Season 3 (Production order)
21 Episodes
Yuriko, um antigo amor de Logan, se transformou numa ciborgue assassina, Dama da Morte. Ela quer se vingar de Wolverine, o culpa pela morte de seu pai. Em meio às brigas, uma nave alienígena é descoberta nos túneis Morlocks, dentro dessa, um poderoso alienígena que pode sugar os espíritos dos humanos, ciborgues e mutantes, está preso lá Yuriko faz Wolverine libertar o alienígena.
Read MoreDescobre-se que a nave na verdade é um tipo de nave prisão alienígena. Dela escapa uma terrível criatura, o Drenador de Espíritos, capaz de sugar a alma dos saqueadores, exceto por Dama da Morte, ela também suga a alma de Jubileu, mais tarde ela suga a alma de Yuriko, mas os X-Men no final derrotam o drenador de espíritos e Professor X tem uma visão de eventos catastróficos.
Read MoreD'Ken, o imperador de Shi'ar, pretende tomar para si os poderes do cristal de M'Kraan e recriar o universo a sua maneira. Para tanto ele terá que vencer um último obstáculo: sua irmã Lilandra Neramani. Ela, por sua vez, pede para Xavier e seus pupilos impedirem o plano do seu irmão, num sonho, então Xavier manda os X-Men para o espaço numa nave para tentar que Eric, o vermelho intercepta Lilandra que está vindo para a terra num buraco de minhoca.
Read MoreDurante a intervenção contra D'Ken, Jean Grey tem seu corpo dominado por uma nova identidade, a Fênix. Enquanto isso, Professor Xavier acaba liberando a sua parte do mal dentro de si, mas Jean consegue deter essa parte o Professor Xavier vai para a Irlanda descansar, mas ele acaba recebendo a visita surpresa de duas pessoas, o Juggernaut e outro vilão conhecido com Black Tom, eles trabalham para Eric, o Vermelho, a mando de D'Ken.
Read MoreLilandra Neramani vai ao encontro do professor Charles Xavier na Irlanda, a fim de mais uma vez pedir auxílio no caso do cristal de M'Kraan, mas ambos acabam sequestrados por Juggernaut, irmão do professor. Jean continua sofrendo devido à energia da Fênix que ainda reside em sua mente. Os X-Men começam a duvidar da sanidade de Xavier, uma vez que Lilandra, a qual apenas ele conseguia ver através de seus poderes mentais, fora sequestrada, mas eles vão ajudar, Charles e Lilandra. Em meio à luta, aparece o Gladiador um funcionário de D'Ken, ele derrotado pela Fênix,no corpo de Jean Grey, e foi revelado que a Fênix é guardiã do cristal, ela leva todos os X-Men a nave de Lilandra no espaço sideral, exceto por Banshee e o Professor X.
Read MoreJean se transforma de vez na Fênix quando a batalha final pelo cristal M'Kraan se aproxima. A Fênix transporta os X-Men para a nave de Lilandra, onde o cristal foi escondido. O cristal é roubado pelo um grupo de piratas siderais chamados Interceptadores Estrelares, Corsário o líder do grupo sequestra Ciclope. por meio da conexão mental de Jean e Ciclope, eles seguem a nave de Corsário vai trocar o cristal com D'Ken, mas é armadilha para Ciclope atirar nele, mas D'Ken envia mais um bando de soldados para roubar a pedra. Lilandra e os X-Men chegam a batalha para salvar o cristal e o universo que conhecemos é inevitável, consegue roubar o cristal e libera o seu poder para si.
Read MoreD'Ken consegue o cristal e começa a criar seu próprio universo. Apenas a Fênix poderá salvar a todos, mas para isso ela terá que sacrificar a si mesma e a Jean Grey, Fênix derrota D'Ken, mas para isso ela morre, todos os X-Men voltam para terra exceto por Jean.
