Морлоки крадут у некой Леди с прозвищем «Рука Смерти» оружие, которое должно помочь им добыть сокровища, но терпят фиаско в бою с киборгами, которые пленят подземных мутантов. Под страхом смерти один из морлоков вызывает Росомаху в подземку, чтобы тот помог Руке Смерти, узнавшей про сокровища, пробить оболочку инопланетного корабля (где, как уверены все присутствующие в подземелье, и находятся сокровища); вслед за Логаном отправляются Гамбит и Джубили. В Руке Смерти Логан узнает свою бывшую возлюбленную Юрико, ставшую киборгом и считающую Росомаху виновником гибели её отца. Логан отказывается помогать ненавидящей его Юрико, но в драке последняя попадает в силовое поле корабля, и Логан повреждает его, пытаясь освободить Юрико, что ему удаётся. Стенка корабля разрывается, и наружу выбирается нечто ужасное…

Энерготарантул — существо, вышедшее из корабля и неуязвимое к земному оружию, — поглощает души киборгов, морлоков и Джубили. Росомаха, Юрико и Гамбит стараются сдержать врага и не дать тому выбраться на поверхность, заодно вызвав подмогу, но монстр заманивает мутантов в ловушку и высасывает душу и у Юрико. В это время прибывает остальная команда; после бесплодной схватки Гамбит и Росомаха заманивают монстра на рельс, находящийся под напряжением, и монстр взрывается, освобождая души своих пленников. Чарльзу же, исследующему корабль вместе с Хэнком, внезапно приходит странное видение...

Профессор отправляет своих учеников, кроме Грозы, на космодром с целью проникнуть на шаттл и отправиться вместо астронавтов на станцию Игл-1; Джубили же поручено задание отвлечь охрану. Люди Икс благополучно прибывают на станцию, но там их ждёт западня и отправляются в космос: Красный Эрик, эмиссар Шиарской гвардии, хочет использовать станцию землян для атаки корабля принцессы Ши’ара Лиландры. Лиландра похитила священный кристалл Эмкрон, который хочет заполучить её брат Дкен, но благодаря Джине этот план провалился. После уничтожения станции Люди Икс отправляются на Землю, но для этого они должны пролететь через плотное радиационное облако. Джина берёт задачу посадить корабль, в то время как вся команда укрывается в Солнечном зонде, защищённом от радиации. Во время прохождения через облако радиации Джина теряет сознание, а её тело охватывает пламя...

После приземления все считают Джину погибшей, но вдруг она взлетает из-под воды с криком «Я Феникс!» и теряет сознание; Джину отправляют в больницу. Тем временем профессор попадает под влияние Лиландры и случайно высвобождает свою темную сторону, которая нападает на Джубили и Логана; когда двойник нападает на Скотта, Феникс пробуждается и уничтожает противника. После Ксавье отправляется на остров Мюр, оставляя в качестве главного Циклопа. Внезапно в комнату профессора телепортируется Лиландра. Она объясняет Чарльзу, что Эмкрон не должен попасть в руки её брата, так как способен уничтожить обе галактики. В следующую минуту за принцессой приходит Джаггернаут…

Джаггернаут и Чёрный Том, будучи в сговоре с Красным Эриком, похищают Лиландру и осуществляют попытку убийства Ксавье. Профессора спасает Банши, после чего Ксавье связывается с Людьми Икс, которые они по предложению Росомахи и настоянию Циклопа прибывают на остров. Эрик пытается узнать у Лиландре о местонахождении кристалла, но принцесса связывается с профессором и указывает тому о месте своего пленения — фамильном замке Банши. Люди Икс прибывают в замок, и завязывается бой. В это время прилетает Гладиатор, который легко расправляется с Джаггернаутом, но забрать Лиландру ему мешает Феникс в обличье Джины…

Феникс отравляет Людей Икс на звёздный крейсер Лиландры, но по пути на него нападают пираты во главе с Корсаром — отцом Циклопа (о чем знает лишь Джина); пираты похищают кристалл и Скотта. При помощи Циклопа Корсар хочет уничтожить Дкена во время осуществления сделки, но и Дкен играет нечестно. Он натравливает на Корсара свой взвод, который успешно побеждают вовремя прибывшие Люди Икс. К несчастью, Дкену все же удается высвободить силу кристалла.

