האקס-מן נחלצים לעזרתה של נערה מוטאנטית שנרדפת ע"י זקיפים. הם מגלים כי הם חלק מתוכנית ממשלתית לסימון ולכידת מוטאנטים, ועל כן מחליטים להשמיד את כל המידע שברשותם.

בעת פריצה למפקדת הסוכנות לבקרה על מוטאנטים, האקס-מן מנסים להשמיד קבצי הרישום על מוטאנטים, הם מאבדים שניים מחבריהם אל מול הזקיפים, אך זוכים לחברה חדשה.

כשחיה ניצב בבית-המשפט בפני ציבור שונא מוטאנטים, האקס-מן פוגשים ביריב של וולברין. מגנטו, חבר ותיק של פרופ' אקסבייר, תוקף בסיס צבאי בניסיון לאחד את המוטאנטים נגד האנושות.

כוחות איתנים מתנגשים כשמגנטו ופרופסור אקסבייר עומדים פנים אל פנים בפעם הראשונה מזה שנים בתוך מפעל העומד להתפוצץ, בעוד וולברין ושן-חרב נלחמים בתוך האחוזה.

וולברין חייב להתגבר על רגשותיו כלפי ג'ין, וסופה חייבת להתגבר על הקלסטרופוביה המשתקת שלה, כאשר הצוות יורד אל הביבים כדי להציל את ג'ין גריי וציקלופ מגזע של מוטאנטים מעוותים.

לאחר שעזב את האקס-מן כדי לחפש שלווה באזור הארקטי, וולברין מוצא את עצמו נלחם בשן-חרב. סופה, גמביט וג'ובילי חוקרים אתר נופש שמקבל אליו מוטאנטים ונראה טוב מכדי להיות אמיתי.

גמביט, סופה וג'ובילי, יחד עם מוטאנטים אחרים, הופכים לעבדים בכפייה על אי הנופש גנושה ונאלצים לבנות מקור כוח למפעל הזקיפים. הם מקבלים סיוע בבריחה משכיר חרב מסתורי בשם "קייבל".

האקס-מן חוזרים מגנושה ומוצאים את הבית הרוס ומגלים שפרופסור אקסבייר נעדר. החשד נופל על מוטאנט בשם "קולוסוס", אבל האשם האמיתי מתגלה כמישהו אנושי יותר וקשוח הרבה יותר.

רוג מואסת בחייה כמוטאנטית ויוצאת לחפש אחר מדען הטוען שהוא מסוגל "לרפא" כל מוטאנט מנטל כוחותיו. אך היא לא מודעת לכך שהוא, וכך גם ההליך שלו, הם לא מה שהם נראים.

מוטאנט עתיק יומין ובעל עוצמה הידוע בשם "אפוקליפסה", יוצר את ארבעת פרשי האפוקליפסה: מלחמה, רעב, מגפה ו-מוות, כדי לסייע בהבאת עולם חדש שבו ישרדו רק החזקים ביותר.

מוטאנט מהעתיד בשם בישופ מגיע להווה כדי לשנות את ההיסטוריה ולמנוע התנקשות של חבר אקס-מן. כל זאת, בלי מידע מדויק על המשימה ובעודו נרדף על ידי זן עתידי של זקיפים.

בעודם מודעים להתנקשות הממשמשת ובאה אשר תיצור עתיד קטסטרופלי, האקס-מן חייבים להתמודד עם איומים; הן מחוץ והן מבית בתוך הצוות כדי למצוא את המתנקש האמיתי.

הסנאטור קלי נקלע למשחקי כוחות בין מטרתו של מגנטו לעליונות מוטאנטית, חלום האקס-מן לשיתוף פעולה ושלום בין מוטאנטים לבני-אדם, לבין מטרות הזקיפים לשלוט בעולם.