自從桐人一行人打敗最高司祭亞多米尼史特蕾達已過了半年。愛麗絲帶著失去了右手臂，成了廢人狀態的桐人，回到故鄉盧利特村，在村子的郊外過著安穩的生活。愛麗絲看著自己和桐人一起守護的世界，回想著過去的事。就在這時，同樣身為整合騎士，同時也是她徒弟的艾爾多利耶．辛賽西斯．薩提汪，突然出現在她的面前…

盧利特村受到哥布林與半獸人部隊的襲擊。村民雖然打算防禦抵抗，但敵人數量眾多，情勢相當不利。可是侍衛長下令叫村民不能逃走，必須堅守村子，因此他們也無法逃走，只能等待全滅的時刻步步逼近…

襲擊海龜的是接受了美國國家安全局機密委託的秘密部隊。占領了主控室的他們，最主要的目的是奪取「A.L.I.C.E.（愛麗絲）」的「LightCube」…。在敵人決定潛行進入「Underworld」時，明日奈也下定決心打算潛行進入 Underworld …

黑曜岩城皇座之間的封印解開了，黑暗領域的皇帝貝庫達復活了。他馬上召開十侯會議，命令麾下的十位將軍組織軍隊攻下東大門，進攻人界，並將光之巫女得到手。

為了守護人界的人民，愛麗絲參加了人界軍。可是面對黑暗領域的五萬大軍，人界軍的兵力只有三千人。唯一比較可靠的戰力是整合騎士，但能出戰的整合騎士也只剩下約7名而已…

最終負荷試驗開始後，東大門終於崩毀了。在成為皇帝貝庫達的加百列煽動下，黑暗領域組織了大軍進攻人界。人界軍派出少數精銳，分成多個部隊打算各自抵禦敵軍的進攻。雖然敵我雙方有著絕望性的數量差距，但人界軍的整合騎士們還是發揮了一騎當千的驚人實力不斷打倒敵人。可是黑暗領域的大軍憑著數量差距逐漸削弱人界軍的兵力…

哥布林部隊使用的煙霧彈讓人界軍陷入了混亂中，使得哥布林有機可趁，攻進了後方的補給部隊。負責守護補給部隊的是整合騎士連利．辛賽西斯．推尼賽門。但他卻不在前線，而是一邊發抖一邊躲在帳篷裡。

為了改變戰局，愛麗絲用光素發動了大範圍攻擊術式。驚人的熱量與爆炸將暗黑術師和食人鬼部隊焚燒殆盡，使黑暗領域軍不得不停止進攻。可是人界軍在戰爭中也付出了慘痛的犧牲…

為了將黑暗領域軍分斷並各個擊破，游擊部隊朝黑暗領域的南方進軍。就在這時，敵方派出拳鬥士部隊來襲。他們透過鍛鍊還有心念，有著一身足以彈開刀刃的堅韌肉體。

為了渡過亞絲娜用「地形操作」指令創造出的無底深谷。黑暗領域軍在峽谷上方架起了好幾條繩子，打算爬過繩子繼續進攻。攀爬在繩子上的敵兵處於無防備的狀態，也沒辦法保護自己。雖然知道這麼做很無情，但人界軍還是不放過這個機會展開了攻擊。

在人界軍與黑暗領域軍交戰時，突然出現了來歷不明的軍團。他們根本不管對方是黑暗領域軍還是人界軍游擊部隊，只要一看到人就展開攻擊，享受殺戮的樂趣。在現場，只有亞絲娜馬上就看出了他們是來自現實世界的玩家……

詩乃用超級帳號．「太陽神索魯斯」登入了 Underworld。她在千鈞一髮之際救了被美國玩家包圍的亞絲娜一行人，還使用索魯斯帳號的專屬能力．無限制飛行去追被闇神貝庫達抓走的愛麗絲。另一方面，莉法也使用超級帳號「地母神提拉利亞」來到了 Underworld。

