Na een ontmoeting met haar ex Sean en na betrokken te zijn geweest bij een ongeluk realiseert Elliot zich dat er zich in de drie jaar dat ze voor Sacred Heart werkt, niets goeds gebeurd is. Ze besluit haarzelf opnieuw uit te vinden. J.D. komt niet verder met een patiënt en vraagt dokter Cox om hulp.

J.D. heeft het gevoel dat zijn vriendschap met Turk steeds minder aan het worden is en schrikt wanneer Turk zich niet bloot durft te geven. Carla wordt gek van een anoniem urinemonster en Elliot probeert Sean met haar werk te combineren.

J.D. heeft moeite met het opleiden van zijn stagiaires en hij vraagt Elliot om hulp. Dokter Cox vindt de beste kinderarts voor zijn zoon die wel erg veel op hemzelf lijkt.

Sean schrikt van de geschiedenis die Elliot en J.D. samen hebben en gedraagt zich slecht. Hij probeert voornamelijk te verbloemen dat hij er zes maanden lang vandoor gaat. Dokter Cox wil een hogere functie in het ziekenhuis maar heeft hier hulp bij nodig.

Dan besluit een poosje bij J.D. te blijven nadat hij door de nieuwe verloofde van zijn moeder uit huis is gezet maar Dan is niet onder de indruk van het nieuwe karakter van J.D. Elliot heeft haar eigen problemen om mee om te gaan.

Een ontmoeting in de lift zorgt voor een nieuwe vriendschap tussen J.D. en de mysterieuze Danni. Marco, de broer van Carla, komt op bezoek en hij heeft nog een appeltje te schillen met Turk.

De relatie tussen J.D. en Danni wordt steeds beter. Tot ongenoegen van dokter Cox moet hij meer tijd met J.D. doorbrengen. Carla en Elliot proberen de juiste balans te vinden tussen hun privéleven en hun professionele leven.

Turk is dolblij dat hij eindelijk een operatie alleen heeft weten te volbrengen zonder de hulp van een collega. Dokter Cox vindt het vreselijk dat hij ouder wordt en J.D. komt erachter dat niet iedereen de conciërge ziet zoals hij hem ziet.

Elliot kan het niet hebben over geslachtsorganen zonder te giechelen, dus probeert Carla haar hierbij te helpen. Dokter Cox moet ondertussen bij J.D. en Turk slapen na het opvolgen van slecht advies.

Carla en Elliot proberen een patiënt te helpen met het verliezen van haar maagdelijkheid voordat ze binnenkort sterft. Danni trekt bij J.D. in nadat ze haar zus en dokter Cox betrapt heeft.

J.D. probeert de relatie met Danni te verbreken maar zij is hem voor omdat ze weet dat hij nooit over Elliot heen zal komen. Dokter Cox is opeens een allemansvriend en nadat dokter Kelso commentaar heeft op het nieuwe uiterlijk van Elliot keert zij weer terug naar haar oude zelf.

J.D. heeft het idee dat hij eindelijk een mentor heeft gevonden in de persoon van dokter Kevin Casey, een chirurg met OCD. Dokter Cox blijkt altijd al jaloers op Casey te zijn geweest. De conciërge helpt dokter Kelso met een afval probleem.

Elliot moet een simpele procedure uitvoeren maar begint hierdoor na te denken over haar carrière. Ze zoekt steun bij dokter Casey maar het nieuwe toilet op het dak van het ziekenhuis krijgt alle aandacht. Turk vraagt J.D. als getuige op zijn bruiloft.

De broer en zus van Jordan keren terug maar dokter Cox komt erachter dat zijn schoonbroer Ben al twee jaar lang geen dokter meer bezocht heeft. Ben lijdt echter aan kanker.

Allison en Maddie, twee vriendinnen van Jordan, komen langs om Jordan te steunen nu haar broer is overleden. Dokter Cox wordt echter gek van de twee. Turk probeert indruk te maken op de nieuwe vrouwelijke chirurg dokter Miller.

Turk gaat op zoek naar zijn gelukskledingstuk wanneer hij een operatie moet uitvoeren en Elliot is naarstig op zoek naar een verloren knuffelbeestje wanneer een jonge patiënt van haar een zware operatie moet ondergaan.

J.D. moet een geheim bewaren wanneer Carla door een man wordt uitgevraagd. Ondertussen heeft zij wel kritiek op Turk omdat hij naar andere vrouwen kijken. Elliot geeft een patiënt medicatie maar dokter Cox en dokter Kelso menen dat de patiënt haar pijn faket.

Turk moet een patiënt van hem onder ogen komen wanneer hij per ongeluk een zenuw doorsnijdt tijdens een operatie waardoor deze zijn hand niet meer kan gebruiken. Een patiënt van Elliot leert haar iets over haar relatie met J.D.

J.D. heeft opnieuw een afspraakje met Danni aangezien Sean weer terug is voor Elliot. Toch kan J.D. zijn passionele nacht met Elliot niet vergeten. Dokter Cox komt erachter dat hij wellicht iets voelt voor de dokter die hij zo haat.

J.D. weet niet wat hij moet doen nu hij Elliot heeft laten weten dat hij van haar houdt. De conciërge heeft een appeltje te schillen met dokter Cox. Marcos, de broer van Carla, brengt Turk in een lastige situatie.

Het is de dag van het huwelijk van Turk en Carla maar een patiënt zorgt ervoor dat Turk opgehouden wordt. Elliot is nog steeds boos op J.D. dus probeert hij ervoor te zorgen dat zij en Sean weer bij elkaar kunnen komen.