Die X-Men eilen ins Stadtzentrum, um den tobenden Sabretooth zu fangen. Doch das Blatt wendet sich durch die Phalanx, eine beeindruckende Rasse von techno-organischen Formwandlern. Warlock stammt von den Phalanx ab und schließt sich mit Beast und Forge zusammen, um einen Blutrausch zu verhindern und die Erde zu retten.

Eine unerwartete Allianz wird gebildet, als die gemeinen Mutanten Mister Sinister und Magneto sich Beast, Forge und Warlock anschließen, um die Machtergreifung der Phalanx zu verhindern. Ein mutiger Angriffsplan auf das Zentrum der Phalanx verwickelt die X-Men in ein riskantes Kräftemessen am Empire State Building.

The former Soviet Union's living weapon, Omega Red, is thawed out by the US Military to deal with an abandoned Soviet nuclear submarine near Hawaii. He asks for his old enemy, Wolverine, and the woman responsible for freezing him most recently, Storm, to accompany him on the mission. Omega Red is offered restored humanity, but once aboard the warhead-filled sub, he reveals his true, deadly intentions.

Cyclops, still in mourning after Jean Grey's "death", quits the X-men and returns to his orphanage home and encounters his friend Sarah. She tells him that a wealthy man has decided to adopt all the mutant children, especially Rusty, but his intentions are to make them his army to destroy all humans in the world so that mutants are accepted. It's up to Cyclops to stop him and save the mutant children. Later, Cyclops returns to the mansion and he and the other X-men discover that Jean Grey hasn't died after all.

Longshot, a rebel from another world, tumbles into this world with no memory and a murderous gang led by the six-armed woman warrior Spiral hot on his trail. It turns out that Longshot is on the run from Mojo, maniacal inter-dimensional TV executive. Using Jubilee as the 'prize', Mojo and his minions lure Longshot and the X-Men into a deadly contest which Mojo broadcasts 'live' to up his ratings.

Arkon, Anführer eines sterbenden Planeten, entfesselt eine Sturmfront über Washington D.C., um die widerwillige Storm zu entführen. Der Rettungsversuch der X-Men wird zu einer wirklichen Herausforderung, als die Herrin der Elemente versucht, das verheerende Ökosystem des sterbenden Planeten wiederherzustellen.

Storm willigt ein, Königin von Polemachus zu werden und die Vorbereitungen für die Hochzeit mit Arkon sind in vollem Gange, doch von Freude kann man im Palast nicht reden, denn die X-Men entdecken Sklaven, die von einem skrupellosen Tyrannen terrorisiert werden. Der große Tag droht eine eher turbulente Angelegenheit zu werden.

Jubilee führt widerstrebend eine Schülergruppe auf einer Höhlentour, als sie plötzlich mit den Kindern in rasch ansteigendem Wasser eingeschlossen wird. Während sie die Kinder mit einem Märchen über Mutanten aus dem Mittelalter beruhigt, liegt es an den echten X-Men, für ein märchenhaft glückliches Ende zu sorgen.

Der gefürchtete Mutant Apocalypse entsendet Fabian Cortez, um einen neuen Wirt für seine Flucht vom Astral-Planeten zu finden. Jubilee wird entführt und Beast wird in einen gewaltigen Kampf im Tempel verstrickt, bei dem Cortez auf frevelhafte Weise transformiert wird.

Wolverine erinnert sich an seine Mission im Zweiten Weltkrieg, einen entführten Wissenschaftler zu retten, und die heroische Allianz mit dem Super-Soldaten Captain America. Die Fronten werden gezogen, als sie auf den gefährlichen Nazi-Agenten Red Skull treffen und unerwartetem Verrat gegenüberstehen.

Rogue will im Süden einem merkwürdigen Mutanten mit Kanonenkugel-Antrieb nachspüren, der eine Minenkatastrophe verhindert hat. Während sich die Beziehungen zwischen Menschen und Mutanten verschlechtern, müssen die X-Men den explosiven Jungspund vor den Bewohnern seiner eigenen Stadt und vor einer nicht ganz einwandfreien Militäreinberufung beschützen.

Im viktorianischen London versucht ein Vorfahre von Professor Xavier, die menschliche Evolution angesichts eines verdrehten Doktors und seiner skrupellosen Mutantenexperimente aufrecht zu erhalten. Die Ursprünge des bösen Mister Sinister werden aufgedeckt...

Ein beängstigendes Finale, in dem Professor Xavier verstümmelt wird und im Sterben liegt. Die X-Men müssen sich der Bedrohung der Weltübernahme durch Magneto und dem Verlust ihres geliebten Anführers an das Shi'Ar-Imperium stellen.