Suite à un contentieux, les Morlocks sont attaqués et neutralisés par lady Deathstrike et les Reavers. Rapidement, Yuriko et ses mercenaires-Cyborgs tombent sur la découverte des Paria mutant : un vaisseau spatial caché sous les égouts. Et la seule façon de l'ouvrir est d'avoir une arme en adamantium.

La créature d'énergie est libérée par Serval et s'avère très coriace. Elle parvient à neutraliser les Reavers, Jubilée puis les Morlocks en absorbant leur énergie vitale. Serval tente tant bien que mal de combattre la chose. Pendant ce temps, le professeur Xavier rassemble les X-Men et espère trouver une solution dans le vaisseau-prison.

Le professeur X est troublé dans son sommeil par une liaison psychique venant de l'espace. Xavier décide d'envoyer les X-Men remplacer un équipage de la NASA en partance pour une station orbitale. Sur place, Cyclope, Jean Grey, Serval, le Fauve et Gambit doivent faire face à un adversaire qui se surnomme Eric le Rouge.

La navette des X-Men amerrie dans le port de Manhattan et Jean Grey s'élève un cours instant au dessus des eaux au milieu des flammes avant de perdre connaissance. Alors que Scott reste avec Jean à l'hôpital, le professeur est habité et enbrumé par un esprit second. Possédé, il se met à attaquer psychiquement les autres membre de l'équipe un à un.

Sur l'île de Muir, Lilandra et Xavier sont à peine face à face que le Fléau et Black Tom Cassidy kidnappent la princesse Shi'ar. Le professeur fait venir les X-Men pour délivrer la belle extraterrestre avec l'aide du Hurleur.

Après avoir vaincu Gladiator, Jean Grey/Phoenix transporte les X-Men et Lilandra dans le vaisseau Shi'ar de la princesse qui contient le cristal M'Kraan. Le Phoenix a à peine le temps de récupérer son énergie que leur vaisseau est attaqué par les Starjammers. Ces pirates de l'espace sont menés par un humain surnommé Corsaire, de son vrai nom Christopher Summers.

L'empereur D'Ken fusionne avec le cristal M'Kraan. Le Phoenix, les X-Men, les Starjammers et la Garde Impériale Shi'ar doivent s'allier pour vaincre l'entité surpuissante et improbable née de la fusion entre l'ex-empereur Shi'ar et la pierre maléfique. Sur Terre, les autres héros tentent de sauver un maximum de vies du climat et des éléments déchainés.

Sauron doit absorber l’énergie de mutants pour vivre. Zaladane, une prêtresse du dieu Garokk, dit à Sauron de quitter la terre sauvage et d’absorber la vie de mutants dans le monde.

Les X-Men affrontent les éléments déchaînés par Tornade aux ordres de Zaladane. Les éléments renforcent le dieu Garokk qui revient à la vie. Tornade redevient elle-même. Garrok était très fort, mais il fut mis dans une prison de pierre durant des années. Quand les X-Men sont venus, ils ont dégagé de l’énergie pour le libérer peu à peu. C’est Garokk qui avait manipulé Sauron pour qu’il pousse Xavier à amener les X-Men sur l’île. Garokk devient plus fort, mais Sauron le jalouse et l’affronte. Garokk repart dans sa prison. Sauron redevient Lykos.

Warren Worthington, l'Archange, cherche le moyen de combattre et détruire Apocalypse. Sa vendetta personnelle le dévore au point qu'il se mette en danger lui et les personnes aux alentours. Après une énième défaite, Warren est recueilli par les X-Men et le Fauve pense connaître la solution : le propre vaisseau d'Apocalypse.

Xavier et Moira soignent Jean Grey qui revient vivre avec ses amis (On ne sait pas quand elle est revenue). Donald Pierce drague Dazzler pour le Club des Damnés, elle refuse. Au Club, Emma Frost propose de recruter Jean Grey. Elle connaît son histoire car elle a piraté les informations de Xavier. Wyngarde manipule l’esprit de Jean pour qu’elle rejoigne son groupe et oublie les X-Men.

Scott dit au Phénix qu’il aime Jean, cette dernière reprend brièvement le contrôle pour lui dire qu’elle l’aime aussi. Elle déploie ses pouvoirs, Uatu, Thor et Strange sentent sa force.

Xavier propose un combat : les X-Men contre la garde impériale. Pendant le combat, Jean redevient le Phénix. Jean demande à Scott de la tuer, il refuse. Lilandra tue Jean. Le Phénix propose aux X-Men de ressusciter Jean en échange d’un peu de la vie de chacun, ils acceptent. Jean revient à la vie.

Durant cet épisode, on voit plusieurs puissances de l’univers, comme l’Intelligence Suprême (Empire Kree), Impératrice R’Klll (Empire Skrull).

Iceman a attaqué une propriété fédérale. Iceman était un des premiers X-Men qui a quitté le groupe (avant l’arrivée de Wolverine). Scott ne l’aime pas. Bobby a été le deuxième X-Man à intégrer le groupe à 16 ans. En mission, Lorna, la fille qu’il aimait, a été blessée alors il a quitté le groupe avec elle.

Le vaisseau des Starjammers est poursuivi et abattu par un officiel Shi'ar. Corsaire se réfugie auprès de Cyclope et de Tornade à l'Institut Xavier et lui apprend qu'il est son père et cela provoque le courroux de Scott. Le chef des Starjammers raconte son histoire et essaye de regagner la confiance de son fils en colère

Un petit archéologue sans envergure perce les secrets de la pierre de Cytorak et s'empare des pouvoir du Fléau. Privé de ses pouvoirs, Cain Marko se retrouve entre la vie et la mort et Charles Xavier envoie Cyclope et Serval récupérer la pierre magique et compte bien sauver son demi-frère, malgré les protestations de ses disciples.

Durant leurs vacances en Allemagne, Wolverine, Gambit et Malicia enquêtent dans un monastère sur une créature dont les gens ont peur. La créature est le mutant Diablo qui vit au monastère. Il fut abandonné à la naissance.

A cryptic postcard unleashes a flood of maddening and painful memories in Wolverine that threaten to drive him insane. To keep his mind from being torn apart, Wolverine and Beast travel to the one location that may hold the answers to his hidden past: the ruins of the top-secret Weapon X lab where Wolverine's bones were laced with adamantium. There he encounters other former 'test subjects'—Sabretooth, Maverick and Silver Fox—who are suffering similar mental breakdowns. Later they find out that many of their memories were implanted, and their true memories are destroyed with the lab.