Durante un tiroteo en un laboratorio secreto del gobierno, el agente Jake de la Agencia de Seguridad Nacional Jake Foley es inyectado con nanitos, lo que le da unos poderes sobrehumanos. Cuando Sarah Heywood es secuestrada por unos terroristas del IRA para obligar a Jack a entregarles los nanitos, éste tendrá que poner en práctica sus recién adquiridas habilidades para salvarla.

Un loco amenaza con hacer estallar en la capital una bomba de impulsos electromagnéticos. Tras desplegar a todos los agentes de la Agencia de Seguridad Nacional por la ciudad, Jake tendrá que ponerse a trabajar.

En esta misión, Jake Foley tendrá que infiltrarse como camarero en la fiesta de una embajada, para apoyar al agente Kyle Duarte y recuperar así unos valiosos documentos que han sido robados. Cuando Kyle es traicionado por su antigua amante y agente doble Mai Ling Wong, Jake será su única esperanza para salir con vida.

La NSA asigna a Jake la vigilancia de Theresa, la hija de un importante distribuidor de armamento. A Jake le pedirán que se sirva de los sentimientos de ella para descubrir el paradero de su padre.

Tras detenera a un terrorista informático cruel y adinerado conocido como DuMont, Jake convence a la NSA de que el es el candidato perfecto para hacerse pasar por DuMont e infiltrarse en su grupo internacional de ciberterroristas.

Desoyendo las advertencias de sus superiores, Jake decide acudir a la boda de su mejor amigo. El problema es que un asesino sigue de cerca sus pasos y hará que le ceremonia no sea precisamente aburrida.

Para frustrar un ataque terrorista, Jake captura al hijo adolescente del líder de una milicia que está en contra del Gobierno. Éste decide tomar represalias y envía a sus hombres a secuestrar al agente, pero se produce una confusión y a quien se llevan es al hermano menor de Jack, Jerry, que estaba de visita.

Tras escuchar una llamada teléfonica, todos se ponen en alerta ya que parece que Jack es el objetivo de un mercenario que ha llegado a la ciudad para robar el proyecto de los nanitos. Lo que no saben es que, en realidad, el objetivo es otra persona del equipo.

Una bomba nuclear en miniatura desaparece de una base militar y el equipo sospecha que el trabajo ha sido realizado desde dentro; más concretamente, creen que un ingeniero perteneciente a una unidad de operaciones especiales está implicado. Así que mandan a Jack de incógnito para que averigue lo ocurrido.

Jack incumple la orden de matar a una bella espía que, al parecer, robó armas biológicas, y eso puede acarrear el cierre de todo el proyecto.

Jake vuelve al colegio con la misión de proteger a un príncipe africano de unos asesinos a sueldo contratados por un general rebelde. Kyle y Lou ofrecen a Jake la posibilidad de alejarse del control de gobierno fingiendo su muerte.

La Agencia Nacional de Seguridad es atacada con un virus informático, lo que obligará a Jake a trabajar en equipo con la persona que menos soporta: DuMont. Además, éste está tramando algo que no tiene nada que ver con los planes. Por otro lado, Lou ordena a Jake que se vea con un experto, que comenta a Lou que Jake está bastante afectado porque sabe que no podrá vivir una vida normal.

Los nanitos juegan una mala pasada a Jack y le provocan amnesia. Cuando la Agencia descubre su desaparición, dudan de su lealtad y extienden una orden de disparar a muerte contra él. Pero Diane no cree lo que pasa y decide ayudarle.

Jake debe proteger al doctor Nanda Sang, un diplomático ganador del Nobel,del clan Junshi de asesinos. Sin embargo, para ser un defensor de la paz, el hombre les dará más problemas de lo que esperaban. Particularmente con Diane, que lo ve como a un héroe. Por otro lado, Warner hace una visita a DuMont.

Un angente al que Lou creía muerto diez años antes, cuando tuvo que dejarlo atrás durante una misión, es encontrado con vida y rescatado. Mientras, Jack piensa sobre que lo que pasó entre él y Diane y lo que puede haber ocurrido con los nanonitos.