Nowa doktor Clock przybywa ze swoją roztrzepaną osobowością i nie przestaje nazywać J.D. „Johnnym”. J.D. to nie przeszkadza, bo nic już nie jest w stanie zepsuć mu humoru. Ostatni tydzień chodzi w fartuchu rezydenta i zaraz oficjalnie stanie się pełnoprawnym lekarzem.

Dr Clock próbuje pogodzić J.D. i Elliot, czekając na to, którą z osób Cox wybierze na stanowisko szefa rezydentów. Między Molly i Carlą wywiązuje się mały konflikt, a Elliot i J.D. zaczynają się godzić po własnym, trwającym pewien czas konflikcie. W międzyczasie dr Cox, Turk i cieć są zmuszeni współpracować, aby pomóc pacjentowi.

To problematyczny czas dla wszystkich w Szpitalu Świętego Serca. Dr Cox ma problem z dr Clock, konsultującą się z jego pacjentami oraz z faktem, że on i Jordan nadal są małżeństwem z powodu pewnych błędów w dokumentacji. J.D. ma własne problemy, ponieważ nie może pogodzić się z byciem zastępcą szefa rezydentów (podczas gdy Elliot jest szefem rezydentów). Turk zaczyna wątpić w swoje umiejętności po tym, gdy jego pacjent umiera. Nie pomaga mu w tym J.D., który też nie do końca ufa jego zdolnościom.

J.D. jest zszokowany słysząc, jak dr Cox (którego poprosił o kilka słów motywacji) mówi stażystom, że w końcu coś schrzanią i zabiją pacjenta. Choć początkowo zdenerwowany, J.D. w końcu przyjmuje do siebie słowa Coxa. Obawia się przy tym, że moment, w którym sam kogoś zabije, w końcu nadejdzie. Elliot jest zła na Molly po tym, jak ta nie zgadza się z obietnicą pacjenta w kwestii udania się na odwyk. Carla gubi Rowdy'ego i udaje się z cieciem na poszukiwania.

Elliot nie jest pewna, czy chce Molly jako swojego mentora, gdy dowiaduje się, że życie rodzinne Molly jest dalekie od ideału. Zdolności przywódcze J.D. zostają wystawione na próbę, gdy dr Cox krzyczy na niego w obecności stażystów. Carla i Turk próbują dojść do porozumienia, bo Turk budzi ją każdej nocy.

Dan ponownie się pojawia z szokującą dla J.D. wiadomością o śmierci ich ojca. Reakcje współpracowników nieco pomagają, ale jedyna osoba, na której wsparcie najbardziej liczył – dr Cox – jest zbyt zajęta pacjentami J.D. Tymczasem Dan przez cały dzień siedzi pijany w wannie, a Turk dowiaduje się, że ma cukrzycę typu II.

Kiedy J.D. znajduje Dana z Elliot, Turk radzi mu, aby wykorzystał wymówkę zranionego brata i w ten sposób zmusił ich do zerwania, tak jak Turk używa argumentu cukrzycy, by dostawać rzeczy od Carli. Potem jednak J.D. zdaje sobie sprawę, że wcale nie został zraniony... Dr Cox i dr Kelso jednoczą się, aby zadręczyć ich wspólnego wroga – dr Clock.

Kiedy Molly decyduje się na pracę w innym mieście, całą noc całuje się z J.D. On próbuje przyśpieszyć bieg wydarzeń i przespać się z nią, zanim wyjdzie. Dr Cox ma do czynienia z szaloną kobietą podczas dyżuru w pogotowiu ratunkowym, dowiaduje się jednak, że kobieta straciła syna w wypadku.

Do J.D. zwraca się prawnik zajmująca się błędami w sztuce lekarskiej, prosząc go o wykonanie ryzykownej procedury na jej ojcu. Tymczasem Elliot kieruje Douga na nową ścieżkę kariery, a Turk usiłuje uniknąć hipochondrycznego pacjenta.

Mając na uwadze sprawę przeciwko Turkowi, J.D. próbuje zakończyć ją z Neeną, ale ta nie przyjmuje odmowy i owija go sobie wokół palca. J.D. w końcu prosi Jordan o pomoc. Elliot postanawia udowodnić, że nie jest lekarzem, którym była 4 lata temu i nie musi już na nikim polegać... i to przeraża dr. Coxa.

J.D. bierze sprawy w swoje ręce, szukając krewnego swojego ulubionego pacjenta. W międzyczasie Elliot ma dość współpracowników, którzy nie traktują jej poważnie. Odkrywa jednak, że może poradzić sobie z tym problemem, obnosząc się ze swoją kobiecością, w czym pomogą jej Carla i Jordan.

Kiedy J.D. musi opowiedzieć grupie studentów medycyny o tym, jak to jest być lekarzem, zbacza z utartej ścieżki i decyduje się na omówienie swoich najlepszych momentów z życia lekarza. Kiedy wzywa resztę personelu, aby zrobili to samo, wszyscy wspominają swoje najlepsze chwile w medycznej karierze. Tymczasem Elliot musi zmierzyć się ze swoim strachem przed dziećmi, zaprzyjaźniając się z dziesięcioletnim chłopcem, którego ojciec przebywa na intensywnej terapii.

