J.D. odpowiada na informacje o tym, że zostanie ojcem. Dr Cox martwi się, jak jego złość wpłynie na dziecko. Carla i Turk przygotowują się na zbliżające się narodziny. Elliot czuje się wykluczona, bo nie ma dzieci. Cieć zastanawia się, czy zmarnował swoje życie.

Kiedy J.D. i Kim usiłują zdecydować o tym, co zrobić z ciążą, Carla zaczyna rodzić. Turk czuje się przyćmiony przez Elliot. Jordan nie podoba się to, jak Cox traktuje Jacka – jak „kumpla do picia”, a nie trzyletniego chłopca.

J.D. i Kim są zaskoczeni tym, jak wiele ich łączy. Carla, która niedawno rodziła, nie chce wracać do pracy. Elliot próbuje przekonać dr. Turnera, chirurga z trzydziestoletnim doświadczeniem, że lekarstwa są lepszą alternatywą, podczas gdy operacja może go zabić.

Cox czuje się jak bohater serialu „Dr House”, gdy przychodzi mu rozwiązać kilka zagadek. Jedną z nich jest złość Elliot na doktora Kelso, podczas gdy z jakiegoś powodu wyładowuje ją na Turku. J.D. stara się być lepszym chłopakiem dla Kim.

Elliot pozwala sobie na luksus, odkąd zarabia dodatkowe pieniądze na swojej prywatnej praktyce. J.D. w końcu staje się o to zazdrosny, co uniemożliwia mu korzystanie z tych przywilejów. Doktor Cox i cieć zostają współlokatorami w jednym ze szpitalnych apartamentów, a Turk próbuje przekonać Carlę, że ma depresję poporodową i potrzebuje pomocy.

Szpital widziany jest oczami doktora Kelso, który zaprzyjaźnia się z weteranem wojny w Iraku. Pobyt żołnierza wywołuje polityczną debatę wśród pracowników.

J.D. zostaje przekonany, by udać się do Tacomy na pierwsze USG Kim. Wraz z Carlą, Elliot, cieciem, Keithem i Tedem zabierają nowego kampera Kelso i wyruszają w podróż. U Jordan i Coxa pojawia się problem, gdy USG wykazuje, że dziecko będzie wymagało operacji.

Do Szpitala Świętego Serca przybywa chorwacki lekarz i dowiaduje się, że musi ponownie odbyć staż. J.D. wykazuje objawy omdlenia wazowagalnego – stanu, który powoduje omdlenia i utratę przytomności. Turk i Elliot spierają się o to, czyja kolej przypada na opiekę nad nim, podczas gdy Carla wypróbowuje swoją nową wymówkę „mam dziecko”, a cieć wyjeżdża na wakacje.

J.D. podkochuje się w nowej fizjoterapeutce, ale przez swoje ostatnie niepowodzenia ma trudności z zaproszeniem jej na randkę. Elliot prosi Keitha, aby się do niej wprowadził, ale nie chce zmienić zasad w swoim domu. Turk łamie rękę i zostaje odesłany na rezydenturę przez dr. Kelso. Dzięki Coxowi uświadamia sobie, że nie wie o medycynie tyle, ile mu się wydawało.

Obecność pacjenta z utratą pamięci skłania do spojrzenia wstecz na ostatnie sezony „Hożych doktorów”, kiedy to załoga Szpitala Świętego Serca wspomina swoje najbardziej pamiętne chwile.

Kiedy szeregowy Dancer zostaje zwolniony ze szpitala, wojsko informuje go, że jego obrażenia są zbyt poważne, by mógł zostać przywrócony do służby. Popada więc w depresję. Personel Szpitala Świętego Serca próbuje podnieść go na duchu, podczas gdy cieć ma problem z rybką.

J.D. i Turk próbują leczyć nieubezpieczonego przyjaciela doktora Kelso. Tymczasem sam Kelso martwi się złodziejem odzieży. W innym miejscu dr Cox próbuje przekonać Elliot, że były narkoman nie jest do końca czysty, a cieć szantażuje Carlę.

