Un uomo proveniente dal futuro di nome Fitzroy è tornato indietro nel tempo, l'11 maggio 1959, e in tal giorno ha assassinato Xavier. Questo a portato ha tremende catastrofi in futuro, così Alfiere, assieme a una donna di nome Shard, torna negli anni '90, vedendo che, a seguito del cambiamento temporale, è già in atto una guerra. I due incontrano Wolverine e Tempesta, che in questa realtà alternativa sono sposati tra di loro, e combattono sotto il comando di Magneto. Alfiere e Shard spiegano loro la situazione, e i quattro tornano quindi all'11 maggio 1959, ma non riescono a impedire l'omicidio.

Wolverine, Tempesta, Alfiere e Shard vanno nel futuro di questi ultimi due, per scoprire che però è cambiato notevolmente. Qui Fitzroy, che nel suo piano di uccidere Xavier era d'accordo con Master Mold, viene tradito da quest'ultimo. Wolverine, Tempesta e Alfiere riescono poi a tornare all'11 maggio 1959 (lasciando tuttavia Shard, che si scopre essere la sorella di Alfiere, nel futuro, non avendo avuto il tempo di liberarsi dai nemici) e, mostrando a Fitzroy un video del lui stesso del futuro che lo avverte del tradimento di Master Mold, lo convincono a non fare del male a Xavier, salvando così il mondo da catastrofi future.

Dopo essere rimasto all'isola di Muir con Moira per riprendersi da ciò che gli era accaduto, Morph torna dagli X-Men. Durante la sua prima missione ha tuttavia a che fare con le Sentinelle, che si scoprono essere ancora esistenti, e si rende conto di essere terrorizzato dalle suddette. La situazione peggiora quando alcune di esse rapiscono Xavier, Gyrich e Trask, e li portano dal loro capo, Master Mold, di cui ora rimane soltanto la testa. Gli X-Men seguono alcune coordinate trovate analizzando una sentinella, e le seguono sperando di poter trovare Xavier. Morph, che è rimasto alla base, scopre tuttavia altre coordinate, quelle corrette, e decide di seguirle, pur essendo solo. Arriva così alla base di Master Mold, dove trova i tre uomini rapiti e gli X-Men, che ci sono arrivati seguendo alcune sentinelle. Morph riesce a sconfiggere Master Mold e a salvare i suoi amici ma, rendendosi conto di non essere ancora pronto a lottare con loro, decide di abbandonare temporaneamente il gruppo.

Da anni Moira sta cercando di aiutare Kevin, soprannominato Proteus, un mutante in grado di alterare la realtà e di prendere possesso dei corpi altrui, a controllare i propri poteri. Quando però sembra esserci riuscita, Proteus riesce a fuggire dal centro di ricerca di Moira che, preoccupata, chiede aiuto agli X-Men. Xavier, Bestia, Rogue e Wolverine arrivano dunque sul posto, ma Proteus riesce a fuggire dall'isola. Quando gli X-Men lo incontrano di nuovo, Moira rivela loro che il fuggitivo è in realtà suo figlio, avuto col suo ex marito Joe MacTaggert, dal quale ha divorziato. Kevin è ora alla ricerca di suo padre.

Joe MacTaggert è un importante uomo politico, e deve tenere un discorso in vista delle prossime elezioni, e perciò è preoccupato per quel che potrebbe fargli suo figlio. Gli X-Men si ritrovano così a doverlo proteggere da Proteus, non riuscendo tuttavia a evitare che il mutante interrompa suo padre proprio durante il discorso. Xavier riesce tuttavia a fermarlo, facendo sì che riesca a riconciliarsi con suo padre. Kevin torna poi all'isola di Muir, dove continua la sua riabilitazione.

Magneto annuncia al mondo di aver costruito, assieme ad alcuni scienziati mutanti, l'Asteroide M, ovvero una base spaziale dove ha intenzione di vivere con tutti i mutanti terrestri che hanno intenzione di seguirlo, chiamandoli a raccolta.

