На разумном китообразном существе Аканти на Землю прибывает раса странных существ-паразитов. Они пленят Росомаху, находившегося поблизости, но тому удается выбраться из Аканти и, добравшись до телефона-автомата, позвонить на базу и попросить о помощи. Тем временем, паразиты используют бывшего парня Шельмы Коди, дабы заманить её в ловушку. Они временно лишают девушку способности к энергопоглощению и осыпают спорами, способными превратить человека в одного из них — пришельцам нужны тела, способные к репродукции. Когда, помимо Шельмы и Коди, в плену у паразитов оказываются Гамбит, Гроза и Зверь, на выручку приходит Росомаха, излечившийся от спор. Он передает часть своей силы Шельме, и та также возвращает себе человеческий облик. Освободив остальных, они прорываются к выходу, но Аканти взлетает и покидает Землю; к счастью, Ксавье при помощи телепатии освобождает Аканти от контроля паразитов, и тот своим ревом нейтрализует паразитов, после чего возвращается в пустыню и выпускает мутантов.

Американские военные находят Омегу Реда в горах Кавказа и размораживают его для того, чтобы он помог поднять советскую субмарину со дна Тихого океана и отправил её в порт на Гавайях. Омега соглашается, при условии, что с ним поедут Гроза и Росомаха — его давние враги. Омега запускает подлодку и начинает подниматься. Командиры приказывают ему отправить подлодку в порт, но Омега намеревается запустить ракеты, загодя направленные им на крупнейшие города мира...

Магнит за счёт своей силы и учёных мутантов построил астероид "М" для мутантов, и, предупредив правительства всех стран, начинает собирать мутантов и увозить их на астероид. Ксавье, Гамбит и Зверь решают присоединиться к Магниту и переговорить с тем, ибо люди всего мира считают астероид с мутантами угрозой. Когда Магнит и остальные прибывают на Геношу за тамошними мутантами, охрана острова атакует пришельцев, и в результате битвы Магнит теряет много сил. Радикально настроенный мутант Фабьен Кортес помогает ему подкачать силы за счет своих способностей, и уже после прибытия на астероид старается быть все время рядом с Эриком. После того, как Эрику удается уничтожить ракеты, направленные с Земли, он узнает, что без его ведома был совершен удар по людям, и понимает, что виной всему Кортес; он пытается застать психопата врасплох, но Кортес откачивает из Магнита слишком много сил и выпускает того в капсуле на орбиту. Вызвав всех мутантов к месту преступления, он обвиняет в убийстве Магнита Людей Икс...

Чарльз, Зверь и группа людей, находившихся на астероиде в качестве гостей, вынуждены сбежать, Гамбит же остаётся прикрывать их и попадает в плен. Кортес требует от Гамбита признать свою причастность к этому, но, не добившись признания, отправляет его в камеру; тем временем, профессор, Шельма, Росомаха и Зверь поминают якобы погибшего Магнита и вновь отправляются на астероид. К Гамбиту в камеру проникает Амелия (бывшая возлюбленная профессора) и просить признать его вину за гибель Магнита, однако Гамбит говорит ей, что этого не делал, и озадачивает её тем, что Кортес был первым, кто добрался до каюты Магнита, несмотря на то, что его комната находится на другом конце астероида. Не обнаружив записей о происходившем в то время в каюте Магнита, она хитростью выманивает Кортеса из его каюты и обнаруживает запись убийства Магнита. Переделав и оснастив космическими технологиями Ши’ара свой самолёт, Шельма, Зверь и профессор отправляются остановить Кортеса. Зверь пытается деактивировать ядерные ракеты, но не успевает управиться и с 20%, когда Кортес их запускает. Внезапно появляется Магнит, восполнивший свои силы при помощи магнитного поля Земли, и уничтожает ракеты, а затем и астероид "М" вместе с Кортесом, которого оставил там. Но злодея спасают Апокалипсис и Птица Смерти.

