เทรเวอร์ ฟิตซ์รอยและแบนแทมเดินทางข้ามเวลากลับมาและฆ่าศาสตราจารย์เอ็กซ์ บิชอปและชาร์ดรวมกลุ่มกับวูล์ฟเวอรีนและสตอร์มเพื่อหยุดยั้งฟิตซ์รอยแต่ไม่เป็นผล

เมื่อยับยั้งการลอบสังหารไม่ได้ บิชอปและคนอื่นๆ จึงเดินทางไปอนาคต หลังจากทำให้ฟอร์จเชื่อแล้ว ทุกคนก็เดินทางกลับมาเพียงไม่กี่นาทีก่อนที่เซเวียร์จะโดนฆ่า

เมื่อเควินหนีออกจากเกาะเมียร์ มอยร่าจึงขอความช่วยเหลือจากเหล่าเอ็กซ์เม็น ด้านโพรทิอุสสร้างความปั่นป่วนในขณะที่พยายามตามหาพ่อที่แท้จริงของตน

โพรทิอุสพบว่าพ่อของตนเป็นนักการเมืองที่มีชื่อเสียง ด้วยความโกรธแค้นเขาจึงอาละวาดสร้างความเสียหาย แต่ศาสตราจารย์เอ็กซ์ทำให้เขาสงบลง

แม็กนีโต้เสนอพามนุษย์กลายพันธุ์ไปยังดาวเคราะห์น้อย แต่ฟาเบียนหลอกแม็กนีโต้พร้อมส่งเขาไปอวกาศโดยป้ายสีว่าการหายตัวของแม็กนีโต้เป็นฝีมือมนุษย์กลายพันธุ์

ในขณะที่แม็กนีโต้กำลังตกสู่พื้นโลก ฟาเบียนก็เข้าควบคุมอุกกาบาตเอ็ม แต่แม็กนีโต้กลับมาพร้อมกับทำลายทั้งขีปนาวุธทั้งอุกกาบาตเอ็ม

ปี 3999 อะพอคคาลิปส์ขโมยเครื่องข้ามเวลาของเคเบิลแต่กลับตกลงไปในแกนของห้วงเวลา เขาจ้างให้มิสเตอร์ซินิสเตอร์ลักพาตัวผู้มีพลังจิตทั้งหมดมา

อะพอคคาลิปส์จับตัวไซล็อค, จีน เกรย์และศาสตราจารย์เอ็กซ์ไป ส่วนบิชอปติดอยู่ในแกนของห้วงเวลาเช่นกัน ด้านเคเบิลและลูกชายบุกเข้าไปในฐานของรัฐบาล

เคเบิลและทีมเดินทางไปยังช่วงเวลาของกรุงไคโรยุคโบราณเพื่อทำลายห้องลาซารัสของอะพอคคาลิปส์ ส่วนอะพอคคาลิปส์ตั้งใจจะใช้ผู้มีพลังจิตเพื่อสร้างจักรวาลใหม่

เมื่อแผนของอะพอคคาลิปส์เป็นที่รู้กัน คนในกลุ่มจึงร่วมมือกับเอ็กซ์เม็นเพื่อหยุดยั้ง และผู้มีพลังจิตเคลื่อนย้ายอะพอคคาลิปส์ไปยังโลกที่มีการถอดจิตสำเร็จ

จูบิลี่, สตอร์ม และวูล์ฟเวอรีนไปซื้อของแต่ต้องเจอกับวิกฤติ ด้านลีชต้องการถ่ายเลือด วูล์ฟเวอรีนจึงจัดให้

วูล์ฟเวอรีนควบคุมพลังไม่ได้จึงออกจากเอ็กซ์เม็นและกลับไปอยู่แถบชนบทในญี่ปุ่น

วูล์ฟเวอรีนเห็นยานอวกาศตกคาตา โร้คกลับมาพบกับโคดี้ซึ่งเป็นเพียงอุบายที่จะให้เธอเป็นผู้นำครอบครัว

ไซคลอปส์บินเดี่ยวแต่เครื่องบินของเขาเกิดระเบิด เขาเดินทางเข้าเมืองอย่างยากลำบากและพบว่าเมืองโดนยึดโดยบุตรของชาโดว์

เมื่อศาสตราจารย์เอ็กซ์ทรมานจากอาการสมองกระทบกระเทือน จิตของเขาจะเปิดรับต่อการโดนชักจูงได้ง่ายทันที ชาโดว์คิงจึงคิดเข้าควบคุม แต่จีน เกรย์จับเขาได้ก่อน

หลังจากที่แม็กนีโต้บุกเข้าไปในเอ็กซ์แมนชั่น ไฮ เอโวลูชั่นแนรี่และกลุ่มนิวเม็นจับเขาไว้ ส่วนเอ็กซ์เม็นที่เหลือช่วยมนุษย์กลายพันธุ์ที่โดนจับไว้ได้