Профессор, Гроза и Росомаха прогуливаются на поляне возле школы, как вдруг возникает мощнейшая вспышка, предвещающая смещение времени, и профессор исчезает. Гроза и Росомаха оказываются в разрываемом войной мире, где армия мутантов во главе с Магнитом ведёт войну против людей; в этой реальности они обручены и не помнят ничего до того, как время изменилось. Квакер и его сестра Шарда оправляются с 2055 года в 90-е, но застают уже новое будущее. Они встречаются с Грозой и Росомахой и говорят о спасении Чарльза Ксавье от мутанта Фицроя, который предал мутантов и отправился в 1959 год, с его дружком Каплуном и стражем Нимродом, чтобы убить Ксавье. Гроза и Росомаха соглашаются помочь и отправляются с Квакером и Шардой в 1959 год, чтобы спасти будущего профессора, но терпят неудачу: он был подорван в собственной лаборатории...

Потерпев крах, мутанты отправляются в 2055 год к Форджу, чтобы тот снова отправил их обратно в прошлое ещё до взрыва бомбы. Однако будущее уже изменилось, и Фордж-киборг является слугой Форм-Мастера. Фордж бьёт тревогу, в и зал с порталом врываются Каратели, но Шарде удаётся убедить киборга помочь им. Во время сражения с Карателями портал был повреждён, и Форж принялся его чинить; параллельно с этим Фицрой и Каплун демонстрируют Форм-Мастеру результаты своей работы. Тот приказывает им остановить мятежников и уничтожить портал, дабы не допустить спасения Ксавье; Нимроду же Форм-Мастер поручает убрать после завершения операции Фицроя и Каплуна, о чём те узнают из-за двери. Они помогают остальным в борьбе со стражами, и все, кроме Шарды, проходят через портал. В прошлом им удаётся настичь Ксавье в его гимназии, но внезапно появившийся Фицрой кидает им бомбу и блокирует все пути для отступления; тогда Квакер показывает запись обращения самого Фицроя из будущего, в которой он предостерегает самого себя. Одумавшись, Фицрой убирает поле и Росомаха выкидывает бомбу в окно. Профессор спасен, и всё становится на свои места.

Мойра излечивает Морфа, и тот решает вернуться в команду. В это же время Форм-Мастер, от которого осталась лишь голова, силами подчиненных ему Стражей похищает особый материал, обладающий особой прочностью и способный сделать Стражей неуязвимыми. Позднее Форм-Мастер отдает приказ похитить Ксавье, а также Гайрика и Траска; когда Стражи нападают на школу мутантов, Морфа охватывает паника, в результате чего он не сумел защитить профессора. Морф остается на базе, когда остальные отправляются спасать Ксавье, но через некоторое время побеждает внутренних демонов и прибывает друзьям на подмогу. Ему удается уничтожить Форм-Мастера, сбив висевший над ним сталактит, но, в конце концов, Морф решает пока не спешить с возвращением, так как он пока недостаточно здоров психически, и улетает.

Мойра Мактаггерт занимается лечением своего сына-мутанта Кевина (он же Протей), способного временно искажать реальность и вселяться в других людей. Внезапно Протей, с рождения живший в пределах лаборатории, вырывается наружу и познает неведанный доселе мир. Мойра обращается за помощью к Чарльзу, и тот вместе со Зверем, Шельмой и Росомахой отправляется на остров Мьюр. Протею удается покинуть остров, и он начинает сеять хаос на улицах города. Столкнувшись с Людьми Икс, мальчик искажает Логана, чем наносит последнему очередную психическую травму, и отправляется на поиски отца — ныне перспективного политика Джо Мактаггерта…

Люди Икс обращаются к Джо с просьбой поговорить с сыном, но политик отказывается: он давно поставил карьеру во главу угла, и внезапно объявившийся сын мутант для Мактаггерта весьма нежелателен. Протею все-таки удается настичь отца, но тот убегает; во время второй «встречи» Ксавье убеждает юношу открыть для него свой разум и возвращает Кевину самообладание. Джо признает сына и просит у него прощения, после чего Кевин вместе с матерью возвращается на Мьюр.

