L'équipe du Sacré-Cœur acceuille leur nouveau chef: le docteur Maddox. Si tout le monde succombe rapidement à son charme et à sa bonne humeur, le docteur Cox reste persuadé qu'elle ne sera pas différente de son prédécesseur. Pendant ce temps J.D tente de gérer au mieux les nouveaux internes et Elliot est confrontée à des problèmes d'ego.

J.D et Turk changent leur plan pour la soirée afin de rester aux côtés d'un patient mourant.

Tandis que Carla fait face à un interne incompétent, Dr Kelso et Dr Cox cherchent un moyen de se débarrasser du Dr Maddox.

JD et Elliot aident le Dr Kelso à trouver sa vraie place au sein de l'hôpital, se qui leur permet de renouer des liens.

JD, le Dr. Cox et Elliot doivent tous choisir un interne dont ils devront s'occuper. JD choisit donc Denise afin de lui apprendre à avoir plus de compassion envers ses patients. De son côté le Dr. Cox devra faire face à Ed, un interne extrêmement feignant et bien trop sûr de lui. Quant à Elliot, elle va vite regretter d'avoir pris Katie sous son aile.

Elliot et JD rencontrent un obstacle dans leur nouvelle relation amoureuse, et le Dr Cox s'apprête à prendre le nouveau poste vacant de Médecin-chef.

Le Dr Cox a des difficultés à s'adapter à son nouvel poste de Chef des Médecins et Carla a un problème avec les autres infirmières lié à son rapport avec les docteurs.

Tandis que Cox a du mal à gérer son nouvel emploi du temps, Ted tombe amoureux de la joueuse de yukulele du service pédiatrie.

Elliot se rend compte que l'absence de JD lui pèse. Turk annonce que Carla ET LUI vont avoir un deuxième bébé, mais personne ne semble s'en soucier. Dr. Cox trouve que l'attitude de Carla envers ses patients a changé.

Les internes préparent des sketches caricaturant leurs aînés. J.D. et Turk en profitent pour en rédiger les textes. Sunny et Denise tentent de convaincre la mère d'une adolescente de lui laisser plus d'indépendance tandis que Carla manipule le concierge

Le concierge tente de comprendre ce qui ne va pas dans son couple. Cox et Jordan sont eux en désaccord. Pendant ce temps, Turk tente une procédure expérimentale sur un patient.

L'épisode se passe du point de vue de trois internes : Denise, qui tente de convaincre Elliot qu'elle a fait un bon diagnostic. Sunny, qui affronte le concierge. Et Derek, un nouvel interne en chirurgie, qui fait tout pour ne pas se faire remarquer.

C'est la pleine Lune. Turk et Elliot sont de garde et tentent d'effrayer les internes, qui ont trop pris confiance en eux. Elliot s'interroge sur sa véritable vocation. Est-elle faite pour être médecin ?

Invités à la dernière minute, les médecins de l'hôpital se rendent aux Bahamas pour le mariage du concierge et de Lady. Les couples de JD, Turk et Cox rencontrent chacun des difficultés.

Aux Bahamas, les couples tentent de se réconcilier. Turk reproche à Carla de n'être plus qu'une mère. Jordan en veut à Cox de lui avoir menti. Elliot demande à JD de lui exprimer ses sentiments pour elle. Le concierge et Lady quant à eux se marient.

Sean, l'ancien petit-ami d'Elliot est maintenant le nouveau petit-ami de Kim, l'ancienne petite-amie de JD et mère de son fils. Quant à Turk, il désire devenir le nouveau chef en chirurgie.

JD déménage pour être plus prêt de son fils et Ted veut emménager avec Gooch sa petite-amie. Tous ses changements déplaisent au concierge.

C'est la dernière journée de J.D. au Sacré-Cœur. Le docteur Dorian fait ses adieux au personnel et rêve du futur qu'il voudrait avoir