En el mundo de "Underworld", Kirito vuelve a vivir la infancia hasta los 11 años, ahí se hace amigo de un niño llamado Eugeo y una niña llamada Alice, los 3 viven en un pueblo llamado Ruild, en Underworld cuando los niños cumplen 10 años se les otorga una tarea sagrada, a Kirito y a Eugeo les toca talar un árbol llamado Gigas Cedar o "Árbol del Demonio" traducido en español, el cual que existe desde hace 300 años ya que su tronco es bastante ancho y fuerte que rompe todas las hachas, por eso tuvieron que mandar hacer una a la capital hecha de hueso de dragón, y como el árbol se recuperaba de sus cortes han pasado 300 años hasta que lograron hacer un corte de 1 metro en el tronco y esa tarea se ha ido pasando de generación en generación. Todos los días Alice les trae su almuerzo después de estudiar las artes sagradas (hechizos de Underworld) pero mientras pasa el tiempo la comida pierde su durabilidad y la única forma de se mantenga es que este fría.

Posterior al ataque, Kirito se despierta una vez más en Underworld algo confundido en un principio, ya que este no recuerda como pudo haber regresado ahí, sin saber que ahora en Underworld a pasado 6 años desde su última inmersión. Mientras trata de orientarse sobre como regreso a Underworld, Kirito camina por un pequeño bosque hasta que se encuentra nuevamente con Eugeo, siendo ahora un joven adulto, pero ninguno de los dos recuerdan haberse visto previamente. En eso Kirito se acerca a este y le pregunta quien es y donde se encuentra ahora en eso Eugeo le menciona que están en territorio del Este del Imperio Humano, además de ello Eugeo le pide a Kirito si puede ayudarlo a realizar su tarea diaria y Kirito acepta ayudarlo.

Al día siguiente mientras talaban el "Árbol del Demonio", Eugeo le explica a Kirito que la razón por la que Alice fue arrestada por los Caballeros de la Integridad fue porque cuando eran niños ellos se habían perdido en una cueva de las Montañas del Fin mientras buscaban un poco de hielo, pero cuando estos buscaban la salida involuntariamente llegaron a una entrada secreta hacia el Territorio Oscuro y Alice accidentalmente toco con la punta de sus dedos una pequeña parte del Territorio Oscuro lo cual según el índice de Tabúes de Underworld es un delito muy grave.

Siguiendo los acontecimientos del capítulo anterior, Kirito logra que Eugeo recupere la compostura y ambos pelean juntos contra los Goblins. Finalmente al enfrentarse al líder Goblin, Eugeo termina gravemente herido y ambos recuerdan su pasado juntos, pero un enfurecido Kirito consigue asesinar al líder Goblin con la Espada de la Rosa Azul y hace retroceder a los demás, dejando en libertad a Selka. Después de la batalla, Kirito y Selka tratan de sanar la herida de gravedad de Eugeo antes de que este muera desangrado, sin embargo Selka usa su magia para transferir una pequeña parte de la energía de Kirito a Eugeo y consiguen salvarle la vida.

Devuelta en el mundo real y tras ser envenenado por Johnny Black, Kazuto es llevado de urgencia al hospital, en donde tras unas horas de tratamiento médico, los doctores le informan a Asuna y a la familia de Kazuto que su condición esta estable por el momento, pero con el inconveniente de que este permanece inconsciente y que se desconoce cuándo despertará. Mientras están en el hospital, Kikuoka se acerca a ellos, ofreciéndoles transferir a Kazuto a unas mejores instalaciones, pero cuando Asuna y Suguha van a visitarlo un día al lugar donde Kikuoka lo había transferido descubren que este ya no se encuentra en el hospital y que había desaparecido sin dejar rastro.

Horas más tarde, Kikuoka le explica a Asuna y a la profesora Rinko que el cerebro de Kazuto desafortunadamente fue dañado severamente en el ataque de Johnny Black, algo que los doctores del hospital en el que fue internado ya lo sabían y que no quisieron informarles, para no causarles más dolor del que ya tenían en ese momento y que estàn utilizando la tecnología STL, para tratar de restaurar su red neuronal dañada. También revela que el principal objetivo del experimento Underworld es crear una forma nueva y más avanzada de inteligencia artificial.