A seguito di una sommossa, Xavier e Bestia riescono a tornare sulla Terra, non riuscendo tuttavia a portare con loro Gambit, che viene trattenuto alla base spaziale. Dopo aver utilizzato la tecnologia Shi'ar sui loro velivoli, Bestia riesce a raggiungere l'Asteroide M assieme a Xavier, Rogue e Wolverine e, facendosi aiutare da Amelia, una vecchia fiamma di Xavier, riescono a provare la colpevolezza di Cortez, che tuttavia lancia i missili sulla Terra. Magneto è tuttavia riuscito a sopravvivere, in quanto è finito all'interno dell'atmosfera terrestre e, tramite i propri superpoteri, riesce a salvare la Terra dai missili. L'Asteroide M viene fatto evacuare e successivamente si schianta nell'oceano come una meteora. Cortez viene poi messo in salvo da Apocalisse.

Nell'anno 3999, Apocalisse ruba a Cable il suo dispositivo di dislocamento temporale, divenendo così in grado di viaggiare nel tempo. Alfiere, di ritorno dal viaggio che l'ha portato nel 1959, finisce col rimanere intrappolato nell'asse del tempo. Qui Alfiere è in grado di vedere ciò che accade agli X-Men, e scopre così che negli anni '90, dopo che Ciclope e Jean si sono finalmente sposati, quest'ultima viene rapita da Sinistro e i suoi uomini. Shard viaggia nel passato andando dagli X-Men poco dopo il rapimento per cercare suo fratello, ma Sinistro appare nuovamente e tenta, senza successo, di rapire Xavier. Sinistro sta tuttavia agendo sotto ordine di Apocalisse.

Nel 3999 Cable riesce a viaggiare con una macchina del tempo segreta arrivando negli anni '90, dove spiega agli X-Men che Apocalisse, per poter vivere in eterno, ha bisogno di rigenerarsi ogni cento anni nella cosiddetta "Camera di Lazzaro", che si trova in una piramide in Egitto. Il gruppo decide quindi di viaggiare nel tempo subito dopo la creazione della Camera di Lazzaro e distruggerla allora, così che Apocalisse non possa più rigenerarsi. Tuttavia, arrivati sul posto, subiscono un attacco dallo stesso Apocalisse e da Mystica. I due riescono così a rapire Xavier.

Ora che ha rapito numerosi telepati e li ha portato nell'asse del tempo, il piano di Apocalisse è di utilizzare il loro potere per distruggere il tempo e poter ricreare un nuovo mondo. Magneto e Mystica, che avevano piani ben diversi, gli si rivoltano contro, ritrovandosi a dover affrontare lui, Sinistro e i suoi uomini. Proprio quando Apocalisse sembra riuscire nel suo intento, Alfiere libera i telepati, rovinando il piano del nemico. I telepati, ora liberi, riescono a ristrutturare il tempo e, dato che Cable, Arcangelo e gli X-Men sono riusciti a distruggere la Camera di Lazzaro, Apocalisse è ora sconfitto. Ognuno torna poi al proprio tempo di appartenenza.

È la vigilia di Natale, e Jubilee, Tempesta e Wolverine vanno a fare compere in un centro commerciale. Quando i tre escono fermano due morlock che stavano derubando un'ambulanza. I due spiegano di averlo fatto per aiutare uno di loro, Leech, che era gravemente malato e che non aveva subito le cure adatte in quanto in ospedale i medici hanno avuto grossi problemi per via dei suoi poteri mutanti. I tre x-men decidono di aiutarli e, nel loro rifugio, Wolverine si rende conto che Leech è in condizioni talmente gravi che spostarlo potrebbe provocarne la morte, e sono perciò costretti a curarlo lì. Dati i suoi poteri rigeneranti, Tempesta chiede a Wolverine se, tramite una trasfusione di sangue, non potrebbe aiutare Leech. Nonostante un'iniziale titubanza dovuta alle poche speranze di successo, Wolverine accetta, riuscendo a salvarlo. Successivamente Tempesta nomina ufficialmente Callisto nuovo capo dei Morlock, e quest'ultima invita gli X-Men presenti a passare la cena di Natale con loro.