В Диком Мире успешно идет восстание против Птерикса, захватившего власть после ухода Злыдня. Ка-Зар настигает обессиленного узурпатора, но в последний момент того спасает Зеладейна, жрица бога Гарокка. Она сажает Птерикса, к тому моменту превратившемуся в Карла Лайкоса (его истинное обличье), в свой самолет и оправляет в США. Там Лайкоc, чтобы выжить, высасывает жизненную энергию у случайных прохожих, но, поглотив силы подвернувшегося под руку Росомахи, высвобождает Птерикса. Монстр выводит из строя Шельму и похищает Грозу, и вслед за ним отправляется команда Икс в лице Росомахи, Джубили, Шельмы и Зверя. Они встречают Ка-Зара и вместе с ним побеждают Птерикса, который вновь становится Лайкосом, но уже поздно: при помощи гипноза Птерикс лишил Грозу самоконтроля…

Чтобы усмирить разбушевавшуюся Грозу, Лайкос поглощает значительную часть её сил и снова принимает облик монстра. Придя в себя, Гроза вознамерилась уничтожить Гарока, что на руку последнему: каждый раз, когда «ведьма» использует свой дар, Гарокк становится сильнее. Он превращает значительную часть Дикого Мира в каменистую пустыню и, добравшись до вулканической гряды, возрождается в виде гиганта. Птерикс, в свою очередь, высасывает силы уже из самого Гарока, вследствие чего они уравниваются в размерах и вступают в бой. Оба монстра погибают, а Лайкос становится человеком уже навсегда.

Уоррен Уортингтон, превращенный Апокалипсисом в Архангела, считает, что нашёл ахиллесову пяту Апокалипсиса и теперь жаждет его уничтожить; он вызывает гиганта на бой. Люди Икс приходят на помощь. С помощью технологии Ши’ара они находят разумный корабль Апокалипсиса и с его помощью пытаются остановить врага. Зверю удаётся освободить искусственный интеллект корабля от власти Апокалипсиса, и корабль побеждает супермутанта, заключив его в капсулу и выбросив её в космос, после чего терпит крушение и тонет в бухте. Апокалипсис остановлен, но только на время…

Люди Икс находят Джину и возвращают домой, но, как оказалось, Феникс все ещё не покинул тела девушки. Мало того, он собирается свою новую оболочку для получения новых, неизведанных ранее ощущений. Это на руку элитному клубу мутантов, именующих себя Внутренним Кругом; Эмма Фрост и Джейсон Вингард, состоящие в клубе, похищают Джину и погружают в мир иллюзий, где Вингард притворяется её возлюбленным…

Люди Икс пытаются спасти Джину, но терпят поражение в бою со Внутренним Кругом, глава которого Себастьян Шоу делает Джину новой королевой Круга (вместо Эммы), а пленников намерен использовать в качестве подопытных кроликов. Но, сразив Скотта и Логана, Джина пробуждается от чар Вингарда и сбегает; остальным удается освободиться, и они разносят Внутренний Круг, члены которого успели рассориться между собой. Скотт нагоняет Джину на крыше здания, но тут в её обличье вновь просыпается Феникс. Он сходит с ума и, несколько видоизменив тело Джины, называет себя Темным Фениксом…

Люди Икс пытаются победить Темного Феникса, но все тщетно: он превосходит их по силе в сотни раз, тем не менее, не уничтожает ввиду телепатической связи Скотта и Джины. Темный Феникс покидает Землю и, столкнувшись с крейсером Ши’ара, на глазах у находящихся на том военных уничтожает целую планетную систему (впрочем, оказавшуюся и так безжизненной). Феникс возвращается на Землю и посещает родной дом Джины, где его уже поджидает команда. Зверь пробует подавить сознание врага, используя свой новый прибор, но тот оказывается бесполезен; тогда Ксавье проникает в подсознание Джины и пленит там Темного Феникса. Внезапно приземляется корабль Ши’ара. Из него выходит Лиландра и говорит Чарльзу, что, ради сохранения жизни во Вселенной, Темный Феникс должен умереть. Это значит, что и Джина тоже…

Чарльз вызывает Лиландру на дуэль, от которой по шиарским обычаям нельзя отказаться. Люди Икс оказываются на Луне, где начинают сражение с воинами Ши’ара; в разгар битвы пробуждается Темный Феникс, и Чарльз понимает, что Лиландра права и единственный выход — уничтожение врага. Императрица направляет на Джину-Феникса луч, и Джина погибает. Спустя некоторое время пробуждается Феникс, вернувший самообладание, и предлагает Людям Икс вернуть подругу к жизни, отдав ей часть жизненной энергии от каждого. Члены команды соглашаются.