Devuelta en Underworld, han pasado 2 años desde que Kirito y Eugeo dejaron el Pueblo de Rulid para dirigirse a la capital del Imperio Humano en donde ambos son ahora los principales aprendices de la Academia de Maestría con la Espada del Imperio en Centoria Norte. El dúo reflexiona en cómo ganaron un torneo de esgrima en el pueblo situado más al norte, Zakkaria, obteniendo así los requerimientos necesarios para inscribirse en la academia. el objetivo de ambos es graduarse de la academia como estudiantes sobresalientes y tener una oportunidad de convertirse en Caballeros de la Integridad, lo cual significaría obtener el acceso a la Catedral Central de la Iglesia Axioma.

Antes de que comience el duelo, Sortiliena le advierte a Kirito que el secreto del poder de la familia Levinteinn se basa en imbuir su espada con la sangre de sus enemigos, con el fin de volverse más fuertes, por eso es que Uolo solicitó un encuentro con espadas reales. Durante el duelo, Kirito logra incrementar el poder de su nueva espada y rasga la camisa de Uolo, antes de que el duelo sea interrumpido por uno de los instructores superiores de mayor rango declarando un empate. Más tarde por la noche, Kirito descubre que las flores de Céfiro que intentaba cultivar habían sido destruidas por dos compañeros de clase llamados Humbert Zizek y Raios Antinous, unos estudiantes arrogantes pertenecientes a las familias de clase alta en Underworld

Durante una noche lluviosa en la academia, Kirito y Eugeo descubren que sus valets están desaparecidas y que las mismas no han regresado a su dormitorio, por lo que Kirito empieza a creer que algo no está bien y decide salir del dormitorio a buscarlas, mientras que Eugeo decide quedarse en el dormitorio por si estas se aparecen. Poco después de que Kirito se retirara de la habitación, Eugeo recibe la inesperada visita de Frenica y le informa que Royne y Tiese intentaron confrontar a Humbert y Raios en nombre de su amiga, debido a que estos aún seguían abusando de ella. Entonces Eugeo deduce que Royne y Tiese podrían estar en problemas y decide ir a la habitación de Raios y Humbert a investigar y buscar respuestas.

El destino ha querido que tras los incidentes ocurridos, Eugeo vuelva a reencontrarse con Alice... aunque no parece ser la misma de siempre y no reconoce a su amigo de la infancia.

Kirito y Eugeo se enfrentarán a Eldrie para poder escapar de la prisión de la Catedral Central, pero resulta ser un enemigo formidable en todos los aspectos.

Cardinal habla con Kirito sobre la historia e intenciones de Administrator, además de compartirle su visión de las cosas y cómo planea hacerle frente.

Tras reunirse con Cardinal y saber de antemano que es lo que sucede, Kirito y Eugeo son transportados hasta la armería de la Catedral Central para recuperar la Espada de la Rosa Azul de Eugeo y la Espada Negra sin nombre de Kirito, pero mientras las recuperan estos notan que en la armería hay suficientes armaduras y espadas para distribuir entre la gente del Imperio Humano para que estos puedan ayudar a repeler la invasión del Territorio Oscuro, en lugar de dejarlas reservadas para los Caballeros de la Integridad. Luego de recupéralas, Kirito y Eugeo inician su ascenso por las escaleras de la Catedral Central de la Iglesia Axioma y llegan hasta el piso 25 donde son confrontados por el Caballero de la Integridad llamado Deusolbert, quien previamente los había perseguido a las afueras de la Catedral, cuando estos habían dejado inconsciente al Caballero de la Integridad Eldrie

Tras haber salido del feroz combate con el Caballero de la Integridad Deusolbert en el piso 20, Kirito y Eugeo llegan hasta el piso 25 para tomar un respiro del ascenso, mientras estos hablan sobre a cuales Caballeros de la Integridad deberán enfrentarse su charla es súbitamente interrumpida cuando se encuentran con 2 niñas en las escaleras superiores de donde están llamadas Fizel y Linel las cuales se presentan como "Aprendices de Hermanas" y que les habían ordenado no salir de su habitación debido a los espadachines intrusos que estaban merodeando por la Catedral de la Iglesia Axioma, a pesar de que al principio Fizel y Linel parecían ser algo inocentes estas sorpresivamente los atacan a los 2 con dagas envenenadas con una poción de parálisis, dejando a Kirito y Eugeo paralizados temporalmente.