面對不斷進攻的美國玩家，人界軍和亞絲娜雖然人數上居於劣勢，還是勇猛地戰鬥著。可是，他們還是無法推翻壓倒性的戰力差距，人界軍的士兵就這樣一個一個倒下。渾身是傷的亞絲娜也處於隨時都可能倒下的狀態。就在亞絲娜為了改變戰局，下定拚死決心之時，莉茲貝特率領的援軍終於從 ALO 轉移進了 Underworld。

貝爾庫利追著帶走愛麗絲的闇神貝庫達。經過一番死鬥後，貝爾庫利使用秘劍．裡斬終於打倒了闇神貝庫達。可是，身受重傷的貝爾庫利也在愛麗絲的懷中嚥下了最後一口氣。愛麗絲只能強忍悲痛，決心前往世界盡頭的祭壇。

拉斯中的叛徒是一位名叫柳井的研究員。他曾在須鄉伸之底下工作，如今潛入了拉斯，將情報洩漏給美國國家安全局。柳井將槍口對準了想要修復桐人搖光的比嘉，企圖阻止他。另一方面在 Underworld，詩乃則是跟再次登入的加百列對峙…

來自 ALO 的援軍用盡了力氣，亞絲娜等人還是敗給了瓦沙克率領的中國和韓國玩家。瓦沙克找出變成廢人狀態的桐人後，踢倒了他的輪椅對他挑釁，但桐人還是沒有醒過來。克萊因見狀非常生氣，想上前阻止瓦沙克，卻被敵人架住無法動彈。就在瓦沙克帶著殘忍的微笑準備揮刀時，突然出現了一位意外人物…

瑛二雖來助陣，還是敗給了瓦沙克。在 Underworld 的南端，詩乃雖讓加百列受了重傷，卻用盡了力氣。而身處 Underworld 中央的莉法，則是將美國玩家全都打倒後不支倒地。亞絲娜在這個絕望的狀況下，只能看著躺在地上的桐人…。雖然大家都將最後的希望託付在桐人身上，但他卻仍徘徊在夢境中…

桐人脫離「艾恩葛朗特」的惡夢後，終於恢復了意識。他右手緊握「夜空之劍」，左手則是握著斷掉的「藍薔薇之劍」，與手持「殺友菜刀」的瓦沙克對峙著。面對瓦沙克會煽動憎恨情緒的劍擊，桐人處於劣勢。就在殺友菜刀要將桐人砍成兩半時，一隻散發溫暖光輝的手，撫上桐人握著夜空之劍的右手…

為了讓愛麗絲從 Underworld 登出，亞絲娜帶著愛麗絲前往有著系統操縱台的世界盡頭的祭壇。桐人為了爭取時間讓她們順利抵達那邊，挺身而出對抗變成虛無與漆黑化身的加百列。要是沒在極限加速階段開始前打倒加百列回到現實世界，桐人就必須在 Underworld 度過200年的時光。他壓抑焦急的心情，和加百列展開戰鬥…

極限加速階段終於開始了，愛麗絲也順利從 Underworld 登出了。可是，桐人雖然打倒了加百列，卻來不及登出，只能留在 Underworld。就在這時，自願選擇留下的亞絲娜出現在絕望的桐人面前。另一方面，比嘉和菊岡為了解除極限加速階段，前往光纖導管下層想要關閉 STL…

「拉斯襲擊事件」終於落幕了。凜子成為新設海洋資源探查研究機構的負責人後，向世人公開了世界第一個真正泛用人工智慧．愛麗絲的存在。愛麗絲在記者會上回答記者們的提問。詩乃和莉法等人則是在咖啡廳看著記者會的轉播。不過，那裡卻沒有桐人和亞絲娜的身影…

凜子告訴和人愛麗絲失蹤了。緊張的和人本來要前往拉斯的六本木分部，在他打算出門時，玄關的門鈴突然響了起來！打開門之後，看到送貨員運來一個紙箱站在門外。紙箱上的寄件人印著「海洋資源探查研究機構」，而和人的地址和姓名則是以生疏的筆跡寫在上面。