JD smälter nyheten att han ska bli pappa. Dr Cox oroar sig för hur hans ilska kommer att påverka hans barn. Carla och Turk förbereder sig inför den nya familjemedlemmens nedkomst.

JD och Kim blir förvånade över hur mycket de har gemensamt. Den nyblivna mamman Carla vill inte tillbaks till jobbet.

JD och Kim börjar fundera över sin och sin babys framtid. Turk kör Carla i ilfart till sjukhuset när förlossningen startar. Jordan anklagar dr Cox för att inte vara en tillräckligt ansvarsfull pappa till Jack.

Mitt hus. Dr. Cox försöker lösa flera mysterier, bland annat varför Elliot är så arg på Dr. Kelso och låter det gå ut över Turk? J.D. försöker vara en bättre pojkvän åt Kim.

Elliot börjar unna sig lyx nu när hon tjänar mer, vilket får JD att bli avundsjuk. Cox och vaktmästaren blir rumskompisar. Turk säger åt Carla att hon har en förlossningsdepression.

En patient ser allt som händer omkring henne som en musikal. Carla kan inte bestämma sig för om hon ska gå tillbaka till jobbet eller inte.

Vi får se sjukhuset genom dr Kelsos ögon. Han blir vän med en krigsveteran från Irak. Soldatens vistelse där startar en politisk debatt i personalen.

Efter att ha blivit övertygade om att åka till Tacoma för att göra Kims första ultraljud tar JD, Carla, Elliot, vaktmästaren, Keith och Ted en åktur i Kelsos nya husbil.

JD har fått "vasovagal syncope", ett tillstånd som orsakar svimning och blackouter. Turk och Elliot bråkar om vems tur det är att ta hand om honom. Carla testar sin nya ursäkt "jag har en baby".

JD blir förälskad i en ny fysioterapeut men tycker att det är svårt att bjuda ut henne. Turk bryter armen och måste jobba på medicinkliniken där Cox får honom att fatta att han inte kan lika mycket som han tror.

En patient med minnesförlust triggar igång en tillbakablick på sista säsongen av Scrubs, och alla i personalen på Sacred Heart ser tillbaka på de minnesvärda ögonblicken.

När soldat Dancer skrivs ut från sjukhuset får han av krigsmakten veta att hans skador är för svåra för att han ska kunna komma tillbaka i tjänst, så han blir deprimerad. Vaktmästaren får fiskproblem.

JD och Turk behandlar dr Kelsos oförsäkrade vän. Kelso oroar sig över att någon stjäl sjukhuskläder. Dr Cox försöker övertyga Elliot om att en omvänd missbrukare inte är helt och hållet botad.

Laverne och dr Cox ger sig in i en filosofisk diskussion. Carla hittar en snygg barnflicka åt Isabella, och Turk försöker att inte snegla på henne. En tragedi drabbar en medlem av personalen.

Laverne är hjärndöd och hennes familj bestämmer sig för att stänga av de livsuppehållande maskinerna. Personalen tar adjö, alla utom Carla som vägrar att acceptera sanningen.

Efter Lavernes begravning försöker personalen ta till sig det hon stod för. Vaktmästaren hjälper JD och Turk att ta hand om en döv patient. Elliot får veta att Keith vill ha ut mer av deras förhållande.

Jordan, Ted och Todd är berättare i avsnittet: Jordan lägger sig i Elliots och Keiths förhållande. Ted försöker lösa en konflikt mellan sköterskorna och dr Kelso.

Keith är borta och JD hoppas på att få umgås med Elliot, men hennes collegekompis kommer förbi, så han får växla mellan att stöta på henne och tävla om Elliots uppmärksamhet.

JD och Turk åker på läkarkonferens och träffar JD:s f.d. flickvän, Kim, som har en överraskning åt JD; vaktmästaren låtsas vara chef för medicinkliniken.

Kim och JD flyttar ihop för att kunna uppfostra sitt barn tillsammans. Turk och dr Cox berättar för JD hur faderskapet har förändrat sättet de ser på livet.

JD och Elliot börjar fundera kring sin framtid och om de har gjort ett misstag när de valt att inte vara med varandra. Vaktmästaren sätter igång "Hjärnreserven" för att tänka ut den perfekta bröllopspresenten åt Elliot.