Tras el feroz combate con Fanatio en el piso 50, Kirito y Eugeo siguen su ascenso de la Catedral de la Iglesia Axioma hasta que estos logran encontrar una plataforma de ascenso que les ahorra la molestia de subir varios pisos por las escaleras y consiguen llegar hasta el Jardín sobre las Nubes del piso 80 en donde se topan para sorpresa de ambos con Alice, quien se encuentra meditando sentada en silencio sobre una colina junto a un gran árbol de olivo. En un principio Eugeo piensa que Alice probablemente este dormida, sin embargo resultó que no lo estaba y Alice se dirigió a ambos pidiéndoles que esperaran un momento para que el olivo disfrutara un poco más de luz solar, ya que según ella dicho olivo no había tenido la oportunidad durante mucho tiempo y desde hace tiempo había decidido hacerlo.

Tras la fuerte explosión en el interior de la Catedral de la Iglesia Axioma, Kirito se queda colgando de una mano con su espada clavada en la pared exterior del piso 80 de la Catedral, mientras que con la otra mano sujeta a Alice, quien en un principio le insiste a Kirito que la deje caer al vacío, ya que ella prefiere tener una muerte digna de un Caballero antes que estar en esa situación, pero Kirito la convence que deje de estar pensando así y le menciona que si ambos quieren sobrevivir tendrán que dejar atrás sus diferencias y colaborar juntos para encontrar alguna forma de regresar al interior de la Catedral, por lo que sin más remedio Alice acepta la propuesta de Kirito, aunque esta también muestra cierto miedo de caer al vacío y trata de disimularlo.

El combate entre Eugeo y el Capitán Bercouli finalmente comienza en donde este último demuestra ser bastante hábil en el uso de su espada negra y logra predecir cada uno de los ataques de Eugeo y que los mismo eran de estilo de golpes consecutivos solo fijándose en el y le revela que muchos Caballeros Oscuros usaban ese estilo de combate casi parecido por lo que Bercouli decide usar su habilidad especial de su espada. Mientras siguen con el feroz combate, Eugeo empieza a pensar en una estrategia para contraatacar y poder superar las habilidades de Bercouli, por lo que decide usar una técnica conocida como "Salto Sónico" para intentar atacar a Bercouli durante un espacio creado por la ejecución del movimiento, ya que para usar la habilidad especial de su Espada de la Rosa Azul necesitaría algo de tiempo

Mientras tanto en el exterior de la Catedral, Kirito y Alice aún permanecen sentados afuera del piso 85 de la Iglesia Axioma, en donde Kirito le cuenta a Alice más acerca de su pasado, aunque está última no lo recuerde completamente, además le explica sobre lo que en realidad esta tramando la Clérigo Mayor, Quinella y sobre por qué las criaturas del Territorio Oscuro están comenzado a entrar, durante la conversación Alice también menciona que los Caballeros de la Integridad, en especial el Capitán Bercouli comenzaba a dudar sobre su labor como tal y sobre todo lo que estaba ocurriendo realmente y porque Quinella dudaba sobre cada uno de ellos, además menciona que ella empezó a recordar un parte de sus recuerdos, entre ellos a su hermana menor Selka, donde Kirito le menciona que ella aun espera el regreso de Alice al Pueblo de Rulid