После ушиба психологическая защита Ксавье оказалась ослабленной и образовалась щель в астральной сфере, в которую Чарльз когда-то заточил Повелителя Теней (он же Призрак), в результате чего тот вырывается и завладевает телом профессора. Он мучает его, а также Джубили, Росомаху и Грозу кошмарами. Джине после нескольких неудачных попыток удаётся проникнуть в разум Ксавье и вместе с ним вступить в бой с Повелителем Теней, в ходе которого они побеждают и отправляют его обратно в астральную тюрьму.

По словам Чарльза, Повелитель Теней оказал ему услугу, заставив понять, зачем он создал команду Икс и возглавил борьбу за мирное сосуществование мутантов и людей.

Мойра излечивает Морфа, и тот решает вернуться в команду. В это же время Форм-Мастер, от которого осталась лишь голова, силами подчиненных ему Стражей похищает особый материал, обладающий особой прочностью и способный сделать Стражей неуязвимыми. Позднее Форм-Мастер отдает приказ похитить Ксавье, а также Гайрика и Траска; когда Стражи нападают на школу мутантов, Морфа охватывает паника, в результате чего он не сумел защитить профессора. Морф остается на базе, когда остальные отправляются спасать Ксавье, но через некоторое время побеждает внутренних демонов и прибывает друзьям на подмогу. Ему удается уничтожить Форм-Мастера, сбив висевший над ним сталактит, но, в конце концов, Морф решает пока не спешить с возвращением, так как он пока недостаточно здоров психически, и улетает.

Циклоп отправляется в гости к ученому Тейлору Прескотту, создавшему удаленную коммуну для мутантов, но по дороге его самолет сбивают, после чего Скотт теряет свою способность. В самом городке творится что-то странное: все жители запуганы, а новый знакомый Скотта, доктор Даррел Танака, отказывается отвечать на вопросы касательно Прескотта. Как выясняется, власть в поселении узурпировала троица алчных мутантов во главе с Соларром. Они пленили Прескотта, а жителей используют для добычи лично для них золота из рудника; Скотта же решено показательно убить на рассвете. Во время церемонии Скотт убеждает мутантов поднять восстание против Солара, а Танака с помощью своего дара лекаря возвращает Скотту утраченную способность. Вместе они побеждают узурпатора и освобождают ученого.

Профессор, Гроза и Росомаха прогуливаются на поляне возле школы, как вдруг возникает мощнейшая вспышка, предвещающая смещение времени, и профессор исчезает. Гроза и Росомаха оказываются в разрываемом войной мире, где армия мутантов во главе с Магнитом ведёт войну против людей; в этой реальности они обручены и не помнят ничего до того, как время изменилось. Квакер и его сестра Шарда оправляются с 2055 года в 90-е, но застают уже новое будущее. Они встречаются с Грозой и Росомахой и говорят о спасении Чарльза Ксавье от мутанта Фицроя, который предал мутантов и отправился в 1959 год, с его дружком Каплуном и стражем Нимродом, чтобы убить Ксавье. Гроза и Росомаха соглашаются помочь и отправляются с Квакером и Шардой в 1959 год, чтобы спасти будущего профессора, но терпят неудачу: он был подорван в собственной лаборатории...

Потерпев крах, мутанты отправляются в 2055 год к Форджу, чтобы тот снова отправил их обратно в прошлое ещё до взрыва бомбы. Однако будущее уже изменилось, и Фордж-киборг является слугой Форм-Мастера. Фордж бьёт тревогу, в и зал с порталом врываются Каратели, но Шарде удаётся убедить киборга помочь им. Во время сражения с Карателями портал был повреждён, и Форж принялся его чинить; параллельно с этим Фицрой и Каплун демонстрируют Форм-Мастеру результаты своей работы. Тот приказывает им остановить мятежников и уничтожить портал, дабы не допустить спасения Ксавье; Нимроду же Форм-Мастер поручает убрать после завершения операции Фицроя и Каплуна, о чём те узнают из-за двери. Они помогают остальным в борьбе со стражами, и все, кроме Шарды, проходят через портал. В прошлом им удаётся настичь Ксавье в его гимназии, но внезапно появившийся Фицрой кидает им бомбу и блокирует все пути для отступления; тогда Квакер показывает запись обращения самого Фицроя из будущего, в которой он предостерегает самого себя. Одумавшись, Фицрой убирает поле и Росомаха выкидывает бомбу в окно. Профессор спасен, и всё становится на свои места.

