Turk y Carla empiean a tener problemas cuando Carla intenta cambiar a su nuevo marido. Molly Clock — Heather Graham —, la nueva psiquiatra del hospital, se hace amiga de Elliot porque cree que Turk, J.D. y Carla están acallándola. También, cuando el coche de Turk y J.D. se rompe, Carla le deja coger un nuevo coche solo para comprobar que en lugar de un coche, compró tres scooters para ellos, probando al final a Carla que necesita tenerla bajo control.

J.D y Elliot son nombrados jefes residentes del hospital por el Dr. Cox, sin embargo, debido a sus recientes relaciones problemáticas, no terminan de trabajar bien juntos. Mientras tanto, el Dr. Cox y Turk tienen mucha dificultad para remover un pequeño bulto de un paciente, aunque la asistencia de El Conserje ayuda.

J.D. está enfadado con El Conserje por haber extendido el rumor de que es co jefe residente y Elliot la jefa residente. El Dr. Cox y Jordan tienen problema en su relación cuando se enteran de que su divorcio no estaba acabado, lo que podrían significar buenas noticias, pronto comienza a crear un conflicto entre ellos. La otra mujer enfadada en la vida del Dr. Cox, Dra. Molly Clock, se enfrenta a él por un paciente de cirugía plástica que está molesto que esté más guapa desde su cirugía plástica. A J.D. se le ocurre un nuevo juego — Gravelling a otras personas poniéndole piedras en sus zapatos.

Cuando J.D. pide al Dr. Cox que les dé una charla a los residentes, este lleva las cosas demasiado lejos diciéndoles que inevitablemente matarán a un paciente o dos, lo que provoca que J.D. se pregunte cuando ha dejado morir a alguien por su incompetencia llegando a la conclusión de que todavía no le ha pasado, aunque el Dr. Cox piensa que le pasará tarde o temprano. En otro lugar, Elliot lucha por un paciente ex adicto a las drogas para que reciba una válvula del corazón, y se frustra cuando Molly se enfrenta a ella. Carla decide hablar con Rowdy y lo pierde. Esto le lleva a reemplazar el perro de adorno por una réplica llamada Steven, que es dos pulgadas menor.

Contado desde la perspectiva de Ellliot: empieza a dudar de que Molly sea la mentora perfecta cuando encuentra a su novio es un convicto. Aún así, el Dr. Cox le ayuda a decidir que la vida personal debe de separarse de la vida profesional. También Turk está constantemente despertando a Carla cuando se va a la cama; y J.D. se da cuenta de que el Dr. Cox ha podido arruinar su credibilidad con los nuevos residentes.

El hermano de J.D. — Tom Cavanagh — llega de visita con la noticia de que su padre ha muerto. El Dr. Cox tiene dificultades ayudando a J.D. a salir de su depresión. Mientras tanto, Turk tiene síntomas de diabetes pero en su testarudez se niega a admitirlo o a visitar un doctor, como desea Carla. Molly tiene que emplear utilizar psicología avanzada para forzarlo a enfrentar el problema.

J.D. se ve forzado a tratar con un romance entre Elliot y su hermano Dan, que está aún quedándose con ellos después de la muerte de su padre. Por otro lado, el Dr. Cox y Dr. Kelso se cansan de la idea de Molly de que todo el mundo es bueno de corazón y intentan probarle que está equivocada.

Molly y J.D. están a punto de dormir juntos, pero tiene primero que obtener el permiso de Elliot, que no puede evitar jugar con J.D. Mientras tanto, el Dr. Cox tiene que completar horas para la comunidad trabajando en una ambulancia con Denise Lemmon — Molly Shannon —, una paramédica muy molesta.

J.D. y el Dr. Cox tiene que tratar con un abogado especializado en negligencias Neena Broderick — Julianna Margulies — mientras espera a su padre. Turk intenta evitar al hipocondríaco Harvey Corman — Richard Kind — mientras Elliot dirige a su nuevo colega Doug hacia un nuevo destino.

J.D. lo tiene difícil al acabar su relación con Neena ahora que representa a Mr. Corman — que ha decidido denunciar a Turk, alegando que la operación que le practicó arruinó su capacidad de sacar en el tenis — y pide a Jordan que le ayude. Elliot pretende ser un doctor hombre para evitar los problema con un paciente sexista que parece ser uno de los miembros directivos del hospital.

J.D. se hace amigo del hijo de un cantante que no quiere donarle un riñón a su padre. Carla y Jordan, a pesar de las advertencias de Turk, enseña a Elliot a utilizar su sexualidad en su beneficio, lo que causa una catástrofe.

Cuando J.D. tiene que dirigirse a un grupo de estudiantes de pre med para hablarles de lo que supone ser un doctor, prefiero desviarse del camino y hablar sobre sus mejores momentos. Cuando reta al resto del equipo a hacer lo mismo, todos empiezan a recordar sus momentos más bonitos dentro de la medicina. Mientras tanto, Elliot se ve forzada a hacer frente a su miedo a los niños cuando es dejada a cargo de un niño de diez años cuyo padre está siendo tratado en la UCI. Mientras tanto, el Dr. Kelso obtiene una dosis de espíritu navideño y sus compañeros se sorprenden gratamante con su cambio de corazón.