J.D. i Elliot wreszcie znów dogadują się jako przyjaciele i partnerzy w pracy, ale równowaga zostaje zachwiana, gdy Elliot daje do zrozumienia, że jest spokojniejszym i bardziej kompetentnym lekarzem, starając się nauczyć J.D. kilku rzeczy. Opanowanie Elliot zostaje zachwiane, gdy zdaje sobie sprawę, że cieć mógł wyobrażać sobie coś więcej podczas ich kawiarnianej „randki przy kawie”, bo przychodzi w garniturze i krawacie. Wyjaśnienie jego ubioru prowadzi do potyczki na śpiew a cappella między jego „grupą” a zespołem Teda. Tymczasem Turk zaczyna poważniej traktować swoją cukrzycę, gdy uświadamia sobie poważne konsekwencje choroby. Carla przypomina mu jednak, że to właśnie jego poczucie humoru pozwalało im obojgu radzić sobie w trudnych sytuacjach.

Mężczyzna ranny w bójce w barze daje Turkowi i J.D. lekcję o tym, jak żyć pełnią życia.

J.D. podkochuje się w dziewczynie, którą poznał w klubie i jest rozdarty, mówiąc jej, że jej chłopak ma rzeżączkę. Elliot postanawia przeciwstawić się Kelso z jednym ze swoich pacjentów.

J.D. stara się zaimponować Kylie na ich pierwszej randce. Podczas kwarantanny w szpitalu Turk dowiaduje się, że Carla spotykała się kiedyś z Coxem, a Danni Sullivan powraca ku irytacji całej reszty. Laverne, Kelso i cieć walczą o „tort z twarzą”.

Kiedy J.D. spotyka byłego scenarzystę jego ulubionego serialu „Zdrówko!”, zaczyna postrzegać swoje życie w szpitalu jako mdły sitcom nakręcany z kilku ujęć, w którym wszystko jest idealne i świetnie się układa. Tymczasem Cox niechętnie zwalnia sympatycznego pracownika stołówki, a Turk i Carla walczą o utrzymanie gorącego uczucia w ich związku.

J.D. zostaje wyrzucony z mieszkania. Turk i Carla nadal walczą o utrzymanie romantycznego uczucia. Cox ma powody, by sądzić, że syn starego kumpla choruje na autyzm.

J.D. zostawia pozornie niezainteresowaną Kylie dla doktor Clock, która właśnie wróciła z Milwaukee. Carla wścieka się na Turka z powodu zbyt częstych telefonów do byłej dziewczyny. Cieć i Cox zakładają się o Elliot.

Kiedy Carla i Turk przechodzą przez problemy małżeńskie, J.D. i Elliot robią co w ich mocy, żeby pocieszyć przyjaciół. Dr Cox wzywa doktora Kelso, aby ten dał przykład i zajął się kilkoma pacjentami po tym, jak Kelso krytykuje jego zachowanie jako lekarza.

Kiedy Carla i J.D. wychodzą, by Carla się zabawiła, upijają się i przypadkowo całują. Jordan wścieka się na Coxa, kiedy Jackowi trzeba zakładać szwy po tym, gdy pilnował go Perry. Elliot ma kłopoty z pacjentem, który zażywał tabletki na potencję.

Turk nie odzywa się do Carli i J.D. Nie potrafi kontrolować swoich emocji po tym, gdy dowiaduje się o ich pocałunku. Cox niechętnie zwraca się o pomoc do Elliot, gdy pacjent z padaczką nie chce go słuchać. Cieć nie czuje się wystarczająco męsko w swoim nowym uniformie. Jordan wypróbowuje botoks.

Turk nie chce się otworzyć na terapii dla par. Elliot odrzuca romantyczną radę Coxa, gdy do szpitala wchodzi bardzo atrakcyjny mężczyzna. J.D. uczy się człowieczeństwa od umierającej staruszki. Cieć przypadkowo pozwala grupie szczurów na przebieżkę po Szpitalu Świętego Serca.

Elliot jest rozdarta, bo nie chce zrujnować nowego związku z Jakiem, zbytnio przyśpieszając bieg wydarzeń. Dr Cox daje Turkowi lekcję o zdrowym ego, a dr Kelso i cieć walczą o to, kto będzie używać wózka elektrycznego.

Po zakończeniu ich rezydentury w Szpitalu Świętego Serca następują duże zmiany. J.D. wyprowadza się na swoje, podczas gdy Turk i Carla rozważają zmiany w rodzinie, co tworzy kolejny rozłam w ich wieloletniej przyjaźni. Jordan jest zatrudniona przy formalnościach dla Kelso, co denerwuje Coxa, a Elliot otrzymuje ofertę pracy z innego szpitala.