Джубили ссорится с профессором, так как тот считает её слишком юной и во многом ограничивает; тем временем, бывший из Людей Икс Бобби Дрейк, более известный как Айсберг, нападает на секретные правительственные склады. Зверь, Циклоп и Росомаха ловят Бобби и доставляют его в школу Ксавье, пытаясь узнать причину нападения, но Бобби не говорит об этом никому, кроме Зверя. Джубили, подслушавшая их разговор, освобождает Айсберга и отправляется с ним на склады, но там попадают в засаду. Люди Икс отправляются вслед за нерадивой молодёжью, однако завязывается драка со странным отрядом под предводительством Форджа. После победы и перемирия, они возвращаются в школу. Джубили уговаривает Бобби остаться, но он уходит.

На базу Людей Икс поступает сообщение от капитана Ши’ара, предупредившего о том, что к Земле летит Корсар. По словам капитана, он совершил особо тяжкое преступление и похитил свидетельницу, которая, возможно, уже мертва. Циклоп и Гроза спасают Корсара, чей корабль упал в водоем, и Скотт случайно узнает о своем родстве с Корсаром; он просит капитана не торопиться с передачей преступника, но корабль Ши’ара внезапно открывает огонь по троице. Спасаясь от преследования, Скотт меняет мнение насчет отца и сдает его Ши’ару, после чего оказывается в энергетической ловушке. В это время Грозу отлавливают Рейдеры, крайне возмущенные поступком Скотта по отношению к собственному отцу; они приносят пленницу на свою базу, где находится та самая свидетельница — живая и невредимая. Как оказалось, капитан был нанят неким лордом Чемберленом, чье преступление было приписано Корсару. Но помощница капитана, будучи в сговоре с Корсаром, освобождает Саммерсов, и тем удается задержать злоумышленников. В конце концов, Корсар соглашается погостить некоторое время на Земле, где так давно не был.

Джаггернаут поднимается со дна залива, куда его бросил Гладиатор. Он вновь жаждет мести и, добравшись до базы Икс, начинает крушить её с целью убить сводного брата. В это время некий молодой ученый находит рубин Цитторак и скрижаль, некогда давшие силу самому Джаггернауту, и, прочитав текст скрижали, забирает у злодея силу; тот вновь превращается в Кейна Марко, попадает под завал и оказывается при смерти. Чарльз пытается спасти сводного брата, для чего погружается в разум последнего, но узнает многие неприятные для себя воспоминания из детства Кейна. Тем временем, Циклоп и Росомаха вопреки своей воли находят нового Джаггернаута и похищают у него рубин, с помощью которого Кейн возвращает себе привычное обличье. Он говорит, что ничего не изменилось и что он по прежнему будет добиваться смерти Чарльза, но, тем не менее, уходит без боя. Чарльз понимает это как своеобразное выражение благодарности.

Росомаха, Гамбит и Шельма отправляются на горнолыжный курорт, где жители пытаются поймать некоего демона. Троица попадает под обвал и находит пристанище в местном монастыре. Ночью один из монахов, брат Рейнхард, совершает покушение на спящего Гамбита, но сбегает, когда в келью заходит Шельма. Девушка преследует неприятеля и случайно натыкается на «демона» — бывшего циркача Курта Вагнера, сына Мистик; как выясняется, он один из монахов. Узнав о том, что именно его горожане считают демоном, Рейнхард натравливает людей на монастырь, который вследствие непродолжительного сражения мутантов и людей сгорает. Когда Курт спасает Рейнхарда на глазах у всех, отношение к нему меняется в лучшую сторону. Рейнхард раскаивается, а к Логану возвращается вера в Бога.

Росомахе по почте приходят некие фотографии, от которых тот начинает сходить с ума. Он и последовавший за ним Хэнк попадают в ту самую лабораторию, где Росомахе вживили адамантин, где сталкиваются с Саблезубым. Разъяренный Логан вступает с ним в драку, считая, что из-за Саблезубого их друзья Странник и Лиса погибли от рук Омеги, но те также объявляются в лаборатории. Выясняется, что ученые программировали разум всех четверых мутантов, вживляя им ложные воспоминания, чтобы в определенный момент использовать подопытных в качестве убийц-марионеток…