Мойра Мактаггерт занимается лечением своего сына-мутанта Кевина (он же Протей), способного временно искажать реальность и вселяться в других людей. Внезапно Протей, с рождения живший в пределах лаборатории, вырывается наружу и познает неведанный доселе мир. Мойра обращается за помощью к Чарльзу, и тот вместе со Зверем, Шельмой и Росомахой отправляется на остров Мьюр. Протею удается покинуть остров, и он начинает сеять хаос на улицах города. Столкнувшись с Людьми Икс, мальчик искажает Логана, чем наносит последнему очередную психическую травму, и отправляется на поиски отца — ныне перспективного политика Джо Мактаггерта…

Люди Икс обращаются к Джо с просьбой поговорить с сыном, но политик отказывается: он давно поставил карьеру во главу угла, и внезапно объявившийся сын мутант для Мактаггерта весьма нежелателен. Протею все-таки удается настичь отца, но тот убегает; во время второй «встречи» Ксавье убеждает юношу открыть для него свой разум и возвращает Кевину самообладание. Джо признает сына и просит у него прощения, после чего Кевин вместе с матерью возвращается на Мьюр.

Ртуть и Алая Ведьма узнают у Эволюционера, проводящего эксперименты по выведению гибридов человека и животного, о своем происхождении. Их отцом оказывается Магнит, которого они заманивают в ловушку; когда того удается поймать, подвластные Эволюционеру существа пленят и близнецов, и пытавшегося помочь Росомаху. Эволюционер хочет использовать гены Магнита, Ртути и Алой Ведьмы для создания новых, неуязвимых гибридов, а Логана превращает в монстра. Тем не менее, Магнит легко уничтожает свои оковы и освобождает своих детей; когда же на помощь приходят Ксавье и Зверь, Эволюционер поспешно покидает насиженное место вместе со своей лабораторией. В этот же момент всё вокруг (в том числе, и Росомаха) принимает своё истинное обличье. Ртуть и Алая Ведьма пока не готовы простить своего отца, по вине которого погибла их мать, но Чарльз уверяет Эрика, что со временем они помирятся.

Росомаха, до конца не оправившись после столкновения с Протеем, приезжает в Японию. Но и там неспокойно: рыбаки, некогда бывшие семьей Логана, вынуждены платить дань преступникам во главе с Серебряным Самураем. В конце концов, Логан поддерживает идею восстания, разжигаемую молодым рыбаком, и деревня дает обидчикам отпор.

Люди Икс готовятся к Рождеству, и Джубили, Гроза и Росомаха отправляются за покупками. По пути домой они сталкиваются с морлоками, угнавшими машину скорой помощи, и узнают, что Тритон тяжело болен. Росомаха, не надеясь на успех, отдает часть своей крови юному морлоку, и тот, в конце концов, выздоравливает. Гроза вновь передает все свои полномочия Калисто, и трое Людей Икс встречают Рождество вместе с обитателями подземелья.

3999 год. Бицепс находит лазарет Апокалипсиса и хочет его уничтожить, однако Апокалипсис предвидел нападение и во время битвы отбирает временной телепорт у Бицепса и исчезает. Но в этот момент Квакер также возвращается в 2055 год из 1959, и в результате оба оказываются на оси времени. Квакер будучи на оси времени, встречается с Бендером - весельчаком и балагуром, также являющимся создателем оси времени. Тем временем в 1990-х Джина и Скотт играют свадьбу, но не успев отъехать далеко на них нападают слуги Злыдня и похищают Джину, а сам Злыдень пытается похитить профессора но Джубили и прибывшая Шарда (сестра Квакера) а затем и остальные Люди Икс срывают его попытку.

