Después de que Jordan revelase que durmió con J.D., este espera lo peor del Dr.Cox. Elliot, avergonzada por la revelación de Jordan de que tiene sentimientos por J.D., esquiva a este último a toda costa. Carla está enfadada con Turk porque no le dijo que el Dr. Cox estaba enamorado de ella, y el Dr. Cox está enfadado con Dr. Kelso por haber sido engañado por una promoción inexistente y con J.D. por haber dormido con Jordan.

Los residentes pasan una noche de guardia sin médicos disponibles y lidian con la responsabilidad de llevar el hospital por ellos mismos y teniendo que tomar una dura decisión acerca de un paciente. Mientras tanto, Cox lucha con sus sentimientos por Jordan.

La relación de J.D. y Carla se deteriora cuando J.D. revela accidentalmente alguno de los secretos de Carla. Los cirujanos residentes compiten por un viaje a Mexico con el Dr. Kelso. Elliot se precupa de no estar dando una imagen competente al Dr. Cox así que decide tomar varios casos extraños para mejorarla.

A J.D. se le sube a la cabeza el hecho de vestir una camisa de doctor, pero también tiene que aceptar las crecientes responsabilidades que vienen con ella. La reputación de Elliot sufre cuando pasa una noche con otro doctor del Sacred Heart.

El hermano mayor de J.D., Dan — Tom Cavanagh —, viene de visita, pero J.D. no puede ocultar que se siente avergonzado por la vida que lleva. Turk aprende una lección cuando hace una apuesta con el Dr. Cox si un paciente muere o vive. Mientras tanto, el personal del Sacred Heart se disfraza para Halloween, y una persona en particular irrumpe con un disfraz de gorila, para el disgusto del Dr. Kelso.

Julie Keaton — Heather Locklear —, la atractiva representante farmacéutica de quien parece estar todo el mundo enamorado en secreto, llega al Sacred Heart, y las tensiones entre ella y el Dr. Cox comienzan. J.D. y Elliot apuestan entre ellos a ver quién es el mejor doctor. Carla considera los inconvenientes de ser «solo una enfermera».

El Dr. Cox y Julie — Heather Locklear — empiezan a gustarse, pero la felicidad del Dr. Cox se interrumpe cuando Jordan llega embarazada. J.D. y Turk pasan por una situación financiera pobre, y continúan robando comida y papel higiénico del hospital. El padre de Elliot deja de pasarle dinero al rechazar el ser una ginecóloga como él desearía.

Elliot se ve forzada a mudarse y tiene que enfrentarse a una denuncia por «mala praxis».

Los problemas crecen entre Turk y Carla y el Dr. Cox y Jordan. J.D. piensa cuánto de su vida está robándole el hospital; el estrés y las experiencias generales con las que trata están robando su «líbido» justo cuando empieza a salir con Lisa la chica de la tienda de regalos — Sarah Lancaster. Elliot se ve forzada a vivir en la parte de atrás de un camión cuando su padre deja de pagarle el piso por no tener tiempo para buscar otro sitio.

Al no querer repetir su última y desastrosa relación, J.D. y Elliot deciden quedar como «compañeros sexuales,» pero J.D. no está satisfecho con el arreglo. Turk intenta ayudar a Elliot con su carga de trabajo, pero sus esfuerzos fracasan. Carla aprende una lección acerca de por qué los hospitales no pueden dar una respuesta definitiva a los pacientes.

Los sentimientos de J.D. por Elliot continúan creciendo incluso después de romper sus encuentros sexuales por sexo; intenta ver a Lisa — Sarah Lancaster — de nuevo. Dr. Cox y Carla fallan al diagnosticar a un hipocondríaco — Richard Kind — después de no tomar en serio sus quejas. Dr. Kelso enseña una lección a Turk acerca de las pequeñas mentiras que le dicen a los pacientes.

Elliot pide vestuarios para chicas y chicos separados al Dr. Kelso, que considera ampliar su despacho. Turk aparece con «La pregunta» a Carla, pero no de la forma en la que imaginó. Uno de los pacientes favoritos de J.D. está de vuelta en el hospital por una mala condición del corazón.

El hermano de Turk, Kevin — D.L. Hughley — le visita con importantes noticias; los sentimientos de Turk de diferencia y deuda con su hermano aparecen. Dr. Townshend — Dick Van Dyke —, un antiguo doctor amado por todo el mundo, tiene problemas con su mejor amigo el Dr. Kelso cuando J.D. falla con un procedimiento ya no usado bajo su supervisión.

Este episodio está narrado desde el punto de vista del Dr. Cox, más que desde el de J.D. Dr. Cox habla del hospital y Jordan en sus sesiones con su psiquiatra, el Dr. Gross — Eric Bogosian. Elliot está ansiosa por conocer a Paul Flowers — Rick Schroeder —, un atractivo y atrayente doctor, hasta que se entera de que de hecho es un enfermero. Carla dice sí a la proposición de Turk.

J.D. y Turk intentan cubrir el hecho de que estaban golpeando bolas de golf desde el techo y que puedan haber causado el accidente que hizo que llegaran pacientes al hospital, pero Janitor lo sabe... Jordan da a luz finalmente, y revela a J.D. quien es el padre de su bebé, y le pide que lo mantenga en secreto.

J.D. empieza a admirar al Dr. Peter Fisher — Jay Mohr —, pero se extraña al averiguar que Peter es de hecho la razón de que Jordan y el Dr. Cox se hayan divorciado. El Janitor empieza a flirtear con Elliot, y Carla empieza a preocuparse acerca de su apariencia.

Dr. Cox cambia los sobrenombres de J.D. de mujeres a perros después de que un interesante rumor acerca de J.D. se extienda. Dr. Cox compite con el bebé de Jack por la atención de Jordan; los problemas en la relación entre Elliot y Paul y Turk y Carla aparecen. Cuando J.D. acepta una cita de Jamie Moyer — Amy Smart —, la muy atractiva mujer de un paciente en coma, sus amigos se burlan de él. El título es una abrevación de Tasty Coma Wife, el moniker J.D. y Turk le dan a Jamie.

Cuando J.D. hace una cirugía temporal electiva, sus amistad con Turk se resiente mientras intenta ganar popularidad. The Janitor obtiene una nueva y poderosa sierra. El Dr. Cox le juega una broma al Dr. Kelso mientras está lejos, y se le sale de control. Un despiste de Elliot cambia drásticamente su relación con Paul.

J.D. espera el funeral del marido de Jamie — Amy Smart —, con resultados predecibles. Turk tiene un sueño erótico acerca de Elliot y está molesto y avergonzado por él. Dr. Cox experimenta aún más sentimientos mezclados acerca de criar un niño que aún cree que no es de él.

La relación de J.D. con Jamie — Amy Smart — toma un interesante giro; Elliot la identifica correctamente como una reina del drama. La madre de Carla muere. Dr. Cox se ha quedado atascado con Ted en la enseñanza de un seminario de la sensibilidad después del testimonio del Dr. Kelso. Dr. Cox es particularmente vicioso hacia un paciente.

El final del segundo año los residentes encuentran sus trabajos demasiado monótonos; por suerte, Spencer — Ryan Reynolds —, un antiguo compañero de universidad de J.D. y de Turk, llega de visita y anima a los chicos, tal vez demasiado. Dr. Cox aprende la verdad acerca del bebé Jack y le confía a J.D. el hecho de que piensa que no es un buen padre. J.D. anima a Cox a que imagine ser un buen padre, y mientras que los intentos del Dr. Kelso para romper el ánimo de Elliot, se une el Dr. Cox.