Laverne i dr Cox zagłębiają się w filozoficznej debacie. Carla znajduje atrakcyjną nianię dla Isabelli, a Turk stara się znaleźć sposób, by się na nią nie gapić. Elliot szmugluje psa pacjentki do szpitala, by podnieść ją na duchu, co skutkuje reprymendą od dr. Kelso. Tragiczny zwrot akcji na końcu stawia przed bohaterami pytanie: czy wszystko dzieje się z jakiegoś powodu?

Laverne jest w stanie śmierci biologicznej, a jej rodzina postanawia odłączyć ją od aparatury podtrzymującej życie. Pracownicy po kolei żegnają się z nią, za wyjątkiem Carli, która stanowczo wypiera to, co się dzieje. W rezultacie zostaje „nawiedzana” przez Laverne. Jordan rodzi, ale dr Cox nikomu o tym nie mówi, bo nie chce, żeby narodziny jego córki już zawsze kojarzyły się ze śmiercią Laverne.

W następstwie pogrzebu Laverne, personel Szpitala Świętego Serca postanawia wdrożyć lekcje z jej życia do swoich działań. Carla jest zdenerwowana, że wszyscy zachowują się tak, jakby nic się nie zmieniło. Dr Cox codziennie próbuje poświęcić 20 minut dla siebie, ale ma z tym duży problem. Cieć pomaga J.D. i Turkowi w leczeniu niesłyszącego pacjenta, a Elliot dowiaduje się, że Keith oczekuje czegoś więcej od ich związku.

Dzień w szpitalu oglądany z perspektywy Jordan, Teda i Todda. Jordan chce namieszać w związku Elliot i Keitha i jest zaniepokojona, gdy nie daje jej to żadnej satysfakcji. Ted próbuje rozstrzygnąć spór o wynagrodzenie między pielęgniarkami a doktorem Kelso. Todd znalazł swoje powołanie w chirurgii plastycznej, ale musi przekonać Turka, żeby nie ingerował, gdy szesnastoletnia dziewczyna chce powiększyć sobie piersi.

Kiedy Keith opuszcza miasto na kilka dni, J.D. spodziewa się, że w końcu będzie mógł spędzić trochę czasu z Elliot. Nie spodziewa się jednak, że wpadnie do niej przyjaciółka z czasów college'u. J.D. przełącza się więc z trybu podrywu na rywalizacją o uwagę Elliot. W międzyczasie Turk i Cox przerzucają między sobą hipochondrycznego pacjenta, któremu tak naprawdę nic nie dolega.

J.D. chciałby się związać z przyjaciółką Elliot, Melody, która z kolei chce się zabawić i nie nastawia się na nic poważnego. Keith ponownie oświadcza się Elliot podczas perfekcyjnie zorganizowanych przez nią oświadczyn, a pozostali fantazjują o małżeństwie każdego z nich z Elliot. Elliot i Carla usiłują zrozumieć, co jest nie tak z dwoma starszymi pacjentami, którzy wykazują te same objawy, ale nie mają oczywistego związku.

J.D. i Turk udają się na kongres medyczny w Phoenix w Arizonie i spotykają byłą dziewczynę J.D., dr Kim Briggs, która ma dla niego niespodziankę. Tymczasem w Szpitalu Świętego Serca cieć udaje ordynatora, a dr Cox zaczyna dzielić się z Elliot wątpliwościami co do jej ślubu.

Kim wprowadza się do J.D., by mogli wspólnie wychowywać dziecko. J.D. uczy się od Turka i dr. Coxa, że ojcostwo zmienia sposób postrzegania rzeczy. Carla narzeka, że Elliot ma fioła na punkcie kontroli, gdy razem przygotowują wieczór panieński.

W finale sezonu J.D. i Elliot zaczynają zastanawiać się nad swoją przyszłością i tym, czy nie popełnili błędu, nie wiążąc się ze sobą. Cieć postanawia wymyślić idealny prezent ślubny dla Elliot.