После слов Джордан отношения главных героев ухудшаются. Кокс начинает игнорировать Джей Ди, Карла обижается на Тёрка, Джей Ди не знает, что делать с его отношениями с Эллиот. Колин Хэй в роли трубадура.

Герои остаются на ночном дежурстве в Клинике без присмотра и должны сами решать возникающие проблемы. В это время Кокс и Джоржан выясняют отношения.

Доктор Келсо устраивает между сотрудниками соревнование за право отправиться на медицинскую конференцию. Тёрк должен просить Келсо о приобретении нового лазера. Эллиот переживает из-за того, что у неё не складывается дружба с Карлой. Михаэль МакДональд в роли Майка Дэвиса.

Отношения Карлы и Джей Ди портятся из-за того, что Дориан выдал её секрет. Хирурги соревнуются за право сопровождать Келсо в поездке по Мексике. Эллиот пытается добиться уважения Кокса.

Джей Ди приходит на работу в медицинском халате. Репутация Эллиот претерпевает изменения. Один из пациентов считает, что Дориан совершил ошибку при его лечении.

Старший брат Джей Ди Дэн приезжает погостить, и Джей Ди не знает, как сказать тому, что он — законченный неудачник. Тёрк и Кокс спорят, выживет пациент или умрёт. В Клинике празднуют Хэллоуин.

Доктор Кокс и Джулия, сексуальный агент по продаже лекарств, выясняют отношения. Джей Ди и Эллиот спорят из-за необходимого лечения для пациента. Карла хочет быть «просто медсестрой».

Доктор Кокс и Джулия начинают встречаться. Выясняется, что Тёрк и Джей Ди воруют еду из Клиники. Отец Эллиот отказывается дальше оплачивать её жизнь. Появляется беременная Джордан, и Кокс должен сделать выбор между ней и Джулией. Хизер Локлир в роли Джулии.

Эллиот решает проблему с выездом из квартиры из-за проблем с деньгами, а также с иском о профессиональной небрежности. Джей Ди «обошёл» Кокса в знаниях, и между ними начинается соревнование. В эпизоде также снимались Алан Рук в роли Мистера Брэгина, а также Дэвид Копперфильд и Джон Риттер.

У Тёрка и Карлы проблемы в отношениях, точно так же как и у Кокса и Джордан. Джей Ди рассуждает, как Клиника поглощает их жизни. Эллиот не может найти жильё и переезжает к Тёрку и Джей Ди. Последний отказывается от отношений с девушкой из сувенирной лавки.

Джей Ди и Эллиот решают не возобновлять свои отношения и оставаться просто «партнёрами» в сексе. Тёрк пытается помочь Эллиот уменьшить нагрузку на работе. Карла узнаёт, почему врачи никогда не дают чётких ответов.

Джей Ди пытается успокоить свои чувства к Эллиот и пытается снова встречаться с Лизой. У Карлы и Кокса проблемы с их пациентом-ипохондриком. Келсо объясняет Тёрку, что пациенты всегда обманывают врачей. Ричард Кинд в роли Мистера Кормэна.

Эллиот требует от Келсо раздельные раздевалки для мужчин и женщин. У Кокса и Джей Ди проблемы с парой, которая ждёт ребёнка. Тёрк пытается сделать Карле предложение.

Брат Тёрка, Кевин приезжает в гости с новостями. Джей Ди узнаёт, что любимый всеми старый врач Таунхэнд некомпетентен.

Повествование ведётся от лица доктора Кокса: он посещает психотерапевта и старается умерить свой гнев. После долгого раздумья Карла говорит Тёрку «да». Элиот знакомится с Поулом, медбратом. Эрик Богосиан в роли доктора Гросса, психолога.

Джей Ди знакомится с молодым врачом частной практики и узнаёт причину, по которой в прошлом развелись Кокс и Джордан. Уборщик начинает флиртовать с Эллиот. Карла переживает из-за своего нового статуса помолвленной. В серии также снимались Джей Мур в роли Питера Фишера, а тажке Джей Лено.

Кокс начинает называть Джей Ди кличками собак вместо женских имён. Кокс пытается ужиться с ребёнком. У Элиот и Поула, а также Тёрка и Карлы проблемы в отношениях. Все осуждают Джей Ди за то, что он пригласил на свидание жену пациента, долгое время находящегося в коме.

У Джей Ди начинается практика в хирургии, однако это вызывает осложнения в его дружбе с Тёрком. У Уборщика появляется циркулярная пила, и он не знает, где её использовать. Из-за шутки доктора Кокса вся Клиника думает, что Келсо скончался. Эллиот принимает решение расстаться с Поулом.

Джей Ди посещает похороны мужа С.Ж.К. и думает о возможности дальнейших отношений с Джэми. Тёрку приснился эротический сон с Эллиот, и Карла переживает из-за этого. Кокс начинает очень тепло относиться к ребёнку Джордан. Пациент Джей Ди говорит только по-немецки, поэтому Джон прибегает к помощи Эллиот.

Отношения Джей Ди и Джэми угасают без драм и споров. Умирает мать Карлы. Из-за постоянных этических проблем между врачами и пациентами доктор Келсо организует тематическую лекцию, вести которую должен доктор Кокс. Карла желает выйти замуж немедленно, в часовне при Клинике.

Под конец второго года герои устали от монотонной работы. К Тёрку и Джей Ди приезжает их приятель из колледжа, Спенс. Кокс узнаёт, что является отцом ребёнка Джордан. Доктор Келсо унижает Эллиот. Доктор Кокс, шокированный новостью об отцовстве, заступается за неё.