Kirito, ein Beta-Tester des Online-Rollenspiels Sword Art Online, logt sich zum Release in das Spiel ein und lernt den Neuling Klein kennen. Kirito hilft Klein, die grundlegenden Kampftechniken des Spiels zu erlernen. Doch als die beiden sich ausloggen wollen, stellen sie fest, dass der Auslog-Button deaktiviert ist …

Kirito und Asuna müssen zusammenarbeiten, um einen mysteriösen Mord in einer Safe-Zone aufzuklären. Leider haben sie nur eine Spur: Den Speer, der das Opfer tötete.

Weiterhin auf der Mission, Kains und Yurukos Mörder zu finden, stößt Kirito auf die Möglichkeit, einen Teleportkristall über das Inventarsystem gemeinsam zu nutzen. An Griseldas Grab kommt es zum großen Showdown!

Nachdem Heathcliff Kirito herausgefordert hat, kommt es zwischen den beiden zum Duell. Ein großes Publikum findet sich für den Kampf zusammen, in dem es um Asunas und Kiritos Zukunft geht.

Finale des ersten Arcs: Nach dem verheerenden Kampf gegen den Skull Reaper erfährt Kirito, wer Heathcliff wirklich ist und fordert ihn erneut zu einem Duell heraus, welches über das Schicksal aller Spieler entscheiden wird.

Leafa verkündet, dass sie ihre Gruppe verlassen möchte, um Kirito zu helfen, zur Spitze des Weltenbaumes zu gelangen. Das gefällt ihrer Gruppe gar nicht. Die beiden treffen alle Vorkehrungen für ihre Reise, merken jedoch nicht, dass sie bei ihrem Aufbruch verfolgt werden.

Zurück in Alfheim macht sich Kirito auf den Weg zum Wipfel des Weltenbaumes, um Asuna zu befreien. Als er von einer Barriere zurückgehalten wird, müssen er, Yui und Leafa ihre Kräfte vereinen, um die „Grand Quest“ zu erfüllen.

Die Qualifikation zum Bullet of Bullets schreitet voran. Werden Kirito und Sinon sich am Ende als Feinde gegenüberstehen?

Kirito und Sinon nehmen eine kurze Auszeit und konfrontieren Vergangenheit und Gegenwart im Reallife.

Der Showdown ziwschen Kirito, Sinon und Death Gun beginnt während Asuna zu Kirito ins Krankenhaus eilt.

Der Kampf zwischen Kirito, Sinon und Death Gun kommt zum finalen Ende. Welche Seite wird wohl den Kampf für sich entscheiden können?

Kirito wurde zusammen mit seinem Jugendfreund Eugeo beauftragt, einen riesigen Baum namens Gigas Cedar zu fällen. Sie schwingen ihre Axt, als ihre Freundin Alice zum Mittagessen kommt. Während sie essen, beschließen die drei Freunde, in eine sagenumwobene Höhle zu gehen.

Kirito erwacht, um sich in einer mysteriösen Welt zu befinden, die an ein Fantasy-Spiel erinnert. Sein Gedächtnis ist verschwommen, er versucht sich abzumelden, kann aber nicht in die reale Welt zurückkehren. Nachdem er ziellos umhergezogen ist, befindet er sich unter einem riesigen Baum.

In der realen Welt liegt Kazuto Kirigaya bewusstlos da. Auf wunsch von Kikuoka wird Kazuto in ein gut ausgestattetes Krankenhaus verlegt, aber als Asuna und Suguha zu besuch kommen, werden sie abgewiesen. Misstrauisch trennen sich Asuna und die anderen, um mehr über Rath herauszufinden.

Asuna infiltriert Rath, das Forschungslabor in der Meeresschildkröte, wo sie Kikuoka beharrlich über den Aufenthaltsort von Kazuto auskundschaftet. Kikuoka verrät, dass hinter der Entwicklung des Seelenübersetzers ein atemberaubendes Ziel von epischer Größe steht.

Kirito befindet sich in einem Duell gegen den Eliteschüler Volo Levantein mit echten Schwertern. Während die neugierige Menge zuschaut, wird Kirito von Sortiliena ermutigt, und das Duell beginnt.