Магнит за счёт своей силы и учёных мутантов построил астероид "М" для мутантов, и, предупредив правительства всех стран, начинает собирать мутантов и увозить их на астероид. Ксавье, Гамбит и Зверь решают присоединиться к Магниту и переговорить с тем, ибо люди всего мира считают астероид с мутантами угрозой. Когда Магнит и остальные прибывают на Геношу за тамошними мутантами, охрана острова атакует пришельцев, и в результате битвы Магнит теряет много сил. Радикально настроенный мутант Фабьен Кортес помогает ему подкачать силы за счет своих способностей, и уже после прибытия на астероид старается быть все время рядом с Эриком. После того, как Эрику удается уничтожить ракеты, направленные с Земли, он узнает, что без его ведома был совершен удар по людям, и понимает, что виной всему Кортес; он пытается застать психопата врасплох, но Кортес откачивает из Магнита слишком много сил и выпускает того в капсуле на орбиту. Вызвав всех мутантов к месту преступления, он обвиняет в убийстве Магнита Людей Икс...

Чарльз, Зверь и группа людей, находившихся на астероиде в качестве гостей, вынуждены сбежать, Гамбит же остаётся прикрывать их и попадает в плен. Кортес требует от Гамбита признать свою причастность к этому, но, не добившись признания, отправляет его в камеру; тем временем, профессор, Шельма, Росомаха и Зверь поминают якобы погибшего Магнита и вновь отправляются на астероид. К Гамбиту в камеру проникает Амелия (бывшая возлюбленная профессора) и просить признать его вину за гибель Магнита, однако Гамбит говорит ей, что этого не делал, и озадачивает её тем, что Кортес был первым, кто добрался до каюты Магнита, несмотря на то, что его комната находится на другом конце астероида. Не обнаружив записей о происходившем в то время в каюте Магнита, она хитростью выманивает Кортеса из его каюты и обнаруживает запись убийства Магнита. Переделав и оснастив космическими технологиями Ши’ара свой самолёт, Шельма, Зверь и профессор отправляются остановить Кортеса. Зверь пытается деактивировать ядерные ракеты, но не успевает управиться и с 20%, когда Кортес их запускает. Внезапно появляется Магнит, восполнивший свои силы при помощи магнитного поля Земли, и уничтожает ракеты, а затем и астероид "М" вместе с Кортесом, которого оставил там. Но злодея спасают Апокалипсис и Птица Смерти.

3999 год. Бицепс находит лазарет Апокалипсиса и хочет его уничтожить, однако Апокалипсис предвидел нападение и во время битвы отбирает временной телепорт у Бицепса и исчезает. Но в этот момент Квакер также возвращается в 2055 год из 1959, и в результате оба оказываются на оси времени. Квакер будучи на оси времени, встречается с Бендером - весельчаком и балагуром, также являющимся создателем оси времени. Тем временем в 1990-х Джина и Скотт играют свадьбу, но не успев отъехать далеко на них нападают слуги Злыдня и похищают Джину, а сам Злыдень пытается похитить профессора но Джубили и прибывшая Шарда (сестра Квакера) а затем и остальные Люди Икс срывают его попытку.

Апокалипсис обещав корыстолюбивой сестре Лиландры помочь расправиться с Лиландрой и захватить трон, но Апокалипсис пришел за придворной пророчецой Шияра и исчез. Лиландра связалась с Ксавье и сообщила ему об этом. Ксавье догадался что Апокалипсису нужны экстрасеннсы и отправил Людей Икс защищать их. В это время на замок Уортингтон нападает бандитка-экстрасенс, Уоррен пытается ей помешать, но в итоге она оглушает и похищает ценности из замка, очнувшись он бросается в погоню. Он врывается на склад и завязывает с Псайлок бой, в это время появляются Саблезубый и Тень, которые пытаются похитить её. Росомаха и Шарда пытаются их оставить, но внезапно прибывший Магнит, завершает дело и уходит вместе с Сайлок. Тем времен Шторм и Гамбит присматривавшие за другим экстрасенсом прибывают на помощь Росомахе и Шарде, что помогает Злыдню похитить его. Саблезуб попадает в плен к Х-менам. А в 3999 году Бицепс с сыном Тайлером планируют захватить правительственную машину времени, чтобы уничтожить гробницу Лазаря в день завершения её строительства.

Бицепс проникает на машину времени и переносится в 90-е годы, не понимая почему. Ксавье убеждает его помочь им в борьбе против Апокалипсиса, на что, учитывая его цель, он соглашается. Росомаха допросил Саблезуба, и докладывает об этом профессору, тем временем Бицепс рассказывает о причине долголетия Апокалипсиса. Профессор проникает по настоянию Бицепса и Росомахи в мозг Саблезуба и узнаёт план Апокалипсиса, однако не может понять где он находится. Все вместе с Архангелом, кроме Джубили и Шарды отправляются в прошлое чтобы уничтожить гробницу Лазаря. Но прибыв на место, они попадают в ловушку, и, хотя, им удаётся проникнуть гробницу профессора похищают. В момент похищения Росомаха прыгает в портал и отправляется за ним.

