I normali esseri umani sono costretti a convivere con i mutanti, ovvero uomini dotati di poteri paranormali. Jubilation Lee, soprannominata Jubilee, è una giovane ragazza che si rende conto di essere una mutante, avendo il potere di far esplodere gli oggetti con cui entra in contatto. La ragazza viene improvvisamente attaccata da un gruppo di enormi robot, le Sentinelle, che tentano di rapirla. Viene tuttavia salvata da altri mutanti, chiamati X-Men, che convivono in una scuola per persone come loro. La squadra è composta da Ciclope, Tempesta, Wolverine, Bestia, Morph, Gambit, Rogue e Jean Grey, mentre il loro mentore è Xavier, noto come Professor X. Xavier indaga sui robot, scoprendo che la cosiddetta Agenzia per il controllo dei mutanti è in possesso di alcune informazioni riservate sui mutanti, perciò manda i suoi allievi sul posto per distruggere tali informazioni. Nel frattempo Jubilee viene rapita da coloro che comandano le Sentinelle.

Mentre Jubilee viene interrogata da un certo Gyrich, gli X-Men riescono nel loro intento di distruggere le informazioni, ma vengono attaccati da alcune sentinelle, e così Bestia viene catturato e in seguito imprigionato, mentre Morph viene colpito da una sentinelle, e Xavier e Jean, grazie ai loro poteri telepatici, concludono che sia morto. Di ritorno dalla sfortunata missione, sono tutti costernati per l'accaduto, tanto che Wolverine finisce per infuriarsi con Ciclope, essendo quest'ultimo il comandante della missione. Gyrich tenta di risolvere la situazione mettendosi in contatto telefonico coi genitori adottivi di Jubilee che però scoprono la verità sull'accaduto parlando con Ciclope. Intanto la ragazza riesce a liberarsi utilizzando i suoi poteri e facendosi aiutare dagli X-Men. In seguito all'accaduto, Jubilee decide di lasciare casa sua per trasferirsi alla scuola per mutanti di Xavier.

In passato il Prof. X lavorava in un ospedale assieme a Magnus, un mutante in grado di attirare a sé i metalli. Dopo un attacco, Magnus, avendo perso la propria famiglia proprio durante questa guerra, perde le staffe. Successivamente è diventato un criminale, facendosi chiamare Magneto, e ha cominciato a impegnarsi per creare un mondo dominato dai mutanti governato da lui. Magneto tenta di liberare Bestia dalla sua prigionia, ma lui non vuole seguirlo in quanto ritiene che, tramite un processo, oltre ad ottenere la libertà possa far capire al mondo che i mutanti sono da considerarsi come tutti gli altri. Al processo Bestia non ha però successo. In tribunale si presenta poi un enorme mutante violento di nome Sabretooth, che Wolverine conosce e odia per motivi legati al passato. Il mutante viene portato alla base degli X-Men, dove il Prof. X tenta di curarlo. Più tardi gli X-Men sventano un attentato di Magneto a una base missilistica, ma il loro nemico è pronto ad attaccare di nuovo.

Magneto attacca una fabbrica di prodotti chimici con l'intento di attirare l'attenzione di Xavier. Quest'ultimo passa al contrattacco, lasciando Jubilee alla base in modo che si occupi di Sabretooth, che per sicurezza viene tenuto ammanettato. Mentre gli X-Men riescono temporaneamente a vincere su Magneto, Sabretooth riesce a farsi liberare da Jubilee ingannandola. Si scopre allora che il mutante era in realtà stato mandato da Magneto, e successivamente il suddetto scappa.

Wolverine se ne va tra i ghiacci del Mar Glaciale Artico, dove però incontra Sabretooth, che lo fa finire in acqua. Viene salvato da un gruppo di inuit col quale inizia a convivere, ottenendo un grosso successo viste le sue abilità lavorative. Questo farà ingelosire Kiywok, un inuit che in precedenza veniva elogiato al posto di Wolverine e che ora viene invece deriso. Kiywok incontra Sabretooth, che si offre di aiutarlo a sbarazzarsi del suo avversario.

A Genosha i mutanti, che sono stati rapiti da Trask, un complice di Gyrich, vengono mandati ai lavori forzati e viene dato loro un collare che, a comando, può annullare i loro poteri. Gambit riesce a fuggire e incontra Cable, un mercenario nemico di uno dei complici del rapimento di mutanti, noto come Leader. Gambit riesce a liberare Tempesta, Jubilee e gli altri prigionieri, e successivamente Tempesta fa crollare una diga che provoca la distruzione di tutte le sentinelle vicine. Gli X-Men tornano alla scuola per mutanti assieme ai loro compagni, che erano venuti ad aiutarli, trovando però l'edificio distrutto.

