J.D. ist entsetzt: Kim ist schwanger - und das eindeutig von ihm. Außerstande, mit ihr darüber zu sprechen, sucht er Hilfe bei seinen Kollegen - ohne Erfolg. Erst als er meint, sich in einer Krebspatientin wiederzuerkennen und deren Mut bewundert, kann er sich der neuen Situation stellen. Dr. Cox beginnt, über seinen Jähzorn nachzudenken, nachdem er seinen Sohn mit Spaghetti traumatisiert hat.

J.D. und Kim müssen sich für oder gegen das Kind entscheiden. Weder eine Liste des Für und Wider, noch ein Münzwurf oder ein inneres Gefühl erleichtert ihnen die Entscheidung . Carlas Wehen setzen ein, und Turk ist eifrig bemüht, alles Notwendige zu erledigen. Doch was er auch für Carla tun will, es misslingt, sodass Elliott schließlich die Aufgabe übernimmt, Carla zu unterstützen.

J.D. entdeckt im neueröffneten Coffee-Shop seinen ehemaligen Assistenzarzt Cabbage hinter dem Tresen. Auch der Hausmeister samt Reinigungspersonal lässt sich dort einstellen, nachdem Dr. Kelso ihnen einen Zuschuss für Zahnbehandlungen verweigert hat. Als Dr. Kelso nicht mehr an seine Muffins kommt und der Müll überhand nimmt, lenkt er schließlich ein ...

J.D. versucht Kim davon abzubringen, das viermonatige Forschungsstipendium in Washington anzunehmen, indem er ihr seine volle Unterstützung zusichert. Er erreicht damit jedoch genau das Gegenteil . Dr. Cox löst im Stil von Dr. House mehrere medizinische Rätsel, übersieht dabei aber, dass Carla nach der Geburt an einer Depression leidet und deshalb nicht nach Hause will.

Turk bemerkt, dass Carla unter Wochenbettdepressionen leidet und versucht, sie zu überreden, sich von einem Arzt helfen zu lassen - vergeblich. Ratlos bittet er Dr. Cox um Hilfe. Elliott geht mittlerweile immer pünktlich um fünf nach Hause und überlässt ihre Patienten samt Anweisungen jemand anderem. Dr. Cox will sich das jedoch nicht bieten lassen.

Eine Frau fällt in Ohnmacht. Als sie wieder erwacht, hört sie sich und alle anderen, einschließlich der Belegschaft des Sacred Heart, singen. So erfährt sie von den Beziehungen und Konflikten im Krankenhaus in Form von Gesang . Carla ist zwischen ihrem Baby und dem Wunsch, wieder zu arbeiten, hin- und hergerissen.

In den Augen von Dr. Kelso sind die Angestellten des Krankenhauses Arbeitsbienen, die für ihn herumsummen, während er sich auf eine Visite pro Tag und die Begrüßung von neuen Assistenzärzten und Patienten beschränkt. Als er sich bei seiner Visite mit dem jungen Soldaten Brian näher beschäftigt, der im Irakkrieg verwundet wurde, freundet er sich mit ihm an.

J.D. möchte Kims erste Ultraschalluntersuchung miterleben und beschließt, eine Spritztour nach Tacoma zu machen. Er nimmt Elliott, Keith und Carla mit auf die Spritztour und "borgt" sich dazu Dr. Kelsos Wohnmobil aus, das Ted eigentlich waschen lassen sollte.

J.D. hat einen Durchhänger: Seine Freundin hat ihn verlassen und zu allem Überschuss diagnostiziert Cox bei ihm eine seltene Kreislaufstörung, eine sogenannte vasovagale Synkope, deren Symptome ständige Ohnmachtsanfälle sind. Turk und Elliott streiten sich darum, wer an der Reihe ist, auf den ewigen Pechvogel J.D. aufzupassen, da sie es bald leid sind, J.D.s Babysitter zu spielen.

Ein gebrochener Arm zwingt Turk dazu, die nächsten vier Wochen als Assistenzarzt in der inneren Medizin zu arbeiten. Für Dr. Cox ist dies eine willkommene Gelegenheit, Turk zu piesacken. J.D. hat ein Auge auf die attraktive Physiotherapeutin Anne geworfen, traut sich aber zunächst nicht, sie anzusprechen.

