La Terra viene invasa dalla Falange, una creatura aliena che può assorbire gli oggetti e i corpi umani, ma non quelli mutanti. Non riuscendo perciò ad assorbire gli X-Men, decide di rapirli. Bestia riesce tuttavia a salvarsi, essendo stato avvisato da Warlock, un alieno della stessa specie della Falange, che spiega all'X-man di essere fuggito dal suo pianeta con una sua amica per evitare di doversi unire alla succitata Falange, attirandola però a sé. Bestia e Warlock sono intenzionati a risolvere la situazione per evitare che l'alieno conquisti il pianeta, e perciò si fanno aiutare da Forge (capo degli X-Factor) e da Sinistro (nonostante quest'ultimo fosse un rivale degli X-Men). Il gruppo si rende tuttavia presto conto che la Terra sembra essere spacciata.

La Falange riesce a trovare un modo per assorbire anche i mutanti, cosa che tuttavia non funziona con Wolverine, per via del suo fattore rigenerante. Intanto Bestia, Warlock, Forge e Sinistro vanno all'isola di Muir, dove Moira riesce a creare una sostanza che dovrebbe riuscire a fermare la Falange nel caso venisse inserita nel suo nucleo, che si trova all'interno dell'Empire State Building. L'isola viene tuttavia attaccata dalla Falange, che riesce anche a catturare Moira, e il gruppo, assieme ad Amelia (la donna che aveva avuto in passato una relazione con Xavier), chiede aiuto a Magneto. Il gruppo riesce così a raggiungere l'Empire State Building e a sconfiggere la Falange. Warlock e la sua amica, ora libera, decidono poi di tornare nel loro pianeta per poterlo salvare, piuttosto che scappare nuovamente.

Omega Red viene scongelato e assoldato per recuperare un sottomarino nucleare sovietico. Lui accetta, pretendendo però che Wolverine e Tempesta vengano con lui. I tre così si immergono ed entrano nel sottomarino, dove Omega Red rivela di non avere intenzione di stare ai patti: il suo obiettivo infatti è di usare le bombe contenute nel sottomarino per radere al suolo le quindici città più grandi al mondo. Wolverine e Tempesta sono in pericolo di vita, dato che l'aria all'interno del sottomarino è tossica ma, grazie all'aiuto di Rogue e Bestia, che li avevano seguiti per via aerea, i due x-men vengono salvati, mentre Omega Red sprofonda negli abissi dell'oceano all'interno del sottomarino, rimanendo tuttavia in vita.

Ciclope, troppo sconsolato per la perdita di Jean, decide di abbandonare gli X-Men e di tornare all'orfanotrofio nel quale è cresciuto. Lì incontra la sua amica Sarah, che ora dirige il luogo, e lei gli spiega che il ricco Zebediah Killgrave ha adottato quattro ragazzi mutanti che alloggiavano all'orfanotrofio. Ciclope riesce tuttavia a capire che in realtà Killgrave ha intenzione di ipnotizzare i quattro ragazzi tramite dei superpoteri, e di far sì che compiano azioni criminali. Killgrave si rende conto del fatto che Ciclope lo abbia scoperto e, dopo essere salito su un elicottero, comincia a sparargli. Ciclope riesce a sconfiggerlo, e il tutto viene mandato in onda in televisione, rivelando la verità su Killgrave. Dopo l'accaduto, Ciclope torna dagli X-Men, dove Cerebro dà una sorprendente notizia al gruppo: Jean è ancora viva.

Dopo essersi rivoltato contro Mojo, Longshot, fugge dal suo mondo, venendo trasportato sulla Terra. Mojo decide di seguirlo, arrivando anche lui in tal pianeta (che decide di ribattezzare "Terrorland"). Dopo aver rapito Jubilee, Mojo fa sfidare gli X-Men e Longshot contro alcuni suoi uomini, trasmettendo il tutto nel suo mondo, ma Rogue riesce ugualmente a liberare Jubilee. A seguito di ciò, gli ascolti della battaglia calano drasticamente e, quando Longshot è vicino al riuscire a uccidere Mojo, quest'ultimo interrompe la sfida, decidendo di fare ritorno al suo mondo. Longshot lo segue, dovendo continuare la rivolta.

Graydon Creed, dopo essere andato in prigione, viene scarcerato, ed è intenzionato a tornare a essere il capo degli Amici dell'Umanità. Tuttavia i membri del consiglio del gruppo non lo accettano essendo figlio di Sabretooth, un mutante. Oltre a ciò, i suddetti hanno scoperto che altri suoi parenti sono mutanti, infatti sua madre è Mystica, mentre Nightcrawler è il suo fratellastro. Creed, sconvolto e disperato, promette così di catturare e uccidere i due.

