Suite aux révélations de Jordan, tout le monde s'ignore. J.D., qui a couché avec l'ex-femme du Dr Cox craint évidemment la réaction de son supérieur. Elliot évite désespérément J.D., elle a du mal à vivre leur rupture et se cache maladroitement dès qu'elle le croise...

Nos internes voulaient des responsabilités, ils vont en avoir. Après une course-poursuite entre la police et un chauffard qui s'achève dans le parking de l'hôpital, Tuck soigne le chauffard en fuite tandis qu'Elliot traite le policier blessé. Les trois internes vont devoir gérer seuls l'hôpital pendant la nuit. Ils ne savent pas encore à quoi ils s'attendent...

Carla et Elliot se découvrent enfin des points communs en préparant une vielle dame à une implantation de prothèse mammaire. Le Dr Kelso, de son côté, lance une compétition au sein de l'hôpital : celui qui rédigera la meilleure étude de cas aura le privilège d'assister à une conférence à Reno. J.D. rédige une étude, sans en informer son mentor, le Dr Cox. Il s'agissait pourtant d'un de ses patients...

Carla est toujours très réticente à l'idée de se confier. J.D. veut tout faire pour la mettre à l'aise et va l'encourager à se confier à lui. Il ne saura malheureusement pas tenir sa langue. Turk, de son côté, est extrêmement jaloux d'une de ses collègues, Bonnie, une jeune et brillante chirurgienne...

En deuxième année d'internat, J.D., Elliot et Turk commencent à s'habituer à leur nouveau statut. J.D. se prend déjà pour un grand médecin. Il porte un long manteau blanc et pense impressionner ses collègues...

Rien ne va plus entre le Dr Cox et Julie Keaton, la représentante la plus sexy de toute l'industrie pharmaceutique. Il a beau être le seul à la rejeter, il pourrait bien tomber sous son charme...

Jordan refait surface et demande au Dr Cox de rompre son idylle avec Julie. Les deux femmes vont rivaliser de charmes pour parvenir à leur fin...

Elliot traverse une période difficile, et pour couronner le tout, un ancien patient la poursuit pour erreur de diagnostic. J.D. prend la grosse tête après avoir fait un bon diagnostic sur un coup de chance, alors que le Dr Cox, lui, s'était trompé...

J.D. s'entiche d'une vendeuse très attirante. Ils finissent par sortir ensemble. Tout se déroule à merveille jusqu'au premier baiser... Le Dr Cox est plus que préoccupé par la grossesse de Jordan. Même s'ils finissent par s'installer ensemble, leur relation est de plus en plus tendue...

Eliott et J.D. reprennent leurs ébats amoureux mais ils réalisent que ce n'est pas forcément la meilleure chose pour leur amitié. Ils se rendent compte, néanmoins, qu'ils ne peuvent plus se passer l'un de l'autre. L'amitié prendra-t-elle le dessus sur leur appétit sexuel mutuel ?

Contraint désormais de considérer Elliot comme sa meilleure amie, J.D. n'a aucun scrupule à sortir avec Lisa, la vendeuse avec qui il avait pourtant connu un échec cuisant. Mais Elliot a besoin de lui à ce moment précis : elle vient de se faire cambrioler. J.D. préfère cependant la douce compagnie de Lisa...

Turk a quelque chose d'important à dire à Carla : il veut la demander en mariage. Il l'invite à dîner et se prépare à vivre une soirée romantique... Mais Carla apprend une triste nouvelle et remet cette soirée à plus tard. Elliot, de son côté, se plaint de l'absence de vestiaire féminin à l'hôpital, elle est bientôt relayée par l'ensemble des infirmières...

Turk parvient finalement à demander Carla en mariage à son retour de Chicago et des funérailles de sa tante. Pour convaincre ses réticences, il invite son frère ainé. Il devra prouver à Carla que Turk est un homme dévoué et apte à fonder un foyer. Mais ce stratagème n'a pas les effets escomptés...

Turk s'impatiente. Carla le fait languir, et elle répond à sa demande en mariage. Pendant ce temps, Elliot est abordée dans un bar par un homme très séduisant et finit par répondre à ses avances avant de se rendre compte qu'il est infirmier au Sacré-Cœur, ce qui semble lui poser problème...

Turk connaît des soucis professionnels. Il a maladroitement soigné un de ses patients qui risque des complications, et, dans la même journée, blessé accidentellement un automobiliste en jouant au mini golf avec J.D...

J.D. découvre les raisons qui ont poussé Dr Cox et Jordan de se séparer la première fois, ou plutôt la personne : le Dr Fisher. Proche de J.D., à son arrivée à l'hôpital, il suscite la méfiance du Dr Cox. J.D. hésite par ailleurs à avouer au Dr Cox qu'il est le père de l'enfant que porte Jordan, ce qu'elle lui a jusqu'alors caché...

J.D., toujours célibataire, s'éprend d'une jeune femme, Jamie, qui n'est autre que l'épouse d'un de ses patients, actuellement dans le coma...

Turk prend J.D. sous son aile dans le service de Chirurgie pendant une journée mais cette visite tourne rapidement en une vaste plaisanterie. Elliot tente de son côté de rompre avec Paul mais sa maladresse lui joue des tours...

Le Dr Cox, pour aider sa fille, fait l'expérience du baby-sitting et Turk est tiraillé chaque nuit par des rêves érotiques, J.D. tente de jongler entre sa vie professionnelle et son idylle avec la veuve qu'il a rencontrée à l'hôpital, elle était encore au chevet de son mari le jour de leur rencontre...

Alors que J.D. roucoule avec sa jolie veuve, il se rend compte que leur romance n'est pas une histoire si facile. En effet, la nouvelle petite amie de J.D. n'aime pas particulièrement les histoires trop parfaites et ne lui facilite pas la vie...

J.D. et Turk reçoivent la visite d'un de leur camarade de lycée, Spence, qui désirait visiter l'hôpital. La venue de ce riche banquier fait prendre conscience à nos deux internes des efforts quotidiens qu'ils doivent fournir dans leur travail. Ont-ils fait le bon choix ?...