Mentre sta andando in auto, Wolverine viene sorpassato da un ragazzo e, avendo un attacco di rabbia, finisce con rischiare di ucciderlo e per poco non ferisce Jubilee, che era insieme a lui. Ciò fa preoccupare parecchio Wolverine, che decide di lasciare gli X-Men e tornare in Giappone, dove era già stato in passato. Lì incontra un suo vecchio amico, il maestro Oku, e gli dà una mano nel costruire un tempio, ma il paese in cui vive Oku è tuttavia minacciato dal misterioso Silver Samurai, un uomo mascherato e molto pericoloso. Wolverine, essendo andato là proprio per non usare più la violenza, non reagisce ma, dopo un po', si rende conto che la sua vera forza consiste proprio negli scontri corpo a corpo, e perciò comincia a lottare contro Silver Samurai, sconfiggendolo piuttosto facilmente. Decide poi di tornare dagli X-Men.

Rogue torna in contatto con Cody, il suo primo ragazzo col quale non ha potuto avere una buona relazione avendolo fatto finire in coma dopo averlo baciato. Quando i due si incontrano, Rogue scopre con sorpresa di poterlo toccare senza conseguenze, cosa dovuta in realtà al fatto che fosse stata cosparsa di spore da un alieno. Questo fa tuttavia cominciare una reazione che trasforma lei e Cody fisicamente simili a tali alieni, che erano in realtà d'accordo con quest'ultimo, che riteneva che questo fosse l'unico modo per cui loro due potessero vivere insieme. Quando tutti gli X-Men raggiungono il deserto in cui si trovano gli alieni, Wolverine fa assorbire a Rogue i suoi poteri rigeneranti, che la fanno tornare normale, e successivamente Xavier riesce a sconfiggere gli alieni. Rogue e gli X-Men sono salvi, mentre Cody, ormai trasformato e privo di coscienza umana, se ne va nello spazio coi suoi simili.

Ciclope va all'Altopiano del Teschio, il luogo dove si doveva trovare col dottor Taylor Prescott, un uomo che conosce da quando era bambino e che, sin da allora, è sempre stato a favore dell'inserimento dei mutanti nella società. Arrivato sul luogo nota però che tutti gli abitanti sembrano impauriti da lui, e nessuno sembra sapere dove si trovi Prescott. Ciò è dovuto al fatto che il luogo è costretto a subire la tirannia di Solarr, un mutante che, scoperta la presenza di una miniera d'oro nel luogo, ha cominciato a governarlo come un despota, rinchiudendo Prescott in una caverna in quanto era l'unico a dimostrarsi intenzionato a reagire. Ciclope riesce tuttavia a far nascere una rivolta tra gli abitanti, riuscendo a far così arrestare Solarr e i suoi scagnozzi. L'x-man incontra poi il dottor Prescott.

Xavier ha degli strani incubi, dopo i quali finisce con l'avere un collasso, senza che gli X-Men riescano a spiegarsi il motivo. Xavier si rende allora conto di essere stato attaccato dal Re delle Ombre, che riesce a impossessarsi del suo corpo. Tuttavia Xavier, aiutato da Jean, riesce a sconfiggere il Re delle Ombre dopo una battaglia psichica.

I gemelli Scarlet e Quicksilver si recano sul Monte Wundagore per cercare informazioni sui loro veri genitori, dopo aver scoperto di essere stati adottati. Lì trovano una comunità di incroci tra esseri umani e animali, dove Bova, colei che in passato li ha portati dai loro genitori adottivi, racconta che la loro vera madre fosse morta dopo essere stata terrorizzata da Magneto. I due decidono di aiutare gli abitanti di Wundagore a rapire tale mutante, solo per scoprire che il capo del luogo aveva sin da subito intenzione di utilizzare il DNA suo e dei gemelli per creare degli esseri ancora più potenti. Il suddetto rivela inoltre che Scarlet e Quicksilver sono in realtà i figli dello stesso Magneto, e che la sua defunta moglie Magda era la madre dei due. Magneto, aiutato dagli X-Men, riesce a mettere in fuga il capo di Wundagore e a porre fine alla comunità, ma i gemelli decidono di non perdonarlo per averli abbandonati, nonostante lui non avesse mai saputo della loro esistenza