Минув рік після очищення САО. Викликаний Кікуокою з віртуального відділу Міністерства внутрішніх справ і комунікацій, Кадзуто дізнається про серію дивних вбивств, пов’язаних із популярною VR грою Ґан Ґейл Онлайн (ҐҐО), єдиною грою в Японії, в яку грають професіонали.

Озброєна великою снайперською гвинтівкою Hecate II, молода дівчина Сінон робить собі ім’я снайпера №1 у ҐҐО. Коли її ескадра влаштовує засідку на іншу ескадру, їй вдається вразити першу ціль. Але коли вона націлюється на свою другу ціль у мантії, він ухиляється від кулі.

У реальному житті Сінон є старшокласницею на ім'я Шино Асада. По дорозі зі школи її затягують у провулок дівчата. Їхня лідерка, Ендо, намагається виманити гроші у Шино, але та сміливо відмовляється.

Кікуока завербував Кіріто для розслідування ҐҐО, тому він увійшов у систему. Щоб спонукати Десґана націлитися на нього, він сподівається взяти участь у турнірі Золота куля, на якому буде визначено найкращого стрілка в ҐҐО. Але як новачок, він не знає усіх особливостей цієї гри, і незабаром зустрічає Сінон.

Щоб зареєструватися в турнірі, Кіріто починає вводити необхідну інформацію в термінал, але з подивом бачить, що форма містить поля для його справжнього імені та адреси. Він залишає форму незаповненою, хоча розуміє, що без цієї інформації він не матиме права на головні призи...

Чоловік у плащі спостерігає, як Кіріто веде свій перший бій, і потім вимагає від нього відповіді, чи він «справжній». Кіріто помічає у нього татуювання Веселого гроба, гільдії вбивць, яка існувала в САО. Незнайомець каже Кіріто, що колись уб'є його, і зникає.

Чоловік у плащі вижив у САО, і він може бути одним із гравців, з яким Кіріто бився на смерть... Ця думка поглинає Кіріто, і його біль відчутний настільки, що він турбує Сугуху.

Кіріто вирішує, що Десґан з'явиться в турнірі. Він використовує час, що залишився, щоб обмінятися інформацією з Сінон і дізнатися більше про учасників. Сінон бачить, як дивно він поводився під час кваліфікації, і запитує його, що сталося. Вона дізнається, що він пережив САО. Розпочинається головний турнір, і 30 гравців переносяться на поле шириною 10 км.

Чоловік у плащі стріляє в Блідого Вершника і знищуює його. Він каже, що його звати Десґан, і заявляє, що принесе справжню смерть. Асуна та її друзі дивляться пряму трансляцію турніру і розуміють, що Десґан є одним із лідерів Веселого гроба.

Десґан атакує зі спини Сінон, і паралізує її. Він використовує Black Star Type-54, за іронією долі той самий пістолет, з якого Сінон застрелила грабіжника. Її спогади про цей інцидент повертаються, і Сінон втрачає контроль, а Десґан намагається вбити її, щоб розлютити Кіріто.

Після втечі від Десґана Кіріто та Сінон залягли в пустельній печері. Там Кіріто розмірковує про те, як Десґан вбивав інших гравців та робить певні припущення.

Турнір наближається до кінця, і єдині гравці, що вижили, це Кіріто, Сінон і Дарк Вінд, що зайняв друге місце на останньому турнірі. Оскільки Десґан може мати декількох спільників, і Дарк Вінд також може бути в небезпеці, Кіріто вирішує перемогти його першим. Він діє як приманка, в той час як Сінон повинна знищити ворога. Довіра Кіріто до неї окупається, оскільки її куля вражає ціль, і він нарешті стикається з Десґаном віч-на-віч.

Десґан вправно володіє не лише пістолетом, але й мечем, і він поступово відбирає здоров’я Кіріто. Тим часом приціл Сінон був знищений Десґаном, що не дає їй атакувати, тому вона змушена просто спостерігати за боєм. Вона зціплює зуби і думає, чи може вона ще щось зробити.

Кьоджі нападає на Шино. Кадзуто рятує її в останню секунду, стрибнувши на Кьоджі. Під час бою Кадзуто отримав удар отруйним шприцом, але дивом він не спрацював. Наступного дня Кадзуто та Шино йдуть зустрітися з Кікуокою та обговорюють інцидент. У Кікуоки є повідомлення від одного із захоплених Десґанів...

Повідомляється, що священний меч Екскалібур був виявлений в АЛО. Почувши новини, Кіріто та Ліфа вирішують заволодіти Екскалібуром до того, як інші гравці дістануться до нього першими.

Кіріто та іншим доручено підкорити Короля Морозу Трімра та відновити Екскалібур. Юі припускає, що це не квест, запланований адміністраторами гри, а щось автоматично згенероване системою.

Кіріто та інші борються з Трімром, босом, який ховається на нижньому рівні підземелля. Але не маючи змоги сильно вплинути на рівень здоров'я Трімра, вони незабаром опиняються в серйозній небезпеці.

У майбутньому оновленні АЛО буде розблоковано 21-30 поверхи Нового Айнкраду. Асуна, Кіріто та Юі повертаються до своєї мрії знову жити разом у своєму дерев’яному будиночку на 22 поверсі.

Почувши чутки про видатного гравця, відомого як Зеккен, Асуна вирішує кинути виклик. Але коли Асуна виходить із системи, мати каже їй скласти іспит, щоб перевестись до академічно орієнтованої середньої школи.

Асуну просять допомогти гільдії «Сплячі лицарі», яка вирішила незабаром розпуститися. Перш ніж це зробити, вони хочуть перемогти боса лише своєю групою.

Спроба Асуни та Сплячих лицарів перемогти боса на 27 поверсі була помічена гільдією, що спеціалізується на рейдах на босів. Тепер 20 його учасників блокують кімнату боса. Оскільки Кіріто затримує решту гільдії, чи зможуть Асуна та інші пробитися?

Минуло кілька днів відтоді, як Юкі раптово зникла перед Асуною, а вона досі не ввійшла в АЛО. Пізніше Асуна зустрічає Кадзуто на даху школи, де він передає їй записку з адресою та каже, що Юкі може бути там.

Відчуваючи навколишній світ, дні Юкі проходять так добре, як ніколи раніше. У АЛО гравці готують барбекю та виконують квест. У реальному світі Асуна та дівчата вирушають у подорож до Кіото. Одного дня Асуна отримує електронний лист...