게임이 시작된 지 한 달, 드디어 1층 보스 공략을 위한 본격적인 움직임이 시작된다.

하지만 복수 파티를 이뤄 진행하는 레이드에서 키리토는 파티를 구하지 못하는데...

그때 옆에 혼자 있던 한 여자 플레이어가 눈에 들어온다.

흑묘단이라는 길드에 우연히 들게 된 키리토는 레벨을 숨긴 채 길드원들과 함께 행동한다.

한편 그 흑묘단의 홍일점 사치는 죽음의 공포로 매일밤을 지새우고 있었는데...

키리토는 사치를 위로하면서 이들을 반드시 지키리라 결심한다.

키리토는 방황의 숲에서 죽을 뻔한 베스트 테이머, 시리카를 구해준다. 그리고 사역마를 잃은 시리카에게 47층에서 얻을 수 있는 부활 아이템 이야기를 꺼낸다. 이렇게 함께 47층으로 향하게 된 키리토와 시리카를 바라보는 정체불명의 시선이...

썩 사이가 좋지 않은 키리토와 아스나는 우연한 계기로 저녁을 함께하게 된다.

그런데 갑자기 바깥에서 한 여자의 찢어지는 비명이 들려오는데...

마을 광장에 있는 교회 벽에 한 플레이어가 가슴에 창이 꽂힌 채 매달려 있었다.

카인즈에 이어 요루코까지 눈앞에서 살해당하자 키리토와 아스나는 혼란에 빠진다.

하지만 침착히 일련의 사건을 생각하던 키리토는 진실을 깨닫게 되는데...

권내살인의 실체, 그리고 이 환영의 복수극에 숨은 진실은?

새 검을 만들기 위해 리즈벳 무기점을 찾은 키리토.

하지만 무기점 주인 리즈벳과 키리토는 왠지 모르게 계속 아웅다웅하게 된다.

설상가상 둘은 검 재료를 구하기 위해 설산을 찾았다가 조난당하고 마는데...

키리토는 마을로 돌아오는 길에 우연히 S급 식재료를 득템한다.

요리에 꽝인 키리토 적당히 흥정해서 팔려 하는데, 거기에 쉐프 아스나가 나타난다.

결국 아스나가 요리해주기로 하고 둘은 아스나의 자택으로 향하는데...

보스의 방을 훔쳐보고 도망나온 키리토와 아스나는 고민에 잠긴다.

그런데 그 때, 거기 나타난 군길드 지휘관이 다짜고짜 매핑 데이터를 요구하는데...

혹시나 몰라 뒤를 쫓아간 키리토와 아스나는 멀리서 들려오는 비명을 듣는다.

혈맹기사단 단장과의 싸움에서 패한 키리토는 혈맹기사단에 들어가게 된다.

그리고 며칠 후, 포워드 지휘관 고드프리에게 불려가 테스트를 받게 되는데...

하필이면 고드프리가 추가 연습 파트너로 고른 멤버가 크라딜이었다.

혈맹 기사단을 떠나 조용하고 한적한 22층 플로어에 신혼집을 차린 키리토와 아스나. 오소도손 행복한 나날을 보내고 있던 어느 날, 숲 속에서 한 소녀를 발견하게 된다.

그 소녀는 장비는 물론이요, 그 어떤 기억도 상식도 가지고 있지 않은 갓난아기와도 같았는데...

군길드 유리엘의 부탁으로 키리토와 아스나는 1층 지하 던전에 발을 디딘다.

그 안에는 군길드 관리자 신카가 오도가도 못하고 안전구역에 갇혀있었는데...

저 멀리 신카의 모습을 보고 반가움에 뛰어가는 유리엘의 머리 위로 거대한 낫이 내리꽂힌다.

우연히 호수에서 만난 낚시꾼 니시다 씨와 친분을 맺게 된 키리토 아스나 부부.

둘은 니시다가 주관하는 호수 괴물 낚기에도 참가해서 주목을 받게 되는데...

