Ahora un médico de cabecera, J.D. tiene que tratar con sus propios interinos bajo la supervisión del Dr. Cox whether he's still willing to bend the rules despite more responsibility. Turk duda si dejar emabarazada a Carla. Mientras tanto, Elliot empieza sus amistades en County Hospital e intenta no parecer loca.

A pesar de intentar lo contrario, J.D. se encuentra tratando a sus internos no muy bien después de descubrir que se ríen de sus chistes por miedo. El equipo del hospital intenta evitar que Jordan se vaya, y las amistades de Elliot terminan abruptamente.

Intentando completar una lista de objetivos en su 30º cumpleaños, J.D. se apunta a un triathlon. Mientras tanto, Turk se encarga de un paciente que desea ser hipnotizado en lugar de ponerle anestesia durante la cirugía, y Elliot se encuentra con que ella y Jake — Josh Randall — saben poco del otro. J.D. y Elliot se mudan juntos.

J.D. lucha por encontrar algo positivo de lo que hablar cuando está asignado a hablar en una cena para permiar al Dr. Kelso,, especialmente después de que Kelso eliga a un paciente para un tratamiento de droga después de prometérselo a otrol. Carla y Turk intentan ayudar a Elliot, que trabaja en una clínica gratuita, volver al Sacred Heart. Todo el mundo salvo J.D. parece conocer un juego llamado Jiggly Ball.

La hermana cristiana nacida de nuevo del Dr. Cox, Paige Cox — Cheryl Hines —, visita el hospital y quiere que participe en el bautismo de su hijo: el Dr. Cox no quiere participar, ni saber nada de ella ni del asunto. Elliot intenta convencer a Turk de por qué Carla encuentra el hacer un bebé romántico. El Conserje y J.D. empieza una amistad, la que es saboteada por uno de los elaborados planes del Conserje.

J.D. tiene que lidiar con las consecuencias cuando confunde la reacción de un paciente a su muerte próxima como un deseo de finalizar el tratamiento. Carla intenta desesperadamente reunir al equipo del hospital para una foto grupal, mientras Turk y Elliot intentan descubrir la causa del dolor misterioso e inexplicable de un paciente.

A J.D. le llaman para que trabaje en su día libre, pero la única cosa que quiere hacer es estar en casa. Mientras tanto, Elliot intenta convencer a todo el mundo de que es un experta en endocrinología siguiendo su breve amistad, Carla tiene dudas acerca de ser madre, y Turk tiene que luchar con un problema que o ayudará en su carrera o romperá su consciencia.

J.D., Elliot, Turk y Carla son todos interrogados después de la muerte de u npaciente, donde se conoce que J.D. y turk estuvieron visitando innecesariamente la casa del mismo, Carla estaba persiguiendo al equipo para que compraran lotería en grupo, y Elliot estaba tratando con la mujer de un hombre casado a que besó.

J.D. tiene una cita a ciegas con la nieta de un paciente e intenta obtener el permiso de Elliot para no asustarla. Mientras tanto, Turk se une a la banda del hospital, pero cuando se pone en la piel del Dr. Kelso tiene que aprender a tragarse su orgullo. El Dr. Cox se preocupa acerca de ser un padre no satisfactorio.

Narrado desde el punto de vista de Carla; J.D. deja que la pequeñas cosas le enfaden con Julie, pero solo justo cuando los supera, el gran problema se revela. Mientras tanto, Carla se hace un test de fertilidad cuando una nueva enfermera la hace sentirse mayor.

J.D. intenta deshacerse de Keith mientras que da la cara por su interno favorito «Repollo», todo el equipo le dice adiós a Mrs. Wilk, después de haberse recuperado. El Conserje tiene una urraca en el hospital, la cual le encanta robar cosas y utiliza para fastidiar a J.D., para el descontento del Dr. Kelso.

Cuando la señora Wilk, la paciente favorita del hospital, vuelve a caer enferma, después de haber sido infectada por el ex-interno favorito de J.D., <>, es diagnosticada que morirá muy pronto. Ante este eventual hecho, el Dr. Cox y J.D. parecen entrar en las cinco fases del luto, según el psiquiatra del hospital. Mientras tanto, Elliot se da cuenta de que su sexo casual con Keith se ha convertido en algo más, y el Conserje y Ted se alían para darle al Dr. Kelso de su propia medicina.

El Dr. Cox es nombrado el mejor doctor del área en una publicación y trata con un paciente desagradable amigo del Dr. Kelso. Después de luchar para concebir, Carla, que ya había pasado un test de fertilidad, se pregunta acerca de la fertilidad de Turk. Elliot se enterea de que a J.D. no le gusta Keith.