Апокалипсис обещав корыстолюбивой сестре Лиландры помочь расправиться с Лиландрой и захватить трон, но Апокалипсис пришел за придворной пророчецой Шияра и исчез. Лиландра связалась с Ксавье и сообщила ему об этом. Ксавье догадался что Апокалипсису нужны экстрасеннсы и отправил Людей Икс защищать их. В это время на замок Уортингтон нападает бандитка-экстрасенс, Уоррен пытается ей помешать, но в итоге она оглушает и похищает ценности из замка, очнувшись он бросается в погоню. Он врывается на склад и завязывает с Псайлок бой, в это время появляются Саблезубый и Тень, которые пытаются похитить её. Росомаха и Шарда пытаются их оставить, но внезапно прибывший Магнит, завершает дело и уходит вместе с Сайлок. Тем времен Шторм и Гамбит присматривавшие за другим экстрасенсом прибывают на помощь Росомахе и Шарде, что помогает Злыдню похитить его. Саблезуб попадает в плен к Х-менам. А в 3999 году Бицепс с сыном Тайлером планируют захватить правительственную машину времени, чтобы уничтожить гробницу Лазаря в день завершения её строительства.

Бицепс проникает на машину времени и переносится в 90-е годы, не понимая почему. Ксавье убеждает его помочь им в борьбе против Апокалипсиса, на что, учитывая его цель, он соглашается. Росомаха допросил Саблезуба, и докладывает об этом профессору, тем временем Бицепс рассказывает о причине долголетия Апокалипсиса. Профессор проникает по настоянию Бицепса и Росомахи в мозг Саблезуба и узнаёт план Апокалипсиса, однако не может понять где он находится. Все вместе с Архангелом, кроме Джубили и Шарды отправляются в прошлое чтобы уничтожить гробницу Лазаря. Но прибыв на место, они попадают в ловушку, и, хотя, им удаётся проникнуть гробницу профессора похищают. В момент похищения Росомаха прыгает в портал и отправляется за ним.

Зверь и Бицепс узнают куда отправили профессора, благодаря устройству, которое профессора носил с собой предвидя похищение. Магнит просит Апокалипсиса рассказать о его плане, и тот соглашается. Придя в ужас от услышанного Магнит сомневается и предаёт Апокалисиса. Ему помогает Тень которая всё слышала и облатившись в одного из всадников Апокалипсиса, напала на Апокалипсиса. Магнит освобождает Росомаху прося его помочь, в срыве планов Апокалисиса. Тем временем ось уже начинает останавливаться, Квакер предположив что это обосновано синим поясов вокруг оси, начал стрелять в него, и тем самым сорвал план, освобождая пленников. Апокалисис нападает на Квакера. Росомаха нападает на Злыдня, он попадает в сферу управления временем и разрушает её. Разрушение сферы освобождает пленников и они останавливают Апокалисиса и забирают его вместе со всеми с оси времён.

На улицах города снова происшествие, Саблезуб, опять крушит всё подряд. Люди Икс отправляются туда и захватывают его. Связанного Саблезуба бросают в камеру, пока он не очнётся. Хотя всё это делается в тайне от Росомахи, он узнаёт об этом, по ошибке Джубили, и поговорив с профессором он отравляется его охранять. Однако прибыв туда, он понимает что это не Саблезуб, а кто-то другой. К профессору выходит на связь Мистер Злыдень и говорит об ужасном создании пожирающем материю. В конце концов, только Зверю удаётся уйти от нового врага, ему в этом помогает Терабайт - наследник Фаланги. Хэнк связывается с Форджем и говорит о беде, после они встречаются. Для них было крайней неожиданностью увидеть в союзниках Злыдня, который помогает им удрать.