즐거운 시간을 보내던 와중, 혈맹기사단장 히스클리프의 메일이 도착한다.

스컬 리퍼의 가공한 공격력에 최전방 공략팀은 많은 멤버들을 잃게 된다.

모두가 지쳐 있는 가운데 키리토는 혈맹기사단의 단장, 히스클리프에게서 이상한 점을 발견하게 되는데...

카즈토가 소드 아트 온라인을 클리어하고 현실세계로 돌아온 지 어느덧 두 달.

동생 스구하는 왠지 다르게 변해 버린 오빠에게 두근대면서도 걱정이 앞선다.

그리고 카즈토는 아직 깨어나지 못한 아스나에게 문병을 가는데...

요즘 한창 인기몰이를 하는 알브헤임 온라인 안에 아스나를 닮은 캐릭터가 있다는 정보를 듣고 키리토는 바로 집으로 돌아가 알브헤임 온라인 안에 접속하는데...

처음인데도 불구하고 비정상적인 스테이터스 수치는 차치하고, 인벤토리를 뒤져 그 아이템을 찾는다.

우연히 구해준 것을 계기로 키리토는 리파로부터 이런저런 게임속 설명을 듣게 된다.

그리고 세계수에 다다를 방법이 결코 쉽지 않다는 것을 알게 되는데...

그럼에도 불구하고 어떻게든 아스나를 구하고자 하는 키리토에게 리파는 왠지 모를 호감을 갖게 된다.

키리토는 리파와 함께 세계수에 가기로 결정한다.

하지만 리파와 곧잘 파티를 맺던 시굴드가 이를 만류하는데...

다른 유저를 속박하려는 시굴드가 영 마음에 안 드는 키리토가 앞으로 나선다.

르구르를 통과하던 키리토와 리파는 샐러맨더 파티에게 따라잡힌다.

샐러맨더들은 키리토에 대한 맞춤 전략으로 점점 숨통을 조여오는데...

리파가 포기하려는 그때, 키리토가 괴성을 지르며 다시 달려나간다.

키리토와 리파는 영주들을 구하기 위해 급행하지만 샐러맨더 부대가 먼저 당도한다.

일촉즉발의 상황, 중간에 끼어든 키리토는 샐러맨더 부대의 지휘관을 불러내는데...

최강의 플레이어라 불리는 샐러맨더의 유진 장군과 키리토의 대결이 시작된다.

스구하는 오빠를 따라 아스나가 입원한 병원을 찾는다.

그리고 병실에서 느낀 복잡한 심경을 로그인 하자마자 키리토에게 털어놓는데...

한편 탈출한 아스나는 실험체 격납실이라는 방에서 충격적인 진실을 목격한다.

키리토가 근처까지 와 있다는 걸 눈치챈 아스나는 어떻게든 자기가 있다는 걸 알리려 한다.

그리하여 아스나가 떨어뜨린 GM 권한 카드를 손에 넣은 키리토는 그랜드 퀘스트에 도전하는데...

그 퀘스트는 세계수 밑동을 지키는 수호자를 물리치는 초고난도 퀘스트였다.

스구하가 자신에게 가지고 있는 감정을 알아버린 키리토는 어찌할 바를 모르고 고민한다.

결국 게임에서 모든 걸 해결하는 수밖에 없다는 결론을 얻은 키리토와 스구하는 다시 한 번 세계수 공략에 나서는데...

키리토는 천신만고 끝에 세계수 위에 다다랐지만 공중도시는 온데간데 없었다.

그리고 드디어 아스나와 감격의 재회를 하는 순간, 갑자기 시야가 깜깜해지고...

아스나를 가둬둔 원흉 스고우, 즉 요정왕 오베론이 나타난다.

아스나가 있는 병원으로 달려간 키리토는 병원 주차장에서 불의의 습격을 당한다.

하지만 칼을 들고 덤비는 스고우 또한 현실에선 나약하고 힘없는 인간일 뿐이었으니...

가까스로 스고우를 제압한 키리토는 아스나가 있는 병실로 조심스럽게 들어갔다.