L'ospedale del Sacro Cuore è stato demolito per fare spazio all'università di medicina. J.D., che si è sposato con Elliot e che da lei aspetta un figlio, comincia ad insegnare alla facoltà insieme a Turk e al dottor Cox. Quest'ultimo, deluso dai nuovi allievi, sotto suggerimento di J.D. cerca uno studente in cui riporre tutte le sue speranze e trova questa figura di riferimento in Drew, specializzando molto più in gamba degli altri. Lucy, la nuova voce narrante, è intimorita da Cox e, con l'aiuto del dottor Dorian, riuscirà a mostrargli che non è una semplice piagnucolona. Cole è lo studente più irriverente, figlio dei proprietari dell'edificio, tratta con condiscendenza tutti i dottori dell'ospedale poiché sa che non può essere cacciato. Denise, fredda e distaccata, è la loro referente.

J.D. è geloso di Drew, il favorito del dottor Cox. Denise rifiuta le avance di Cole ed inizia una relazione non seria con Drew. J.D. farà da mentore a Lucy, disorientata per i primi giorni in ospedale e riuscirà a farle capire che a volte fidarsi troppo non è un bene, ma per fare ciò dovrà darle una lezione.

Drew delude la fiducia del dottor Cox perché, preso dal panico, fugge durante un'emergenza. J.D., prima felice che Perry non rivolga più tutte le sue attenzioni allo specializzando, capisce che lui è già un buon medico agli occhi di Cox, mentre è Drew quello che ha bisogno d'aiuto. Il medico convincerà quindi il dottor Cox a dargli una seconda possibilità. Lucy, che sa che il dottor Dorian dovrà presto andarsene, cerca un'altra figura di riferimento, provando con Denise. Questa, dovrà fronteggiare un caso che la costringerà ad essere meno fredda nei confronti dei pazienti.

J.D. e Turk non riescono ad accettare di stare invecchiando e perciò partecipano alla festa organizzata da Cole. Lo specializzando, però, insieme ai compagni, viene costretto a passare del tempo con dei malati terminali. Quando gli studenti decideranno di rimanere per la volontà e non come imposizione, rimarranno affascinati dalla vita dell'anziano signore assegnato loro.

All'università i ragazzi sono stati incaricati di dare dei giudizi ai loro professori e J.D., alla sua ultima settimana alla scuola di medicina, riesce ad arrivare al primo posto. Tuttavia, riceve un cattivo giudizio che lo accusa di essere un pessimo insegnante, attento solo a quello che pensano gli altri di lui. J.D. e Turk cercano lo studente che ha scritto quel commento, ma avranno una sorpresa. Lucy è preoccupata per l'esame del prelievo ma, con l'aiuto del dottor Dorian, ce la farà senza contare su nessuno. La storia di Denise e Drew comincia a diventare seria.

Turk è in crisi per la partenza di J.D. e fatica a trovare un nuovo migliore amico che possa sostituirlo. Lucy, esausta per gli eccessivi impegni, sia accademici che privati, vede in Elliot un nuovo mentore, una guida ed un esempio da seguire, ma una cocente delusione le insegnerà a prendersi più cura di se stessa e ad essere un po' più egoista. Cole, spaventato dall'imminente uscita di una newsletter riportante i giudizi degli studenti, si propone al dottor Cox per una serie di lavori extra. Cox, in accordo con Drew, gli riserva i pazienti peggiori e più problematici.

Alla Winston University è giunto il momento della cerimonia annuale del camice bianco, momento in cui ogni studente riceverà un camice bianco da laboratorio, simbolo del loro ingresso nel mondo della medicina. Tradizionalmente lo studente più meritevole viene premiato con la carica di oratore e la possibilità di tenere un breve discorso durante la cerimonia. Fra Drew e Cole si apre una lotta per questo privilegio, fra ricordi tristi che riaffiorano non mancheranno i colpi bassi. Prima della cerimonia il dottor Cox pone ad ogni studente una semplice domanda che però manda allo sbando una insicura Lucy: "Perché vuoi fare il dottore?".

Elliot e J.D. sono in piena crisi pre-parto. Lucy ha paura di fare pratica operatoria sul cadavere di un suo vecchio paziente. Jordan vuole costringere il dottor Cox a fare testamento.

Cox è furioso perché qualche studente ha copiato durante un importante esame, nel frattempo si trova ad affrontare un delicato caso con Turk. Il passato di Drew riaffiora e manda in crisi la sua relazione con Denise.

Il dottor Cox assegna ai vari gruppi di studio degli ipotetici casi medici da risolvere in 3 giorni, imponendo però a Drew di farsi da parte e non aiutare i suoi amici. Lucy decide di diventare la nuova leader del gruppo ma entrerà presto in conflitto con Treng. Il dottor Turk è geloso e invidioso di un chirurgo di fama internazionale arrivato di recente in ospedale. Sullo sfondo Cox e Kelso dispenseranno buoni consigli.

Kelso e Cole si trovano ad affrontare dei problemi di salute, Kelso rischia di vedersi ritirata permanentemente la patente per via dell'età mentre Drew si accorge che un neo di Cole potrebbe essere un melanoma e, quando Turk esegue una biopsia, conferma che lo studente abbia il cancro e quindi deve essere operato per rimuoverlo. Cole si comporta come al solito in modo spensierato mentre Lucy è preoccupata per lui. Cox aiuta Kelso a riavere la patente sottoscrivendo il suo buon stato di salute e, subito dopo, l'ex primario parla con Cole e lo incoraggia a non fare come faceva lui, cioè allontanare le persone a lui vicine per non mostrarsi debole. Cole ammette di essere spaventato e, prima di fare un intervento, ringrazia i suoi compagni con sincerità per la vicinanza. Drew viene rimbalzato fra le richieste di Cox e Denise, stufo della situazione impone ai due dottori di parlare fra loro, ma si alleeranno per rendere impossibile la vita degli altri studenti.

Gli studenti si preparano per la cerimonia del ringraziamento, nella quale si ringraziano i familiari ed i parenti dei cadaveri che hanno deciso di donare il loro corpo alla scienza. Lucy intenzionata a fare le cose in grande non trova nei compagni di studio l'appoggio sperato. Turk, invidioso del fatto che Cox abbia uno studente preferito come Drew, è alla ricerca di un suo pupillo da trasformare in un grande chirurgo. Sorprendentemente, quando Turk comunica a Cole del buon esito dell'operazione e degli esami che certificano che il suo cancro sia stato debellato, Cole rivela di considerarlo un segno del destino e decide di volere diventare un chirurgo. Cox è lieto della notizia sia perché sa che la cosa infastidisca Turk sia perché sia convinto che la sua stessa personalità lo renda un chirurgo ideale. Nonostante i tentativi di Turk di dissuaderlo affidandogli incarichi assurdi, Cole non si perde d'animo, dimostrando che la sua scelta non è un capriccio ma un desiderio reale, così Turk decide di prenderlo sotto la propria ala. Denise è intenzionata a rendere la sua storia con Drew un qualcosa di veramente serio.