Als Eliteschüler kämpft Eugeo zusammen mit Kirito mit der Frage, was er in sein Schwert einfließen lassen soll, damit er stärker werden kann. Als er von den Eliteschülern Raios und Humbert verspottet wird, beschließt Eugeo, Humberts Bitte um ein Duell anzunehmen.

Kirito und Eugeo entkommen aus ihrer Zelle, nur um ihren Weg zu finden, der von Eldrie Synthesis Thirty-One blockiert wird, auf Befehl von Alice, auf sie zu warten. Kirito und Eugeo kämpfen gegen ihn, bis Eugeo merkt, dass er Eldrie schon einmal irgendwo gesehen hat.

Kirito und Eugeo wurden von dem jungen Mädchen, Kardinal, gerettet, das sich im Großen Bibliotheksraum der Zentralkathedrale versteckt. Ihre wahre Identität ist die eines autonomen Programms, das die Erhaltung der Ordnung in der Unterwelt, einer virtuellen Welt, koordiniert. Kardinal Kirito erklärt, wie die Axiom-Kirche und der Tabu-Index entstanden sind, angefangen mit der Vergangenheit des Administrators. Kirito kann seine Ungläubigkeit kaum verbergen, aber Kardinal hat noch eine weitere Offenbarung: die große Gefahr, die jetzt die Unterwelt bedroht.

Als Kirito und Alice beide die Kunst der perfekten Waffenkontrolle im Wolkengarten entfesseln, reißt der Aufprall ein Loch in die scheinbar unüberwindliche zentrale Kathedralenwand, die sie beide nach draußen fliegen lässt.

Eugeo erreicht den neunzigsten Stock der Zentralkathedrale, die sich als riesige Badestelle erweist. Der verblüffte Eugeo trifft auf Bercouli Synthesis One, der im Bad eintaucht. In der Zwischenzeit erklimmen Kirito und Alice immer noch die Wand der Zentralkathedrale.

Als Kirito Alices Reaktion sah, als er den Namen Selka erwähnte, beschließt er, ihr die Wahrheit über die Integritätsritter zu sagen. In der Zwischenzeit, nachdem Eugeo während seiner Schlacht gegen Bercouli bewusstlos geschlagen wurde, erwacht er im obersten Stockwerk der Kathedrale.

Kirito und Alice erreichen das Gemeinschaftsbad im neunzigsten Stock. Dort finden sie den Integritätsritterkommandanten Bercouli, der von Chudelkin in Stein gemeißelt wurde. Alice bricht in Tränen aus, als sie die tragische Notlage ihres Mentors sieht, aber dann.....

In Kirito und Alice's Weg steht Eugeo, der das Synthesis Ritual durchlaufen hat und ein Integritätsritter wurde. Kirito wird verunsichert, bis Alice ihn ermahnt, sich zu entscheiden, Eugeo mit allem, was er hat, zu bekämpfen.

Kardinal erscheint im obersten Stockwerk der Zentralkathedrale zu einem Showdown mit ihrem bitteren Gegner der letzten zweihundert Jahre. Sie bewegt sich, um ihr Ziel zu erreichen, den Administrator zu löschen, nur um zu sehen, wie der gefallene Schwertgolem wieder aufsteigt.

Kirito trägt die Hoffnungen von Kardinal, Eugeo und Alice in seinem Herzen, steht wieder einmal und visualisiert den schwarzen Schwertkämpfer, den Spitzenspieler, der SAO besiegt hat. Im Interesse aller, denen er auf dieser Welt begegnet ist, stellt sich Kirito dem Administrator.

Gabriel befehligt jetzt die Armee des Dark Territory und bereitet sich auf den Krieg gegen das Human Empire vor. Der echte Vecta wird inzwischen von allen Seiten bedroht.

Alice und Kirito stoßen zur Armee, er ist aber immer noch nicht fit und das Osttor kann angesichts der riesigen Überzahl ihrer Feinde nicht mehr lange gehalten werden.

Das Tor fällt und die Dark-Territory-Armee versucht mit allen Mitteln, ins Human Empire einzufallen. Dabei überwindet sie nach und nach ihre besser organisierten Gegner.