Dopo essersi accertati che il Professor X stia bene, avendo scoperto che è partito per un viaggio, gli X-Men indagano su cosa possa aver distrutto l'edificio. È così che hanno modo di conoscere Colosso, un mutante in grado di trasformare il proprio corpo in metallo, divenendo sostanzialmente indistruttibile. Wolverine tuttavia si accerta del fatto che non sia stato lui il responsabile della distruzione della scuola. Il vero colpevole infatti è Fenomeno, l'enorme e malvagio fratello di Xavier, dotato di una forza sovrumana e di un casco che lo protegge dai poteri telepatici. Il gruppo di mutanti, aiutato da Colosso, riesce a togliergli il casco, così Jean riesce a fargli temporaneamente perdere la memoria, facendolo andare via. Colosso aiuta poi gli X-Men a ricostruire la scuola per mutanti.

Cable giunge alla villa di Warren Worthington III, un ricco mutante dotato di un paio di ali da angelo, sapendo che lì dovrebbe trovarsi un tale dottor Gottfried Adler, scoprendo però che in realtà il suddetto è andato nell'isola di Muir, in Scozia. È proprio in quell'isola che si trova Xavier, avendo scoperto che Adler, a quanto pare, sarebbe riuscito a trovare una "cura" per far trasformare i mutanti in comuni esseri umani.

Warren Worthington III decide di sottoporsi alla cura per perdere i propri poteri, divenendo uno schiavo di Apocalisse, cambiando nome in Arcangelo. L'obiettivo di Apocalisse è quello di distruggere il mondo così da farlo rinascere, e per fare ciò, utilizzando la "cura", crea quattro mutanti, i Cavalieri di Apocalisse, ovvero Carestia, Pestilenza, Guerra e Morte (quest'ultimo altri non è che Arcangelo). Durante una conferenza sulla pace Apocalisse si presenta al mondo e i Cavalieri comincino il loro attacco, finendo per scontrarsi con gli X-Men. Durante la battaglia Rogue riesce a toccare Arcangelo, prendendo la sua energia e facendolo tornare in sé. Il suddetto si allea quindi con gli X-Men e, visto l'accaduto, Apocalisse decide di interrompere l'attacco e va via con un'astronave assieme ai rimanenti tre cavalieri.

Nel 2055 la Terra si trova in una situazione post apocalittica, dato che ci sono stati diversi scontri armati, durante i quali sono morti tutti gli X-Men tranne Wolverine. Quest'ultimo vuole tornare negli anni '90 tramite un trasmettitore temporale per poter impedire che avvenga un non meglio precisato assassinio, che sarebbe stato ciò che ha portato il mondo ad essere così. Essendo però piuttosto anziano, il mutante Alfiere decide di andarci al posto suo. Al momento del trasporto viene però colpito dal robot Nimrod, finendo così per perdere parzialmente la memoria. Essa gli ritorna pian piano, ma non riesce tuttavia a ricordare né chi fosse l'assassinato, né l'assassino, se non che quest'ultimo fosse un X-Men. Arrivato da loro inizialmente li attacca, ma viene fermato. A quel punto il Professor X, tramite i suoi poteri telepatici, riesce a capire il motivo per cui si trova lì. Appena Gambit, che si trovava altrove, torna alla base degli X-Men, Alfiere lo riconosce come l'assassino.

Alfiere spiega che a seguito dell'assassinio, avvenuto a Washington, i mutanti verranno presi di mira e messi sotto controllo, producendo delle sentinelle. Questo darà il via a un degrado totale che porterà a scontri armati e reclusioni in campi di concentramento, fino a quando le sentinelle cominceranno ad attaccare anche i comuni esseri umani. Gli X-Men vanno a Washington, dato che il Professor X deve partecipare a una commissione del senato riguardo ai mutanti e, onde evitare guai, Gambit e Alfiere rimangono alla base, assieme a Wolverine. L'edificio della commissione viene però attaccato dai mutanti Pyro, Valanga e Blob, mentre Mystica, loro compare, prende le sembianze di Gambit con l'intenzione di uccidere il senatore Robert Kelly, candidato alle elezioni per diventare presidente degli Stati Uniti, ma il vero Gambit, scappato dalla base, arriva e la ferma.

Kelly è stato rapito da Magneto, che vuole ucciderlo proprio per dar via alla famigerata insurrezione che, a parer suo, avrebbe potuto dare inizio a un mondo dominato dai mutanti, tuttavia le sentinelle lo attaccano e salvano il senatore. Questo viene portato da Trask, che gli fa promettere di firmare un decreto che consenta alle sentinelle di controllare i mutanti, ma i robot cominciano a ribellarsi contro di lui e a smettere di eseguire i suoi ordini.