X-Meni se vloupali do sídla Agentury pro kontrolu mutantů, aby zničili registrační soubory mutantů, ale narazí na Sentinely.

Přímé pokračování předchozího dílu.

Magneto, starý přítel, který se stal nepřítelem profesora Xaviera, zaútočí na vojenskou základnu ve snaze sjednotit mutanty proti lidstvu.

Magneto a profesor Xavier se poprvé po letech střetnou tváří v tvář uprostřed explodující továrny, zatímco Sabretooth a Wolverine se střetnou v sídle.

Wolverine musí překonat svou ochromující klaustrofobii, když se s týmem vydá do stoky, aby zachránil Jean Grayovou a Cyclopse před rasou příšerně zdeformovaných mutantů známých jako Morlockové.

Storm, Gambit a Jubilee vyšetřují ostrovní letovisko, které vítá mutanty, ale zdá se být příliš dobré, aby to byla pravda.

Gambit, Storm a Jubilee se spolu s dalšími mutanty stávají otrockou prací v ostrovním letovisku Genosha, kde jsou nuceni pomáhat stavět nový zdroj energie pro továrnu Sentinelů. Při útěku jim pomáhá tajemný žoldák jménem Cable.

X-Meni se vracejí z Genoshi, ale najdou domov zničený a profesor Xavier se pohřešuje. Mají podezření na supersilného ruského mutanta jménem Colossus, ale skutečným viníkem je někdo lidštější, mnohem tvrdší a s hlubšími vazbami na profesora.

Rogue hledá vědce, který tvrdí, že je schopen „vyléčit“ každého mutanta z jejich schopností.

Starověký a nesmírně mocný mutant, známý jako Apocalypse, vytváří čtyři jezdce, aby pomohli nastolit nový svět, kde vládne přežití těch nejschopnějších.

X-Meni, vědomi si blížícího se atentátu, který vytvoří katastrofickou budoucnost, se musí vypořádat s hrozbami zvenčí i uvnitř svého týmu.

Prominentní antimutant a senátor Kelly musí rozhodnout mezi Magnetovým cílem mutantní převahy a snem X-Menů o mírovém soužití mezi mutanty a lidmi.