Marge, furiosa tras descubrir que Homero permitió al Gordo Tony filmar una película para adultos en su sala de estar como pago de sus deudas de juego, se va de casa, dejando a Homero sólo con los niños. Durante su viaje de autodescubrimiento, Marge se hace amiga de Caleb Thorn, un atractivo biólogo marino que intenta salvar no sólo a los manatíes, especie en peligro de extinción, sino también a Marge de un marido que parece no apreciarla.

Se traslada un cementerio al lado de la casa de los Simpson y Lisa tiene problemas para dormir en su habitación, la única de la familia desde la que se ve el siniestro lugar. Lisa acaba pasando una noche en el cementerio, pensando que así superará su miedo.

Los padres de Milhouse intentan darle una segunda oportunidad a su fallido matrimonio y Milhouse, en principio contento por la reunión, acaba dándose cuenta de que él estaba mejor cuando sus padres estaban separados.

Como siempre, el episodio especial de Halloween se divide en tres historias: "I.B. Inteligencia Bartificial", "La supervivencia del más gordo" y "A su disfraz me acostumbre"

Bart nota que su madre se siente sola y comienza a pasar más tiempo con ella. Ambos disfrutan de sus cada vez más frecuentes salidas juntos y los lazos entre ellos se estrechan, pero cuando los abusones lo descubren, se meten con Bart por mimado.

Homero presta muy poca atención a un regalo del día del padre en el que Lisa había puesto mucho esfuerzo y ésta pierde la fe en su padre. Para recuperarla, el director Skinner sugiere que Homero se convierte en "la salamandra de seguridad".

Deprimida por su falta de amigas, Marge decide unirse a un club de mujeres llamado "Los Dulces Tomates Rojos" y acepta prestar su ayuda para una próxima acción benéfica: robar la valiosísima colección de huevos fabergé del Sr. Burns. Mientras tanto, Lisa planea ir a un viaje escolar a Italia para el próximo verano, para lo cual debe aprender italiano. Contrata a un profesor particular que descubre en un anuncio clasificado y que sorprendentemente resulta ser Milhouse.

Los Simpson van a Italia a buscar el nuevo auto de Burns, pero el auto se les estropea y buscan ayuda en un pequeño pueblo italiano donde son sorprendidos por un rehabilitado Bob Patiño, que ha creado una familia y gobierna el pueblo como alcalde. Bob consigue, aunque por poco tiempo, que los Simpson guarden en secreto los detalles de su oscuro pasado. Tras revelarse la verdad, se inicia el enfrentamiento Terwilliger contra Simpson.

Se descubre un cartero que quedó congelado en una montaña en los años 60 y las cartas que llevaba se entregan a sus destinatarios. El abuelo recibe una carta que iba destinada a su mujer y que revela que ella tuvo una aventura amorosa con un tal Mason Fairbanks y que puede que Homero fuera fruto de dicha relación.

Bart se vuelve a meter en un lío derivado de una travesura y Skinner lo envía a un duro campamento de reeducación. Homero se ve obligado a cancelar su esperadísimo viaje a Las Vegas con Moe, Lenny, Carl y Barney por llevar a Bart al campamento. Mientras, aprovechando la ausencia de los hombres de la casa, Marge y Lisa montan una venta de garage.

Bart destruye por accidente la cabaña donde vive Willie y los Simpson. Lisa, pensando que Willie puede vivir mejor, decide intentar hacer de él todo un caballero y lo presenta como experimento en el concurso de ciencias. Mientras, a Homero se le rompen sus últimos pantalones azules y quiere conseguir unos idénticos.

Mientras explora una cueva con su familia, Homero provoca un derrumbamiento y queda atrapado boca abajo en el techo de la cueva. Marge con Maggie y Bart van a buscar ayuda sin éxito mientras Lisa le cuenta a Homero una historia que acaba convertida en una sucesión de cuentos con algunos ciudadanos de Springfield.

Ned Flanders gana una PC y se la regala a Marge, ya que él no lo iba a usar. Para devolverle el favor, Marge cuida de los hijos de Ned. Mientras Marge intenta que Rod y Todd abandonen su excesiva facilidad para escandalizarse habitual, Homero tiene que cuidar de Bart y Lisa.

La obsesión de Homero con la tele de plasma de Lenny lleva a Marge a apuntar a su familia a un concurso en el que acaban ganando una visita a los estudios de la Fox. Allí, Homero los apunta a un programa al estilo de "Intercambio de Esposas" y se ve obligado a vivir con una mujer controladora mientras Marge se muda con un marido deprimido, Charlie, y con su perfecto hijo. Charlie se enamora rápidamente de Marge e intenta conquistarla con una canción.

Homero intenta convertir a Springfield en la casa de un nuevo equipo de fútbol americano, pero el abuelo lo fastidia todo al confundir al delegado de deportes con un ladrón, de modo que lo que iba a ser el estadio acaba siendo una plaza de toros. Después el Abuelo termina convirtiéndose en torero.

La Central Nuclear va a ser cerrada y trasladada a la India. Homero es el encargado de entrenar a los nuevos empleados y, al verse en un puesto de importancia, se vuelve hambriento de poder. Mientras, Selma y Patty conocen a su amor de Hollywood, Richard Dean Anderson, y lo secuestran para adorarle obsesivamente en privado.

Durante una desastrosa cena de los Simpson en El Holandés Frito, la familia intenta salvar la noche contando tres historias de aventuras en el mar. Lisa cuenta el viaje del Mayflower, Bart el motín en el Bounty y Homero la historia de un grupo de supervivientes que intenta escapar de un barco volcado.

Debido a un comentario sexista al final de un musical sobre Tomy y Daly, el Director Skinner es sustituido por Melanie Upfoot, quien decide dividir el colegio en dos colegios distintos: uno para chicos y otro para chicas. Lisa se siente frustrada al poco tiempo por las clases de matemáticas de las niñas, así que se infiltra con los niños.

Mientras limpia la casa a fondo, Marge mezcla varios productos cuyos vapores hacen que se desmaye y se de un golpe en la cabeza, lo cual le produce amnesia. Pronto, Marge va recuperando la memoria sobre su familia y conocidos, pero sigue sin saber quién es Homero.

Después de visitar una exposición sobre la evolución de las especies, Flanders y el reverendo Alegría presionan a las instituciones para que colaboren en extender la teoría de la creación. Las teorías de Darwin son pronto prohibidas y Lisa acaba encontrándose con que es la única que las apoya.

Cuando en la pantalla del estadio de los Isótopos aparece un apasionado beso entre Homero y Marge, el jugador Buck Mitchell pide consejos matrimoniales a la pareja.