Dokter Clock is nieuw en ze heeft nogal haar eigen manier van werken. Daarnaast noemt ze J.D. constant Johnny. Het maakt J.D. allemaal niets uit want over een week is hij een echte dokter.

Dokter Clock probeert J.D. en Elliot weer bij elkaar te krijgen terwijl ze wacht op een beslissing van dokter Cox. Molly en Carla hebben een conflict en Turk zal moeten samenwerken met de conciërge en dokter Cox.

Dokter Cox heeft problemen met Jordan sinds Ted bekend heeft gemaakt dat ze nog steeds getrouwd zijn. J.D. heeft ondertussen problemen met de naamplaatjes die de conciërge gemaakt heeft.

J.D. schrikt wanneer hij dokter Cox zijn studenten hoort vertellen dat ze uiteindelijk een fatale fout zullen maken bij hun patiënten. Hij vreest nu dat een patiënt door hem zal gaan sterven. Elliot is ondertussen boos op Molly.

Dan komt langs en J.D. komt erachter dat zijn vader is gestorven. Hij krijgt steun van vrijwel iedereen, behalve van degene van wie hij het echt nodig heeft: dokter Cox. Turk komt erachter dat hij een vorm van diabetes heeft.

J.D. betrapt Dan met Elliot en krijgt van Turk de tip om dit als chantagemiddel te gebruiken. Turk doet namelijk iets soortgelijks met Carla. Dokter Cox en dokter Kelso besluiten hun krachten te bundelen tegen hun gezamenlijke vijand: dokter Clock.

Molly neemt een baan in een andere stad en wil nog één avond met J.D. doorbrengen. J.D. doet er alles aan om met haar naar bed te kunnen. Dokter Cox heeft ambulance dienst met een vrouw die hij als gek beschouwt.

J.D. wordt door een advocaat benaderd die hem vraagt een riskante ingreep uit te voeren op haar vader. Elliot leidt Doug naar een nieuwe carrière en Turk probeert een patiënt te ontlopen.

J.D. probeert het uit te maken met Neena maar daar neemt zij geen genoegen mee en ze probeert J.D. onder de duim te houden. Carla probeert meneer Corman ervan te overtuigen geen aanklacht in te dienen.

J.D. neemt het heft in eigen handen wanneer hij op zoek gaat naar een familielid van zijn favoriete patiënt. Elliot heeft er genoeg van dat ze niet serieus genomen wordt en leert wat trucjes van Carla en Jordan.

J.D. moet een aantal studenten vertellen wat het beste is aan dokter zijn. In plaats van het standaard verhaaltje te vertellen, besluit hij zijn eigen momenten te delen. Elliot moet haar angst voor kinderen onder ogen komen.

Elliot heeft de rol van kalme en competente dokter aangenomen ten koste van J.D. De a capella groep van de conciërge en die van Ted komen in een zangwedstrijd terecht. Turk neemt zijn diabetes steeds serieuzer.

De nieuwe patiënt van J.D. en Turk is in het ziekenhuis beland na een gevecht in een bar. Hij besluit J.D. en Turk een aantal dingen te leren over hoe je het leven het beste kunt leiden.

J.D. is verliefd op een meisje dat hij in een club heeft ontmoet en ziet er tegenop om haar te vertellen dat haar vriendje een geslachtsziekte heeft. Elliot besluit voor zichzelf op te komen tegenover dokter Kelso. Dokter Cox wordt gechanteerd door de conciërge.

J.D. probeert indruk te maken op Kylie en betaalt een zwerver om een hartaanval te faken op de Eerste Hulp. Turk komt erachter dat Carla met dokter Cox is uit gegaan. De conciërge maakt een wedje met dokter Kelso.

J.D. ontmoet een voormalige schrijver van zijn favoriete televisieserie Cheers. Hij stelt zich voor hoe zijn leven in het ziekenhuis eruit zou zien als het een sitcom zou zijn.

J.D. wordt uit het appartement gezet. Turk en Carla weten niet hoe ze de romantiek in hun relatie moeten behouden. Dokter Cox heeft het vermoeden dat het zoontje van een oude vriend autistisch is.

J.D. laat de ogenschijnlijk ongeïnteresseerde Kylie vallen voor dokter Molly Clock die weer terug is gekeerd. Carla is woedend over de telefoontjes van Turk naar zijn ex-vriendin.

Dokter Kelso besluit ziekenhuiskleding aan te trekken om zijn gelijk te krijgen tegenover dokter Cox. Zijn plannetje gaat mis wanneer een irritante patiënt weigert naar hem te luisteren. J.D. en Turk vieren feest maar Carla heeft moeite met Elliot.

Carla en J.D. gaan uit zodat zij eindelijk wat lol kan beleven. Ze worden echter dronken en zoenen per ongeluk. Dokter Cox heeft problemen met Jordan nadat Jack gehecht moet worden terwijl Cox op hem had moeten passen.

J.D. en Carla worden allebei genegeerd door Turk die zijn emoties niet onder controle kan houden. Dokter Cox zoekt met tegenzin hulp bij Elliot wanneer een patiënt niet naar hem wil luisteren. De conciërge is ondertussen niet blij met zijn nieuwe werkkleding.

Turk wil niets inhoudelijks zeggen tijdens de relatietherapie. Elliot weigert het romantische advies van dokter Cox op te volgen. J.D. krijgt een lesje geleerd over menselijkheid en de conciërge laat per ongeluk een aantal ratten los in het ziekenhuis.

Elliot weet niet wat ze met haar nieuwe relatie moet omdat het niet wil verpesten met Jake. Dokter Cox leert Turk een lesje over het hebben van een ego. Dokter Kelso en de conciërge strijden om een gemotoriseerd voertuig.

Nu hun co-schappen voorbij zijn, liggen er grote kansen op de loer binnen Sacred Heart. J.D. besluit op zichzelf te gaan wonen terwijl Turk en Carla een belangrijke beslissing maken. Elliot heeft een sollicitatiegesprek bij een ander ziekenhuis dankzij Jake.