Cuando Elliot empieza a ser una mejor doctora, J.D. lucha por alcanzarla. Turk intenta hacer dinero de su diabetes hasta que descubre que debe amputarle un pie a su paciente debido a la diabetes y empieza a tomarlo más seriamente. Por otro lado, El Conserje se siente rechazado por su secreto de enamoramiento con Elliot cuando se va rápidamente de su cita de café. Asumiendo que su bonito traje la asusta, se inventa la historia de que estaba vestido para impresionar a su banda a Capella lo que lleva a Elliot a pedirle una actuación improvisada.

Un hombre envuelto en una pelea en un bar enseña a Turk y J.D. acerca de vivir la vida a tope. Elliot y Carla encuentran que su amistad empieza a romperse cuando no pueden quedar para sus planes sociales. También, el Dr. Cox se hace una vasectomía a espaldas de Jordan.

J.D. empieza a sentirse atraído por la camarera Kylie — Christy Pharris —, entonces se encuentra con su nuevo novio tiene un STD. Sin embargo, no puede decírselo por la confidencialidad paciente/doctor. Mientras tanto, el Dr. Cox espera ansiosamente el partido de los Lakers contra los Heat, pero tendrá que grabarlo para verlo después del turno. Su paciente es puesto a prueba, cuando el Conserje lo amenaza con desvelarle el resultado final.

Durante una cita con Kylie, J.D. tiene que ir al hospital, y mientras allí casualmente llama la atención sobre el hecho de que los síntomas de un paciente se asemejan al SRAS, lo que significa que el equipo entero de la UCI — incluyendo la hermana de Jordan, Danni, de visita sorpresa — está atrapada en cuarentena la noche entera. J.D. paga a un sin techo para que finja un ataque al corazón para que pueda parecer un héroe delante de Kylie.

Cuando el Dr. Cox se enfada con el Dr. Kelso por despedir a un miembro del equipo debido a recortes de presupuestos, el Dr. Kelso le reta a equilibrar el presupuesto sin despedir a nadie. Mientras tanto, un escritor de comedias de situación es ingresado, y J.D. empieza a fantasear acerca de cómo sería el hospital si fuera una serie de televisión, completa con una audiencia en directo. También, Turk y Carla tienen dificultad al intentar mantener el romance en su relación de pareja.

J.D. está teniendo problemas con Kylie. Turk y Carla piden a J.D. que se mude para tener más espacio. Sin embargo, su ausencia hace que se den cuenta de que están teniendo en problemas en su relación. Mientras tanto, el Dr. Cox cree que el amigo de su hijo tiene autismo.

Molly vuelve al Sacred Heart, y J.D. deja a su novia Kylie para salir con ella. Carla intenta no hacer una «montaña de un grano de arena» cuando se da cuenta de que Turk sigue en contacto con su ex novia. El Conserje apuesta su camioneta contra el porsche del Dr. Cox a que puede conseguir una cita con Elliot.

J.D. y Carla se emborrachan mientras J.D. está intentando reconciliar a Turk con ella, cuando accidentalmente se besan. Los dos quedan en mantenerlo en secreto. En el hospital, Elliot y el Dr. Kelso luchan por mantener su profesionalidad cuando se enfrentan a un joven paciente que sufre de complicaciones después de experimentar con unas pastillas para la disfunción eréctil. Mientras tanto, el Dr. Cox intenta encontrar un equilibrio entre ser un padre sobreprotector, mientras aún intenta ser un padre divertido, después de que su hijo se caiga de los columpios.

Turk se entera del beso entre J.D. y Carla, y sin saber a quien culpar decide no hablarle a ninguno de los dos, hasta que se entera de quien lo inició. El Dr. Cox necesita la ayuda de Elliot para atender a un adolescente epiléptico. Jordan se inyecta Botox y se le queda la cara temporalmente congelada, lo que causa un problema cuando se ve amenazada su asistencia al premio del Dr. Cox.

J.D. se ve forzado a enfrentarse a la naturaleza humana cuando una mujer que se está muriendo ingresa en el hospital gracias a su vecino, Jake — Josh Randall —. Jake ayuda al paciente a darse cuenta de que llegó su hora. Desafortunadamente, su hermano decide demandarlo por eso. Elliot acude al Dr. Cox y Carla para que les dé consejos románticos hacia Jake. Turk tiene dificultades en la terapia de parejas.

Cuando Turk salva la vida de un hombre en el puesto de tacos local, intenta mantener su ego a raya mientras el Dr. Cox se lleva todo el crédito. Para evitar arruinar su relación con Jake, Elliot tiene la ayuda de J.D. para prevenir de que sus citas sean demasiado íntimas. Mientras tanto, el Dr. Kelso aterroriza al hospital desde el asiento motorizado de su silla de ruedas hasta que El Conserje toma el asunto en sus propias manos.

J.D. prepara el inicio de su propia vida, y su amistad perdida con Turk. Elliot se esfuerza en seguir una nueva carrera en otro hospital en la ciudad, y esto enfada a Carla que pensaba que Elliot se quedaría, a pesar de la proximidad del nuevo trabajo. El Dr. Cox intenta prevenir a Jordan de aceptar el trabajo en el nuevo hospital.