Arkon, guerriero proveniente dal pianeta Polemachus, giunge sulla Terra per chiedere a Tempesta di aiutare il suo mondo, che sta affrontando un enorme cataclisma. Arkon porta così Tempesta sul suo pianeta contro la sua volontà, ma lei accetta ugualmente di aiutarlo, nonostante il suo modo di fare poco gentile. Wolverine, Jubilee, Ciclope e Bestia riescono a raggiungerla, e proprio allora lei riesce, coi suoi poteri, a salvare il pianeta. Tempesta è pronta a tornare sulla Terra, ma Arkon le chiede di diventare sua moglie e governare come imperatrice su Polemachus. Tempesta, inaspettatamente, accetta, con enorme stupore degli altri X-men.

Mentre Xavier, Wolverine e Gambit vanno a un incontro col presidente, Jubilee si ritrova costretta ad accompagnare alcuni bambini in una caverna. I suddetti rimangono tuttavia intrappolati al suo interno dopo che alcune rocce chiudono i passaggi per uscire, così Jubilee contatta gli X-Men perché li aiutino e, mentre li aspetta, racconta ai bambini una fiaba da lei inventata, dove i personaggi sono molto simili a personaggi da lei incontrati in passato. Gli X-Men giungono poi in loro soccorso.

Anche se Apocalisse è stato sconfitto, la sua anima non è completamente scomparsa ed è intenzionato a tornare sulla Terra grazie all'aiuto di Fabian Cortez. Per fare ciò gli serve tuttavia un giovane mutante a cui prendere il corpo. Dato che Bestia e Jubilee si trovano nelle vicinanze di un tempio dedicato ad Apocalisse, i Hounds, dei mutanti resi potenti dai poteri di Cortez, riconoscono in Jubilee un candidato perfetto. Uno dei Hounds, Calibano, era però un amico di Jubilee, essendo stato uno dei Morlock e, grazie al suo aiuto e a quello di Bestia, la ragazza viene liberata. Il tempio viene distrutto, ma Apocalisse riesce a resuscitare prendendo il corpo di Cortez.

Wolverine si ricorda di quando, durante la seconda guerra mondiale, si è alleato con Capitan America per liberare lo scienziato Andre Cocteau dai nazisti, comandati da Teschio Rosso. Nonostante Wolverine e Capitan America fossero riusciti a raggiungere Cocteau e a distruggere il laboratorio nel quale si trovava, lo scienziato non ha voluto seguirli, dopo aver inoltre avvertito i nemici della loro presenza quando sono arrivati. Solo diversi decenni più tardi, dopo la morte di Cocteau, Wolverine scopre che il motivo del tradimento è che lo scienziato ha utilizzato questo stratagemma per convincere i nazisti di essere dalla loro parte, quando in realtà era dalla parte dei loro avversari, potendo così agire segretamente come infiltrato.

Nel XIX secolo il medico Nathaniel Essex, affascinato dalle scoperte di Charles Darwin, vuole riuscire a trovare un modo per far sì che gli esseri umani diventino più potenti ed evoluti. Essex riesce, dopo diversi esperimenti, a creare una sostanza che fa sì che il suo corpo si rigeneri molto velocemente se ferito. Il medico decide così di provare le sue sostanze sui mutanti, che tuttavia tiene prigionieri contro la loro volontà. Dopo che i mutanti riescono a liberarsi grazie all'aiuto del medico James Xavier, quest'ultimo spiega la situazione al popolo, che così si scaglia contro Essex. Quest'ultimo riesce tuttavia a fuggire, continuando i suoi esperimenti. Essex comincia così a farsi chiamare Sinistro.

Bestia scopre che un ragazzo, Samuel "Sam" Guthrie, ha dimostrato di avere poteri mutanti, ma nonostante ciò è mal visto dai suoi compaesani. Rogue decide di andare da Sam per vedere la situazione, e così scopre che il ragazzo ha ricevuto da un certo Kirkland la proposta di entrare a far parte di un gruppo governativo formato da mutanti. Gli X-Men scoprono però che Kirkland è in realtà intenzionato a utilizzare i suoi poteri per scopi personali, e infatti il suddetto decide perciò di attaccare il villaggio dove vive Sam, ma il ragazzo riesce a fermarlo. Successivamente la famiglia di Sam decide di trasferirsi altrove.

Durante un dibattito televisivo, Henry Gyrich, che sospetta, a ragione, che Xavier sia un mutante, usa su di lui un marchingegno che fa andare momentaneamente fuori controllo i suoi poteri. Visto l'attacco su di lui, numerosi mutanti, comandati da Magneto, decidono di insorgere per rivendicare i loro diritti, volendo attaccare i normali esseri umani. Nel frattempo Xavier, che era già malato, risulta essere svenuto e in fin di vita, e gli X-Men si rendono conto che l'unica cosa che potrebbe salvarlo sono le cure degli Shi'ar, ma l'unico che potrebbe mettersi in contatto con loro sarebbe lo stesso Xavier. Ciclope, Jean e Wolverine vanno poi da Magneto per tentare di fermarlo, ma lì Jean si rende conto che il suddetto, tramite i suoi poteri, potrebbe essere in grado di risvegliare momentaneamente Xavier, così da far sì che riesca a chiamare Lilandra.