Зверь и Бицепс узнают куда отправили профессора, благодаря устройству, которое профессора носил с собой предвидя похищение. Магнит просит Апокалипсиса рассказать о его плане, и тот соглашается. Придя в ужас от услышанного Магнит сомневается и предаёт Апокалисиса. Ему помогает Тень которая всё слышала и облатившись в одного из всадников Апокалипсиса, напала на Апокалипсиса. Магнит освобождает Росомаху прося его помочь, в срыве планов Апокалисиса. Тем временем ось уже начинает останавливаться, Квакер предположив что это обосновано синим поясов вокруг оси, начал стрелять в него, и тем самым сорвал план, освобождая пленников. Апокалисис нападает на Квакера. Росомаха нападает на Злыдня, он попадает в сферу управления временем и разрушает её. Разрушение сферы освобождает пленников и они останавливают Апокалисиса и забирают его вместе со всеми с оси времён.

Люди Икс готовятся к Рождеству, и Джубили, Гроза и Росомаха отправляются за покупками. По пути домой они сталкиваются с морлоками, угнавшими машину скорой помощи, и узнают, что Тритон тяжело болен. Росомаха, не надеясь на успех, отдает часть своей крови юному морлоку, и тот, в конце концов, выздоравливает. Гроза вновь передает все свои полномочия Калисто, и трое Людей Икс встречают Рождество вместе с обитателями подземелья.

Росомаха, до конца не оправившись после столкновения с Протеем, приезжает в Японию. Но и там неспокойно: рыбаки, некогда бывшие семьей Логана, вынуждены платить дань преступникам во главе с Серебряным Самураем. В конце концов, Логан поддерживает идею восстания, разжигаемую молодым рыбаком, и деревня дает обидчикам отпор.

На разумном китообразном существе Аканти на Землю прибывает раса странных существ-паразитов. Они пленят Росомаху, находившегося поблизости, но тому удается выбраться из Аканти и, добравшись до телефона-автомата, позвонить на базу и попросить о помощи. Тем временем, паразиты используют бывшего парня Шельмы Коди, дабы заманить её в ловушку. Они временно лишают девушку способности к энергопоглощению и осыпают спорами, способными превратить человека в одного из них — пришельцам нужны тела, способные к репродукции. Когда, помимо Шельмы и Коди, в плену у паразитов оказываются Гамбит, Гроза и Зверь, на выручку приходит Росомаха, излечившийся от спор. Он передает часть своей силы Шельме, и та также возвращает себе человеческий облик. Освободив остальных, они прорываются к выходу, но Аканти взлетает и покидает Землю; к счастью, Ксавье при помощи телепатии освобождает Аканти от контроля паразитов, и тот своим ревом нейтрализует паразитов, после чего возвращается в пустыню и выпускает мутантов.

Циклоп отправляется в гости к ученому Тейлору Прескотту, создавшему удаленную коммуну для мутантов, но по дороге его самолет сбивают, после чего Скотт теряет свою способность. В самом городке творится что-то странное: все жители запуганы, а новый знакомый Скотта, доктор Даррел Танака, отказывается отвечать на вопросы касательно Прескотта. Как выясняется, власть в поселении узурпировала троица алчных мутантов во главе с Соларром. Они пленили Прескотта, а жителей используют для добычи лично для них золота из рудника; Скотта же решено показательно убить на рассвете. Во время церемонии Скотт убеждает мутантов поднять восстание против Солара, а Танака с помощью своего дара лекаря возвращает Скотту утраченную способность. Вместе они побеждают узурпатора и освобождают ученого.

После ушиба психологическая защита Ксавье оказалась ослабленной и образовалась щель в астральной сфере, в которую Чарльз когда-то заточил Повелителя Теней (он же Призрак), в результате чего тот вырывается и завладевает телом профессора. Он мучает его, а также Джубили, Росомаху и Грозу кошмарами. Джине после нескольких неудачных попыток удаётся проникнуть в разум Ксавье и вместе с ним вступить в бой с Повелителем Теней, в ходе которого они побеждают и отправляют его обратно в астральную тюрьму.

По словам Чарльза, Повелитель Теней оказал ему услугу, заставив понять, зачем он создал команду Икс и возглавил борьбу за мирное сосуществование мутантов и людей.