Kirito erwacht, um sich in einer mysteriösen Welt zu befinden, die an ein Fantasy-Spiel erinnert. Sein Gedächtnis ist verschwommen, er versucht sich abzumelden, kann aber nicht in die reale Welt zurückkehren. Nachdem er ziellos umhergezogen ist, befindet er sich unter einem riesigen Baum.

Kirito entscheidet sich für eine Reise nach Centoria. Da er Eugeos Hilfe braucht, beschließt er auch, die Gigas Cedar zu fällen. In der Zwischenzeit macht sich Alices kleine Schwester Selka Sorgen um Eugeo und öffnet sich Kirito gegenüber wegen ihrer Bedenken.

Kirito und Eugeo erkennen, dass Selka allein in die End Berge aufgebrochen ist, und beschließen, ihr zu folgen. Als sie die Höhle betreten, treffen sie auf Goblins, vermutlich aus dem Dunklen Territorium, und müssen in einen Kampf ziehen.

In der realen Welt liegt Kazuto Kirigaya bewusstlos da. Auf wunsch von Kikuoka wird Kazuto in ein gut ausgestattetes Krankenhaus verlegt, aber als Asuna und Suguha zu besuch kommen, werden sie abgewiesen. Misstrauisch trennen sich Asuna und die anderen, um mehr über Rath herauszufinden.

Asuna infiltriert Rath, das Forschungslabor in der Meeresschildkröte, wo sie Kikuoka beharrlich über den Aufenthaltsort von Kazuto auskundschaftet. Kikuoka verrät, dass hinter der Entwicklung des Seelenübersetzers ein atemberaubendes Ziel von epischer Größe steht.

Zwei Jahre sind vergangen, seit Kirito und Eugeo das Dorf Rulid verlassen haben. In der Hauptstadt Centoria haben beide Jungen ihr Ziel erreicht, in die "North Centoria Imperial Swordcraft Academy" aufgenommen zu werden.

Kirito befindet sich in einem Duell gegen den Eliteschüler Volo Levantein mit echten Schwertern. Während die neugierige Menge zuschaut, wird Kirito von Sortiliena ermutigt, und das Duell beginnt.

Als Eliteschüler kämpft Eugeo zusammen mit Kirito mit der Frage, was er in sein Schwert einfließen lassen soll, damit er stärker werden kann. Als er von den Eliteschülern Raios und Humbert verspottet wird, beschließt Eugeo, Humberts Bitte um ein Duell anzunehmen.

Ronie und Tiese kommen zu spät ins Wohnheim. Kirito stürmt auf der Suche nach ihnen hinaus, aber kaum ist er gegangen, erscheint Frenica. Sie erzählt Eugeo, wie sie durch Humberts Hände gelitten hat, und dass Tiese und Ronie gegangen sind, um ihn deswegen zu konfrontieren.

Kirito und Eugeo gelten jetzt als Verbrecher, weil sie den Tabu-Index verletzt haben, und werden in das unterirdische Gefängnis in der zentralen Kathedrale geworfen. In der Zwischenzeit, auf der Meeresschildkröte in der realen Welt, wacht Asuna über Kazuto, während dieser behandelt wird.

Kirito und Eugeo entkommen aus ihrer Zelle, nur um ihren Weg zu finden, der von Eldrie Synthesis Thirty-One blockiert wird, auf Befehl von Alice, auf sie zu warten. Kirito und Eugeo kämpfen gegen ihn, bis Eugeo merkt, dass er Eldrie schon einmal irgendwo gesehen hat.

Kirito und Eugeo wurden von dem jungen Mädchen, Kardinal, gerettet, das sich im Großen Bibliotheksraum der Zentralkathedrale versteckt. Ihre wahre Identität ist die eines autonomen Programms, das die Erhaltung der Ordnung in der Unterwelt, einer virtuellen Welt, koordiniert. Kardinal Kirito erklärt, wie die Axiom-Kirche und der Tabu-Index entstanden sind, angefangen mit der Vergangenheit des Administrators. Kirito kann seine Ungläubigkeit kaum verbergen, aber Kardinal hat noch eine weitere Offenbarung: die große Gefahr, die jetzt die Unterwelt bedroht.

Nachdem Kirito und Eugeo vom Kardinal mit dem Schicksal der Welt betraut worden waren, begaben sie sich in die oberste Etage der zentralen Kathedrale. Sie finden ihre konfiszierten Schwerter, nur um von dem bogenschwingenden Integrity Knight Deusolbert Synthesis Seven angegriffen zu werden.

Kirito und Eugeo sind auf dem Weg ins Oberste Stockwerk der Zentralkathedrale, als sie zwei Mädchen namens Linel und Fizel begegnen. Fanatio Synthesis Two, ein stellvertretender Kommandant der Integritätsritter, liegt auf der Lauer.

Obwohl er von Wunden durchdrungen ist, gelingt es Kirito, seine Kunst der perfekten Waffenkontrolle zu aktivieren. Auf dem Weg in das oberste Stockwerk der Zentralkathedrale stehen Kirito und Eugeo vor einer seltsam aussehenden schwimmenden Plattform.

Als Kirito und Alice beide die Kunst der perfekten Waffenkontrolle im Wolkengarten entfesseln, reißt der Aufprall ein Loch in die scheinbar unüberwindliche zentrale Kathedralenwand, die sie beide nach draußen fliegen lässt.

Eugeo erreicht den neunzigsten Stock der Zentralkathedrale, die sich als riesige Badestelle erweist. Der verblüffte Eugeo trifft auf Bercouli Synthesis One, der im Bad eintaucht. In der Zwischenzeit erklimmen Kirito und Alice immer noch die Wand der Zentralkathedrale.

Als Kirito Alices Reaktion sah, als er den Namen Selka erwähnte, beschließt er, ihr die Wahrheit über die Integritätsritter zu sagen. In der Zwischenzeit, nachdem Eugeo während seiner Schlacht gegen Bercouli bewusstlos geschlagen wurde, erwacht er im obersten Stockwerk der Kathedrale.

Kirito und Alice erreichen das Gemeinschaftsbad im neunzigsten Stock. Dort finden sie den Integritätsritterkommandanten Bercouli, der von Chudelkin in Stein gemeißelt wurde. Alice bricht in Tränen aus, als sie die tragische Notlage ihres Mentors sieht, aber dann.....

In Kirito und Alice's Weg steht Eugeo, der das Synthesis Ritual durchlaufen hat und ein Integritätsritter wurde. Kirito wird verunsichert, bis Alice ihn ermahnt, sich zu entscheiden, Eugeo mit allem, was er hat, zu bekämpfen.

Im obersten Stockwerk der Zentralkathedrale stehen Kirito, Eugeo und Alice schließlich dem Administrator gegenüber. Aber Chudelkin nutzt die heiligen Künste, um sich in einen riesigen Clown zu verwandeln und anzugreifen.

Kardinal erscheint im obersten Stockwerk der Zentralkathedrale zu einem Showdown mit ihrem bitteren Gegner der letzten zweihundert Jahre. Sie bewegt sich, um ihr Ziel zu erreichen, den Administrator zu löschen, nur um zu sehen, wie der gefallene Schwertgolem wieder aufsteigt.

Kirito trägt die Hoffnungen von Kardinal, Eugeo und Alice in seinem Herzen, steht wieder einmal und visualisiert den schwarzen Schwertkämpfer, den Spitzenspieler, der SAO besiegt hat. Im Interesse aller, denen er auf dieser Welt begegnet ist, stellt sich Kirito dem Administrator.