Brian Dancer soll aus dem Sacred Heart entlassen werden. Als er versucht, sich das Leben zu nehmen, weil er aufgrund seiner Erkrankung nicht mehr zur Army zurückkehren kann, bemühen sich Cox, Turk, Carla, Elliott und J.D., ihm über seine Krise hinwegzuhelfen. J.D. erinnert sich, dass Turk zu Uni-Zeiten heimlich etwas mit J.D.s Freundin hatte.

Dr. Kelso behandelt Maggie Kent, eine nicht krankenversicherte Freundin, ohne die Zustimmung der Chefetage. Indes kehrt Sam, ein ehemaliger drogensüchtiger Patient des Krankenhauses, als Drogenberater zurück. Während Elliott glaubt, dass sich Sam geändert hat, ist Dr. Cox misstrauisch.

Obwohl Dr. Kelso es untersagt hatte, bringt Elliott einer todkranken Patientin ihren Hund ans Bett. Elliott bekommt deswegen großen Ärger ... Carla und Turk engagieren ein neues Kindermädchen. Da Turk jedoch die Augen nicht von der hübschen Heather lassen kann, droht Carla mit ihrer Entlassung. Dr. Cox widmet sich indessen seiner ans Bett gefesselten Ex-Frau und erlebt ein Wechselbad der Gefühle.

Schwester Laverne liegt nach einem Autounfall im Koma. Jeder versucht auf seine Art mit dem möglichen Tod Lavernes fertig zu werden. Unterdessen bringt Jordan ihr Baby auf die Welt. Dr. Cox weiht nur J. D. ein, was ihn auf den Gedanken bringt, dass er der Patenonkel werden müsse.

J. D. und Turk wollen einem Jungen, der von Geburt an taub ist, ein Hörimplantat einsetzen. Der ebenfalls taube Vater jedoch verweigert seine Einwilligung für die OP. Nachdem die Ärzte das Einverständnis bei der Mutter eingeholt haben, kommen sie endlich hinter die Gründe für die Entscheidung des Vaters .

Ted stellt sich gegen Kelso, als er sich für höhere Löhne für die Schwestern einsetzt. Todd hat seine Berufung in der plastischen Chirurgie gefunden. Als Turk sich dagegen einsetzt, dass ein sechzehnjähriges Mädchen eine Brust-OP bekommt, sieht Todd sich gezwungen, seinen Freund umzustimmen, denn dessen Job hängt davon ab.

J.D. ist auf Elliotts alte College-Freundin Melody eifersüchtig. Grund genug für ihn, zwischen den beiden Freundinnen Unfrieden zu stiften. Turk ist sauer auf Dr. Cox, da der ihm nicht genügend Beachtung schenkt. Als er noch die Aufgabe bekommt, sich um einen hypochondrischen Patienten zu kümmern, schmiedet Turk einen Racheplan.

Elliott und Carla suchen verzweifelt nach der Ursache für die Symptome zweier reizender älterer Patienten. Wenig später kommen Dr. Cox und Dr. Kelso darauf, dass die beiden ob ihrer regen sexuellen Aktivitäten an Syphilis erkrankt sind. Elliott bittet Keith, noch einmal um ihre Hand anzuhalten, damit alles genau so läuft, wie sie es sich erträumt hat.

Auf einer Chirurgen-Tagung in Phoenix trifft J.D. unerwartet auf seine Ex-Freundin Kim. Zu seiner Verwunderung ist sie, entgegen ihrer früheren Behauptung, eine Fehlgeburt erlitten zu haben, hochschwanger. Als sie ihn um Hilfe bittet, ist J. D. völlig überfordert - und macht sich heimlich aus dem Staub.

J.D.s Ex-Freundin Kim erwartet ein Baby von ihm. Schweren Herzens entschließt er sich, ihr zu helfen, was Kim Hoffnungen macht, wieder mit J.D. zusammen zu kommen. Elliott macht Carlas Vorbereitungen zu ihrer Junggesellinnenparty zunichte und nimmt die Planung selbst in die Hand - mit verheerenden Folgen.

J.D. und Kim werden wieder ein Paar. Er bittet sie, bei ihm einzuziehen und - nach einer Babypause - am Sacred Heart zu arbeiten. Jordan hat unterdessen J.D. als Taufpaten für ihre kleine Tochter ausgesucht. Dr. Cox ist völlig verzweifelt und versucht, sie mit allen Mitteln von ihrem Vorhaben abzubringen ...