Als Folge der Beschädigung seines Fluctlight, ist Kirito nur Schatten seiner selbst. Um Kirito zu beschützen, lässt sich Alice außerhalb ihres Heimatdorfes Rulid nieder und hält sich mit Holzfällerarbeiten über Wasser. Doch ihre Vergangenheit lässt die beiden nicht los und verfolgt sie.

Das Dorf Rulid wird von Goblins angegriffen und Alice eilt den Dorfbewohnern zu Hilfe, auch wenn sie dafür wieder als Alice Synthesis Thirty auftreten muss. Unterdessen wird die Forschungseinrichtung „Ocean Turtle“ immer noch von Terroristen besetzt.

Die Terroristen diven in Underworld ein, um Alice zu finden und ihr Fluctlight an sich zu reißen. Gleichzeitig entscheidet sich Asuna das gleiche zu tun, um Kirito aus seinem komaähnlichen Zustand zu befreien.

Gabriel Miller und Vassago sind in Underworld angekommen und wollen Alice's Light Cube in ihren Besitz zu bringen und zetteln dafür einen Krieg zwischen dem Human Empire und dem Dark Territory an. Aber nicht jeder will diese Kriegserklärung einfach so hinnehmen.

Die Vorbereitungen für den Krieg laufen auf Hochtouren und Alice trifft zusammen mit Kirito im Lager am Hauptosttor ein. Dort wird schnell klar, wie ernst die Lage ist, denn das Human Empire ist dem Dark Territory haushoch unterlegen.

Die Schlacht hat begonnen! Obwohl die Menschenarmee zahlenmäßig weitaus unterlegen ist, schlagen sie ihre Gegner unerbittlich zurück und auf beiden Seiten der Front gibt es unzählige Opfer.

Als sich Tiese und Ronie mit Kirito verstecken wollen, treffen sie auf den Ritter der Integrität Renly, der verängstigt seinen Posten verlassen hat. Unerwartet entdeckt ein Goblin ihr Versteck und Renly muss all seinen Mut zusammennehmen, um gegen den Feind zu gewinnen.

Alice begibt sich zum World End Altar, um die Aufmerksamkeit auf sich zu ziehen und die feindliche Armee zu zerstreuen. Unterdessen schmieden Vecta und Dee Eye Ell einen grausamen Plan, um die verbrauchte Finsterkraft wieder aufzustocken.

Die feindliche Invasionstruppe ist bereits merklich geschwächt, nur noch die Schwarzen Ritter und die Faustkämpfer gilt es noch zu besiegen. Doch letzere sind besonders resistent gegen Schwertangriffe und dennoch stellt sich ihnen Sheyta, Ritterin der Integrität, in den Weg.

Asuna divet als Göttin der Schöpfung Stacia nach Underworld. Fest entschlossen Kirito und diese Welt zu retten, schließt sie sich der Armee des Human Empire an und erzählt, in welcher Gefahr Alice schwebt.

Als wäre der Krieg in Underworld noch nicht brutal genug, entscheidet sich der Hacker Critter, diese Welt für Spieler aus der ganzen Welt freizugeben. Dagegen wollen Suguha, Sinon und die anderen natürlich etwas unternehmen.

Tausende US-Spieler werden nach Underworld transferiert und mischen sich in das Kampfgetümmel. Als wäre das noch nicht genug, schafft es Vecta tatsächlich Alice zu entführen. Doch Asuna macht sich sofort auf den Weg sie zu retten.

Als Sonnengöttin Solus eingeloggt, rettet Sinon Asuna und ihre Freunde vor den amerikanischen Spielern. Mit den einzigartigen Kräften des Solus-Accounts macht sie sich auf die Suche nach Alice.

Obwohl sie sich in der Unterzahl befinden, kämpft die Armee des Menschenreichs zusammen mit Asuna weiter gegen die große Welle der amerikanischen Spieler, die auf sie einstürmt. Doch sie sind hoffnungslos unterlegen. Doch dann erscheint Lisbeth mit Verstärkung…

Sinon spürt Alice auf, die noch um ihren Mentor Bercouli trauert und ermuntert sie, weiter zum World End’s Altar zu gehen. Sie bleibt hingegen zurück, um sich dem hinterhältigen Subtilizer zu stellen. Auch Asuna und die anderen erleben eine unangenehme Überraschung…

Es stellt sich heraus, wer der Verräter bei Rath ist. Er gesteht, dass er den Amerikanern die ganze Zeit über Informationen zugespielt hat. Währenddessen konfrontiert Sinon Gabriel, der sich wieder eingeloggt hat.

Kirito liegt immer noch im Koma und wird von schmerzhaften Erinnerungen an seine Vergangenheit heimgesucht. Noch dazu erkennt Higa, dass Asunas, Sinons und Leafas Fluctlights zusammen nicht ausreichen werden, um ihren Freund Kirito zurückzubringen. Es scheint keine Hoffnung mehr zu geben…

Kirito kann seine furchtbaren Albträume überwinden und schafft es endlich sein Bewusstsein zurück zu erlangen. Mit dem Schwert des Nachthimmels in der rechten und dem zerbrochenen Schwert der blauen Rose in der linken Hand tritt er gegen Vassago an.

Zusammen mit Asuna begibt sich Alice zum World End’s Altar. Der wiedererwachte Kirito konfrontiert Gabriel in einem Kampf, um den beiden Mädchen Zeit zu verschaffen. Kann Kirito Gabriel besiegen?

Die Phase der maximalen Beschleunigung hat jetzt begonnen. Alice gelingt es tatsächlich, sich aus Underworld auszuloggen, doch Kirito scheint es nicht rechtzeitig zu schaffen. Sollte die maximale Beschleunigung nicht beendet werden können, würde das für ihn bedeuten, dass er 200 Jahre in Underworld festsitzt!

Der lange und anstrengende Kampf ist nun endlich vorbei. Alice wird der Welt als künstliche Intelligenz vorgestellt. Sinon, Leafa und die anderen begleiten das Geschehen durch das Fernsehen mit. Alle scheinen sich zu freuen. Doch wo sind Kirito und Asuna?

Rinko informiert Kirito, dass Alice verschwunden ist. Auf seinem Weg nach draußen klingelt es plötzlich an der Tür. In Panik reißt Kirito die Tür auf und findet dort einen Lieferboten mit einem mysteriösen Paket. Auf dem Paket ist ein Logo von Rath aufgedruckt ...