Зверь, Злыдень, Фордж и Терабайт прибывают на остров Мюр, к Мойре. Там они встречают Амелию и Шона Кассиди. Им удаётся разработать вирус который должен убить Фалангу, но для этого надо узнать подействует ли он. Терабайт сообщает что силы Фаланги прибыли на остров и всем приходится сбежать от них, но Мойра и Шон были схвачены Фалангой. После бегства с острова Мюр все отправляются к Магниту просить его помощи. Магнит не сразу соглашается, но Хэнку удаётся убедить его помочь им. Магнит прибывает в деревню и берет образец тканей фаланги, в лаборатории её дают ассимилировать вирус, чтобы проверить реакцию. Вирус подействовал и все отправляются к Шпилю, которым является небоскрёб Эмпайр Стейт Билдинг. В то время как все отвлекали Фалангу, Магнит с Терабайтом напали на неё. Терабайт распаковывает вирус и уничтожает её.

Странная буря бушует на городом, Гроза чувствует вмешательство неизвестной силы и пытается остановить её. Циклопу чудом удаётся посадить самолёт. Гроза найдя эпицентр пытается бороться, однако её ударяют молнии и она падает. Аркон - правитель планеты Полимакус поймал её и останавливает бурю. А потом уносит её против её воли на его планету, даже не дав связаться ей с остальными Х-менами. Потеряв связь с Грозой, команда ищет её, но находит её передатчик и странный шарик, который бросила Гроза, чтобы её нашли. Попытки Зверя разгадать что это за шарик, не увенчались успехом, но из-за удара кулаком по столу Росомахой, шарик упал и открыл портал, в который отправились Росомаха, Джубили, Зверь и Циклоп. По прибытии на них нападают и заточают их в тюрьму. Тем временем Аркон приносит Грозу на свою планету и убеждает её помочь, на что она соглашается. Грозе удаётся на время утихомирить бурю, однако пришедшие её друзья отвлекают её и буря возобновляется. Однако Гроза отговаривает своих друзей нападать на Аркона и останавливает бурю вновь. Аркон уговариет её остаться и стать его женой и соправительницей Полимакуса.

Аркон провозглашает Грозу королевой, и ей вместе с Арконом воздвигают Памятник. Однако Росомаха чувствует, что что-то не так на этой планете. Тем временем Аркон планирует захватить рабов для восстановления Полимакуса на соседней планете Делгания. Джубили красуясь золотой пряжей сбивает служанку, которая выглядит запуганной, что приводит её и Грозу в сомнение. Росомаха догадывается что на Полимакусе всё не так гладко. Он Зверь и Циклоп оправляются на базу роботов, где узнают о войне с Белганией. Всетившись с каторжником они также узнают о жестокости режима Аркона и о том что передатчик, который дестабилизировал кольцо Вердона и привёл таким образом к хаосу на планете, помогает отлавливать рабов-беглецов. Мятежники рассказывают о строительстве нового передатчика, который положит конец сопротивлению Белганийцев. Аркон вместе Грозой и Джубили празднуют, в это время сквозь стену проламываются Росомаха, Зверь и Циклоп и говорят о том кто на самом деле Аркон. После небольшой битвы все возвращаются домой, а Гроза на прощание уничтожает передатчик.

Грайдена Крида-младшего освобождают, и он отправляется в собственную организацию «Друзья Человечества», намереваясь вновь возглавить её. Но теперь организацией руководит совет, который указывает, что, помимо его отца Саблезуба, у Грайдена есть и ещё мутанты в родне. Крид хочет доказать, что он человек, и решает поймать и убить всех своих родственников-мутантов.

В школу приходит Курт Вагнер и просит помощи в спасении своей матери, после чего Шельма, Росомаха и Джубили отправляются в логово «Друзей Человечества». Шельма узнаёт, что Курт — сын Мистик и брат Крида, намеревающегося раз и навсегда расправиться с неугодными родственниками. Тем не менее, всем удаётся спастись, а Крида по решению Совета отправляют прямиком к его отцу Саблезубу…