たに発足した海洋資源探査研究機構の代表に就任した凛子は、アリスを真正人工汎用知能として世間へ公表する。集まった記者たちの質問に答えていくアリス。そして、シノンやリーファたちはダイシーカフェでその映像を見ていたが、しかしそこにはキリトとアスナの姿はなかった……。

凛子から和人へ、アリスが失踪したと連絡が入る。焦る和人はラース六本木支部へと向かおうとするが、家を出ようとした矢先に玄関のインターホンが鳴る。慌ててドアを開けると、ひとつの大きな段ボールをもった配達員。段ボールの送り状には「海洋資源探査研究機構」と明朝体でタイプされ、宛先欄には和人の住所と氏名がぎこちない筆跡で記されていた。