Read MoreCyclope, ainda de luto após a "morte" de Jean Grey, sai dos X-Men, retorna para o orfanato que foi criado e reencontra sua amiga Sarah. Ela lhe diz que um homem rico decidiu adotar todas as crianças mutantes, especialmente Rusty, mas ele tem a intenção de torná-las seu exército para destruir todos os seres humanos para que os mutantes sejam aceitos. Cabe a Cyclope pará-lo e salvar as crianças mutantes. Mais tarde, Cyclope retorna à mansão e ele e os outros X-Men descobrem que Jean Grey não morreu afinal.
Read MoreLongshot aparece na Terra sem memória, junto com uma gangue de assassinos que inclui Espiral. Na verdade ele estava fugindo de Mojo, aquela criatura interdimensional que possui um estranho show de TV. Ao final das contas, resta aos X-Men e Longshot participarem mais uma vez do gameshow mortal.
Read MoreUm antigo X-Men, Bobby Drake, o Homem de Gelo, é pego ao invadir instalações ultrassecretas do governo. Seus antigos companheiros o salvam. Xavier tenta descobrir porque seu ex-pupilo preferido se voltou para o mal. Bobby tinha uma boa explicação: Sua namorada Polaris, cujo nome real é Lorna Dane, havia desaparecido. Na verdade ela não foi raptada pelo governo e sim aceitou por vontade própria em integrar uma equipe de mutantes que agiria sob o comando do governo: o X-Factor e ela também se apaixonou por um membro do X-Factor.
Read MoreSob o comando de Zaladane, Sauron captura Tempestade e a leva para a Terra Selvagem. Para socorrer a amiga, os X-Men terão de enfrentar dinossauros, Sauron e mais uma misteriosa criatura chamada Garokk. Além da própria Tempestade.
Read MoreOs X-Men seguem na tentativa de salvar Tempestade e deter Garokk, o espírito de pedra.
Read MoreA Fênix continua a habitar o corpo de Jean. A heroína é seduzida através de seus poderes mentais por Jason Wyngard, o Mestre Mental do Clube do Inferno. Agora, Wyngarde usa os poderes de uma confusa Jean - a quem pretende desposar - contra os X-Men.
Read MoreEnquanto Xavier enfrenta Emma Frost, os X-Men tentam fazer com que Jean se lembre de quem ela realmente é.
Read MoreOs X-Men tentam convencer Fênix a deixar o corpo de Jean. Mas ela tenta liquidar a equipe e em seguida ruma pro além do sistema da estrela D'Bari para se reenergizar. Por onde passa, a Fênix espalha destruição. Para impedir que o universo seja destruído, a imperatriz Lilandra de Shi'ar decreta que Jean Grey/Fênix deve morrer.
Read MoreOs X-Men seguem lutando pela custódia de Fênix contra a Guarda Imperial de Shi'ar. Enquanto isso, o Professor Xavier estuda uma forma de liberar Jean Grey da Fênix de uma vez por todas. Assim, o Guarda Imperial de Shi'ar destrói Jean Grey e a Fênix, guardiã da criação, desiste do corpo da Jean e diz que é possível ressuscitar Jean Grey. Retirando um pouco da energia vital de cada X-Men, Jean Grey revive.
Read MoreCiclope descobre que Corsário, líder dos Piratas Siderais, pode ser seu pai desaparecido. O problema é que Corsário era procurado pelas autoridade de Shi'ar. Caberá ao líder dos X-Men decidir se entrega seu pai ou não.
Read MoreJuggernaut retorna mais uma vez, tentando matar ser irmão, o Professor Xavier.
Read MoreNa Alemanha, Gambit, Vampira e Wolverine ouvem relatos sombrios acerca de um demônio que rondaria um monastério. Logan decide investigar e descobre que não se tratava de diabo algum, mas sim do mutante chamado Kurt Wagner, o Noturno.
Read MoreUm cartão postal codificado desperta memórias dolorosas em Wolverine. Para resolver a questão, Logan e Fera vão ao único lugar onde poderão encontrar alguma resposta: o laboratório da Arma X, onde Wolverine teve adamantium inserido em seus ossos. Lá, encontram Dentes-de-Sabre, Maverick e Raposa Prateada, que estavam tendo os mesmos problemas de Logan. Agora todos terão que deixar antigas rivalidades para solucionar o caso.
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