Finalmente después de muchas dificultades, Kirito y Alice consiguen llegar hasta el balcón del piso 95 y logran regresar devuelta al interior de la Iglesia Axioma, donde Kirito se vio forzado a cargar a la inconsciente Alice, después que esta rompiera el sello de su ojo derecho, en donde logró subir los pisos restantes con ella entre los hombros, aunque Alice le agradece por sanarle de la herida de su ojo y colocarle un parche, también por arriesgar su vida y cargarla para llegar hasta dicho piso, sin embargo esta inmediatamente lo golpea por el hecho de llenar de sudor su uniforme. Mientras analizan en donde podría estar Eugeo, Kirito decide localizar la espada de Eugeo

Kirito y Eugeo se enfrentan en un feroz combate de espadas en el que ambos se ven igualados en poder y habilidad, durante el transcurso del combate Kirito trata de hacer que su amigo reacionara y que no olvidara de donde viene y cual era la razón por la cual vino, pero Eugeo, bajo los efectos del ritual de síntesis de Quinella, no lo escucha y sigue combatiendo, al ver que Kirito esta casi acorralado por las habilidades de Eugeo, Alice le dice a Kirito que lo ayudara en el combate. Sin embargo Kirito le pide a Alice que no interfiera en el combate, ya que es algo que él debe resolver sin ayuda, mientras continúan combatiendo Kirito le sigue insistiendo a su amigo que no olvidara a las personas que creyeron en él y que no olvide la promesa que hizo, volver a su pueblo con su amiga Alice, en ese momento Eugeo comienza a dudar de sus acciones y baja su espada y empieza a recordar el nombre:"Alicia", que resulta ser el nombre verdadero de Alice.

Siguiendo con los acontecimientos del capítulo anterior, Chudelkin crea un gigantesco Golem de Fuego, rápidamente comienza a luchar contra Kirito, Eugeo y Alice, quienes no pueden repeler los ataques que el Golem de fuego les lanza, durante el enfrentamiento Kirito, Eugeo y Alice deciden crear una estrategia de contraataque en donde Alice les menciona a Kirito y Eugeo que la única manera de poder vencer al Golem de Fuego es atacar directamente a Chudelkin, por lo que Alice le dice solo podrá distraer al Golem de Fuego por unos 10 segundos por lo que tanto Kirito y Eugeo solo tendrán una oportunidad para atacar a Chudelkin, aunque también les advierte que no se acerquen demasiado a Quinella ya que esta podría detenerlos, Alice usa la habilidad especial de su espada para distraer al Golem de Fuego, mientras que Eugeo lanza un ataque con un arte sagrado directamente a Quinella para distraerla y desviar la atención de Chudelkin

Ahora que Kirito, Eugeo, Cardinal y Alice están reunidos se preparan para enfrentarse a Quinella, ahora que estos la superan en número, sin embargo Quinella ya tenía previsto que esto pasaría y estuvo esperando el momento perfecto para que Cardinal al fin saliera de su escondite, así que Quinella en una jugada astuta usa un arte sagrado, para sellar todo el piso 100 de su habitación y destruye la puerta de salida, para que así ninguno de ellos pudiera escapar de ese lugar, en pleno cruce de palabras Quinella llama a Cardinal por su nombre verdadero, Lyceris y menciona que hace 200 años la dejó que se escapara cuando pudo haberla eliminado, pero que esta vez no cometería ese mismo error, pero Cardinal le responde que no se atreviera a llamarla por su nombre verdadero, ya que su único propósito es acabar con ella

Kirito se prepara para su combate final contra Quinella y este inmediatamente transforma su uniforme en su clásico traje de "SAO" y Quinella menciona que Kirito que como siempre viste de negro le hace recordar la apariencia de un Caballero Oscuro, cuando el combate de espadas comienza las habilidades de Kirito como de Quinella resultan ser muy parejas, pero en medio del combate Quinella consigue hacerle el primer corte a Kirito con una técnica de espada conocida como: "Vertical Square", técnica que según palabras de Kirito, Quinella saco de los recuerdos de Eugeo, por lo que decide usar una técnica que Eugeo nunca habría visto, por lo que rápidamente la ataca nuevamente, sin embargo y para mala fortuna suya, la espada de Quinella posee la habilidad de cambiar su filo y se convierte en una espada parecida a la que tenía Asuna en SAO