หมอคนหนึ่งอ้างว่าเขาได้ค้นพบวิธีการรักษายีนของมนุษย์กลายพันธุ์ได้แล้ว

อะพอคาลิปส์เปลี่ยนมนุษย์กลายพันธุ์ให้เป็นจตุรอาชาเพื่อให้มาช่วยทำลายโลก

บิชอปเดินทางจากปี 2055 มายังปัจจุบันเพื่อหยุดโรคระบาด เพราะเขาต้านไวรัสได้ แอนตี้บอดี้จึงไม่ถูกสร้างขึ้น

เคเบิลเดินทางมายังปัจจุบันเพื่อหยุดบิชอปและช่วยโลกอนาคตของเขาด้วย หลังจากตรวจสอบประวัติของพวกเอ็กซ์-เม็นแล้ว เขาก็เห็นว่าใช้พลังจากวูล์ฟเวอรีนได้

อาร์คแองเจิลหมกมุ่นกับการกำจัดอะพอคคาลิปส์ เหล่าเอ็กซ์เม็นกักอะพอคคาลิปส์ไว้ในสนามพลัง จากนั้นสร้างกระสวยและส่งออกไปในอวกาศ

ปี 3999 อะพอคคาลิปส์ขโมยเครื่องข้ามเวลาของเคเบิลแต่กลับตกลงไปในแกนของห้วงเวลา เขาจ้างให้มิสเตอร์ซินิสเตอร์ลักพาตัวผู้มีพลังจิตทั้งหมดมา

อะพอคคาลิปส์จับตัวไซล็อค, จีน เกรย์และศาสตราจารย์เอ็กซ์ไป ส่วนบิชอปติดอยู่ในแกนของห้วงเวลาเช่นกัน ด้านเคเบิลและลูกชายบุกเข้าไปในฐานของรัฐบาล

เคเบิลและทีมเดินทางไปยังช่วงเวลาของกรุงไคโรยุคโบราณเพื่อทำลายห้องลาซารัสของอะพอคคาลิปส์ ส่วนอะพอคคาลิปส์ตั้งใจจะใช้ผู้มีพลังจิตเพื่อสร้างจักรวาลใหม่

เมื่อแผนของอะพอคคาลิปส์เป็นที่รู้กัน คนในกลุ่มจึงร่วมมือกับเอ็กซ์เม็นเพื่อหยุดยั้ง และผู้มีพลังจิตเคลื่อนย้ายอะพอคคาลิปส์ไปยังโลกที่มีการถอดจิตสำเร็จ