J.D. anima a sus colegas a ir más allá con sus pacientes. Esto causa un dilema ya que J.D. está entre ser firme a sus principios y perder una novia atractiva que solo se interesa en él por su pelo. Turk y Carla tienen problemas para tener un bebé, y el doctor lo atribuye a la presión de ambos. Turk se preocupa por tener una posición permanente cuando averigua que es el cuarto cirujano más habilidoso.

J.D. y Turk averiguan que Carla está embarazada antes de que ella lo sepa y J.D. convence a Turk para que se lo diga a todo el personal del hospital y así sorprender a Carla. Carla, sin embargo, revela que al oir la noticia sobre el embarazo, su mayor alegría será decírcelo a sus amigos uno a uno. J.D. consigue que el Conserje se trague un GPS.

Carla se ve forzada a hacer el trabajo del Dr. Kelso diciendo a todo el mundo que no. El paciente de J.D. que necesita un trasplante se recupera mientras que su hermano, el donante, se pone peor. El Dr. Cox se ve forzado a ir a una cena de parejas con Elliot y Keith, con el resultado de que los otros interinos intentan hacerse sus amigos — para el disgusto de J.D. El mismo J.D. se mete en el tiempo de Turk, causando resentimiento de su mejor amigo.

J.D. se encuentra mintiendo constantemente para no herir los sentimientos de su hermano, que está de visita, Dan — Tom Cavanagh. Carla y Turk no pueden decidir un nombre de bebé. El Dr. Cox se ve forzado a trabajar con Ted después de que una conversación con Kelso vaya mal.

Narrado por el Conserje: J.D. empieza a grabar una postal en vídeo para su madre, pero se queda encerrado en una torre de agua por todo el día, gracias a El Conserje. Encontrándose con tiempo libre, El Conserje tropieza con un paciente cuadraplégico que no puede comunicarse. Elliot y Carla discuten el error de un interino. Turk está avergonzado por su negada paternidad, cuando el Dr. Cox lo acusa de tener la personalidad típica de un blanco.

J.D. se siente culpable después de que una paciente recurrente y molesta, Jill Tracy — Nicole Sullivan —, muera de sobredosis en su apartamento y él no hiciera nada ante los signos de alarma. Carla y Elliot convencen a Todd para que diga que es gay, pero contrariamente a lo que esperaban, no cambia su personalidad a mejor. El Dr. Cox inicialmente consola a J.D. pero lucha por seguir su propio consejo.

Sintiéndose culpable por la muerte de tres pacientes, el Dr. Cox llega al trabajo bebido y es forzado a darse de baja. El equipo organiza equipos para visitarlo en su casa y consolarlo con la esperanza de que vuelva, pero al principio, J.D. se niega a tomar parte de ello. Mientras tanto, Turk comienza una rotación ortopédica, pero lucha por conectar con su nueva y super sensible personalidad.

J.D. tiene la sensación de que después de cinco años trabajando en el hospital, los mismo eventos pasan una y otra vez en el Scred Heart. El Dr. Cox, vuelve al trabajo y parece que ha perdido algo de auto confianza, Elliot se toma personalmente que la vuelva a ganar. Turk enfada a Carla haciendo las cosas que no puede hacer mientras está embarazada.

J.D. empieza a enamorarse de la Dra. Kim Briggs — Elizabeth Banks —, una uróloga que se supone que siempre ha estado presente, pero era invisible para J.D., porque llevaba un anillo de bodas. Comparte un paciente con J.D., pero cuando Dr. Cox confiesa que está negándose a hacer una cirugía urgente para mantener sus estadísticas, empieza a tener sentimientos encontrados. Elliot considera romper con Keith después de que rechazara a mantenerse él mismo, pero Carla, por sus hormonas del embarazo, intenta arrglar su relación. Mientras tanto, el Dr. Kelso decide confiarle a El Conserje, dinero de un depósito en su casa, lo que finalmente lamenta.

El romance de J.D. y Kim sube un escalón cuando van a su primera cita, pero Elliot no les dejará mucho tiempo a solas, ya que está volviéndose una buena amiga de Kim también. El Dr. Cox y Jordan celebran que Jack no use pañales tirando las cosas de bebé en la ducha del bebé de Carla, pero se enteran de que Jordan está de nuevo embarazada. Más tarde, cuando J.D. va a hablar con Kim, le revela que lo está.